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[GROMACS] 求助关于尿嘧啶与氟化锂和水来做分子动力学模拟

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楼主
各位老师前辈好,我是分子动力学这方面的新手,最近在做关于尿嘧啶与氟化锂与水的量化计算,老板为了让我将构型找的更全面一些,推荐我做分子动力学模拟,然后自己也学了一些有关gromacs方面相关的知识,但是昨晚跑分子动力学的时候老是报错,请问是分子力场找的不对吗,还请各位老师前辈指教!(相关的pdb、top文件我放在下面的压缩包里了) ULiF.zip (2.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

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发表于 Post on 2020-10-29 12:16:43 | 只看该作者 Only view this author
没必要做分子动力学

直接用genmer+molclus做构型搜索又方便又可靠。
molclus主页:http://www.keinsci.com/research/molclus.html
实例:
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html

或者用xtb跑动力学结合molclus也行,不用在力场方面费心。下文做的是构象搜索,做构型搜索也是完全相同的步骤。
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.htmlhttp://sobereva.com/532

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-10-29 19:50:54 | 只看该作者 Only view this author
感谢社长的回复,那老师,我想问一下,如果要做大分子核酸与氟化锂与水溶液的分子动力学模拟,需要采用哪个分子力场

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发表于 Post on 2020-11-1 13:20:33 | 只看该作者 Only view this author
AlexJax 发表于 2020-10-29 19:50
感谢社长的回复,那老师,我想问一下,如果要做大分子核酸与氟化锂与水溶液的分子动力学模拟,需要采用哪个 ...

在GROMACS下用AMBER或CHARMM力场就可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-1 17:14:52 | 只看该作者 Only view this author
感谢社长的解答,我现在已经开始先用xtb结合molclus结合来进行构型的搜索了

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