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[新手求助] 求助激基复合物/激基缔合物优化及激发态计算

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看了论坛里的一些关于激基复合物/激基缔合物计算的讨论,越看越迷糊。
1.请问目前对于激基复合物/激基缔合物构型的优化该怎么做呢?
2.激发态的计算和单点计算一样还是有别的办法?
3.可否计算出激基复合物/激基缔合物的发光光谱。
新手求问,感激不尽。



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发表于 Post on 2020-11-3 17:34:37 | 只看该作者 Only view this author
同关注,发表一下我的观点:
1. 激基复合物合理构型寻找和优化是最重要的一个问题,这个留待大佬和有经验的回答。
2.和3.其实不是问题,只要构型解决了,体系算的动,应该只需采用常规TADF的的计算方法和经验基本就没问题。

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发表于 Post on 2020-11-4 03:43:52 | 只看该作者 Only view this author
和普通体系的优化、发射光谱计算在关键词、流程上没有区别,恰当搭建结构即可
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 08:17:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 03:43
和普通体系的优化、发射光谱计算在关键词、流程上没有区别,恰当搭建结构即可

好的,谢谢老师,这里提到的恰当的搭建结构是靠经验来搭建,还是有别的办法?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 08:26:26 | 只看该作者 Only view this author
Novice 发表于 2020-11-3 17:34
同关注,发表一下我的观点:
1. 激基复合物合理构型寻找和优化是最重要的一个问题,这个留待大佬和有经验 ...

谢谢

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发表于 Post on 2020-11-4 08:29:21 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 08:17
好的,谢谢老师,这里提到的恰当的搭建结构是靠经验来搭建,还是有别的办法?

通过氢键等方向性较强的相互作用缔合的激基复合物,有可能可以直接靠经验搭建(前提是单体也足够刚性)。如果是靠静电、色散作用缔合的激基复合物,严格来说要做构象搜索
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 10:06:54 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-4 08:29
通过氢键等方向性较强的相互作用缔合的激基复合物,有可能可以直接靠经验搭建(前提是单体也足够刚性)。 ...

Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到,构象搜索是对于柔性分子而言的,柔性分子有许多可旋转的键,因此势能面上有很多极小点,构象搜索目的是找到最稳定的一批构象,得知哪个构象能量最低、构象的能量彼此间相差多少。即是对单个分子的构象搜索,对于单体较为刚性的分子,直接opt应该就能找到需要的构型,那两个单体间的空间位置如何调整呢?谢谢~

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发表于 Post on 2020-11-4 11:18:14 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 10:06
Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到,构象搜索是对于柔性分子而言的,柔性分子 ...

用同一篇文章里提到的团簇构型搜索。我之前说构象搜索的时候没有区分团簇构型搜索和构象搜索,我本来是想同时指两者的
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 11:43:58 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-4 11:18
用同一篇文章里提到的团簇构型搜索。我之前说构象搜索的时候没有区分团簇构型搜索和构象搜索,我本来是想 ...

谢谢老师的回复,团簇我没接触过,一般都是成百上千的原子、分子组成的聚集体,那两个分子的聚集也可以用这个团簇构型搜索来做吗?

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发表于 Post on 2020-11-4 12:41:19 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 11:43
谢谢老师的回复,团簇我没接触过,一般都是成百上千的原子、分子组成的聚集体,那两个分子的聚集也可以用 ...

可以,原理是相通的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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发表于 Post on 2020-11-4 14:20:36 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 10:06
Sob在《使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索》中提到,构象搜索是对于柔性分子而言的,柔性分子 ...

genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 17:34:01 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 anlancx 于 2020-11-5 08:33 编辑
sobereva 发表于 2020-11-4 14:20
genmer:生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369- ...

我看完了一系列博文,自己尝试了一下,还有几个问题请教一下:
1.genmer是否适合做如图1这样两个单体的构型搜索

2.这样的体系ngen=多少合适呢?
3.为何我生成的traj.xyz拖到VMD里只有一张图(ngen= 10),如何像博文里那样翻看这10个构型呢?

4.对于这样两个单体,先通过gaussian 优化一下单体结构,再来用genmer跑是否有用,还是直接genmer跑就完事了。

谢谢老师。


Snipaste_2020-11-05_08-26-16.jpg (30.06 KB, 下载次数 Times of downloads: 81)

图1

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发表于 Post on 2020-11-4 22:10:36 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 17:34
我看完了一系列博文,自己尝试了一下,还有几个问题请教一下:
1.genmer是否适合做如图这样两个单体的构 ...

贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还特意强调了:http://bbs.keinsci.com/thread-18961-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-5 08:27:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 22:10
贴图方式不对,其他人看不到。重新编辑帖子并仔细看置顶的新社员必读贴了解怎么正确贴图,此问题在这里还 ...

不好意思老师,我已经修改好了

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发表于 Post on 2020-11-5 21:55:13 | 只看该作者 Only view this author
anlancx 发表于 2020-11-4 17:34
我看完了一系列博文,自己尝试了一下,还有几个问题请教一下:
1.genmer是否适合做如图1这样两个单体的 ...

你的问题是单分子的构象搜索,而不是复合物的构型搜索

这应当用这些文章里的做法,任选其一,当前问题用gentor+molclus就够了
gentor:扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

对于用gentor的情况,就把几个关键性的键旋考虑旋转就完了
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