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[超级计算机] 求助按照sob大神编译好的vasp,测试没问题,跑起来自己的5步就直接显示内存...

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发表于 2020-10-31 10:57:33 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 ZizhenZhou 于 2020-11-2 05:03 编辑

抱歉抱歉,重新编辑了一下。
如题, 编译的vasp5.4.4.
测试什么的都没问题, 跑起来自己的直接显示内存不足。 用的超算3个节点,每个20核。
以前从来没有遇到过这样的情况。
提交脚本如下:

#!/bin/bash
#SBATCH  --job-name="SrTiO3_6"
#SBATCH -p Mem128s
#SBATCH --mem=129000
#SBATCH -N 3
# If you only need a few cores disable this and instead use
#SBATCH --exclusive
#SBATCH -n 60
# SBATCH --ntasks-per-node=20
# How long will it run [[HH:]MM:]SS, use UNLIMITED for no
#SBATCH --time=UNLIMITED

echo "Working directory is:"
pwd
source /etc/profile

# Loads Gaussian application directory
export GAUSS_JOBID=$SLURM_JOB_ID
export GAUSS_USER=$SLURM_SUBMIT_DIR
export TSNET_PATH=$GAUSS_LEXEDIR
export g09error=""
export OMP_NUM_THREADS=1
echo -n "Master Process is on: "
hostname

echo -n "Machine details are: "
uname -a
echo "Local Working Directory: $TMPDIR"

# Main Program Run
date
time mpirun  -n 60  /home/z5189670/vaspmake/vasp.5.4.4/bin/
date

echo "Finished job $GAUSS_JOBID"
~                                       

更新一下, 根据 ’http://bbs.keinsci.com/thread-16082-1-1.html
重新编译并添加soft-hpc之后正常运行。

但是遇到了第二天提交相同任务时候又一次报出内存超出。再一次安装soft-hpc之后解决,不清楚具体原因,想请问各位看法。

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发表于 2020-10-31 12:27:21 | 显示全部楼层
这又不是画画。。。能先把颜色去掉么
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

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发表于 2020-10-31 17:58:11 | 显示全部楼层
发帖之后都自己不看么?这么五颜六色看着不累么?重新编辑帖子,便于他人阅读。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
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 楼主| 发表于 2020-11-2 05:03:48 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-10-31 17:58
发帖之后都自己不看么?这么五颜六色看着不累么?重新编辑帖子,便于他人阅读。

抱歉抱歉,已经重新编辑

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 楼主| 发表于 2020-11-2 05:08:40 | 显示全部楼层
zjxitcc 发表于 2020-10-31 12:27
这又不是画画。。。能先把颜色去掉么

已重新编辑,真抱歉
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