ORCA计算吸附体优化成功了，对吸附能有些疑问，请大家讨论下

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-25 17:02:35

本帖最后由 renzhogn424 于 2020-10-25 17:04 编辑

上个帖子是求助优化：http://bbs.keinsci.com/thread-19977-1-1.html
在大家的帮助下，借助半经验的xTB6.3.3用vertytight优化后，用orca优化成功。下一步我要算结合能了

参考了社长的博文：“在ORCA中做counterpoise校正并计算分子间结合能的例子(http://sobereva.com/542)”，非常感谢社长的Multiwfn给我们提供了这么方便的功能，但这里我还是有疑问：
博文的方法是根据：Ebine=E(AB)-E(A)-E(B)+EBSSE
而用公式Ebine=E(AB)-EAB(A)-EAB(B)来计算结合能的，所以可以在一个ORCA的输入文件里搞定结合能计算，但是有这么个问题。
我关注两个单体作用前后的能量差，想得到结合能是：Ebine=E(AB)-EA单体构型(A)-EB单体构型(B)+EBSSE
也就是说，各单组分的能量，应该是该组分单体结构优化下的能量。而吸附前后的构型是发生了变化的，各组分的能量已经不是单体结构优化下的能量。
博文的那个方法里：
Ebine=E(AB)-EAB结合构型(A)-EAB结合构型(B)
缺了个吸附形变能量差。
所以我觉得有两种方法求想要的结合能：
1.先求出EBSSE：EBSSE=[EA结合构型(A)-EAB结合构型(A)]+[EB结合构型(B)-EAB结合构型(B)]，
就是复制出优化好的结合构型的两个片段，求EA结合构型(A)和EB结合构型(B)，与对应的EAB结合构型(A或B)求出EBSSE，再求Ebine；

2.在Multiwfn生成的orca输入文件里改坐标，直接把那个文件的A，B组分的原子坐标改成对应的单体构型优化的坐标，而非结合构型优化的坐标，求出Ebine。
不知道我说得是否有道理，方法2更为方便，但是是否可行？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-26 05:50:41

1 本来那个帖子里就是明确不考虑变形能的，要考虑自己加上去就完了。Gaussian的counterpoise任务本身给出的也是不考虑变形能的结合能
2 显然不行。这么弄，想想复合物结构都成什么样子了

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-26 06:31:33

sobereva 发表于 2020-10-26 05:50
1 本来那个帖子里就是明确不考虑变形能的，要考虑自己加上去就完了。Gaussian的counterpoise任务本身给出的 ...

好的，非常感谢解答，
2的方法是在单体优化的结构里就加上AB的基函数，而复合物不变，这样三者都有AB的基函数，就除去了BSSE，原理上是否可行？

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-26 06:33:55

renzhogn424 发表于 2020-10-26 06:31
好的，非常感谢解答，
2的方法是在单体优化的结构里就加上AB的基函数，而复合物不变，这样三者都有AB的 ...

这种做法是错的。因为要得到复合物的BSSE校正量，注定需要在复合物结构下计算“单体+另一个单体的鬼原子”

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-26 07:20:52

sobereva 发表于 2020-10-26 06:33
这种做法是错的。因为要得到复合物的BSSE校正量，注定需要在复合物结构下计算“单体+另一个单体的鬼原子 ...

我就是想，在对优化后的单体算单点能同时，加上第二个单体的鬼原子可否？

鬼原子的坐标按道理对结果没有影响？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-10-26 07:53:52

renzhogn424 发表于 2020-10-26 07:20
我就是想，在对优化后的单体算单点能同时，加上第二个单体的鬼原子可否？

鬼原子的坐标按道理对结果没 ...

鬼原子带基组了当然有影响

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-26 11:32:56

本帖最后由 renzhogn424 于 2020-10-26 11:33 编辑

喵星大佬发表于 2020-10-26 07:53
鬼原子带基组了当然有影响

鬼原子是否只有基组影响，而其坐标无影响？

那是否可以放到吸附前以平衡基组误差？

喵星大佬 · 发表于 Post on 2020-10-26 12:00:08

renzhogn424 发表于 2020-10-26 11:32
鬼原子是否只有基组影响，而其坐标无影响？

那是否可以放到吸附前以平衡基组误差？

？？？？

GTO的基组跟坐标怎么会没关系呢？都是原子中心的基函数当然和坐标有关系

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-26 15:43:49

喵星大佬发表于 2020-10-26 12:00
？？？？

GTO的基组跟坐标怎么会没关系呢？都是原子中心的基函数当然和坐标有关系

原来如此，那是不能乱加，谢谢！

sobereva · 发表于 Post on 2020-10-27 07:19:27

renzhogn424 发表于 2020-10-26 07:20
我就是想，在对优化后的单体算单点能同时，加上第二个单体的鬼原子可否？

鬼原子的坐标按道理对结果没 ...

这个计算没有实际意义
好好弄清楚counterpoise方法的定义就明白了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理
http://sobereva.com/46

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-10-27 07:41:15

sobereva 发表于 2020-10-27 07:19
这个计算没有实际意义
好好弄清楚counterpoise方法的定义就明白了
谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

谢谢社长，花了些时间理解这篇博文的最后一段，确实不能。

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