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[综合交流] 求助含自由基结构的拓扑文件和力场的生成

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发表于 2020-10-31 00:10:50 | 显示全部楼层 |阅读模式
请教大家,我用acpype工具构建氢自由基、甲基自由基、乙基自由基等拓扑文件时,一直报错,但甲烷、乙烷等结构没有问题。可能是因为GAFF力场中没有自由基结构中的原子类型。
如果是这样,那么该怎样产生这类结构的拓扑文件和力场呢?
感谢大家

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发表于 2020-10-31 09:06:32 | 显示全部楼层
acpype搞不了
考虑用VMD的topoltools产生自由基的裸的拓扑信息,然后自行填进去相应的原子类型(可以参考acpype给的甲烷、乙烷的拓扑文件里的原子类型)、原子电荷(可以用Multiwfn算RESP电荷)等信息。
但是注意自由基情况下很多力场参数都不能沿用相应饱和体系的,比如甲基自由基是平的而不是像甲烷中的CH3部分是锥形的,所以有些必要的力场参数需要自己搞。
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 楼主| 发表于 2020-10-31 15:28:11 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-10-31 09:06
acpype搞不了
考虑用VMD的topoltools产生自由基的裸的拓扑信息,然后自行填进去相应的原子类型(可以参考a ...

谢谢老师的建议,那么是不是在结构发生明显形变的时候需要重新寻找力场参数,如果不发生明显形变,例如CH3-带负电的结构,还是锥形的,就不需要重新做力场参数?

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发表于 2020-10-31 17:55:36 | 显示全部楼层
高朋满座 发表于 2020-10-31 15:28
谢谢老师的建议,那么是不是在结构发生明显形变的时候需要重新寻找力场参数,如果不发生明显形变,例如CH ...

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