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[GROMACS] 有机小分子水溶液预组装过程求助

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老师们我想问一下,我目前的工作是用gromacs模拟两种有机小分子(下图所示)在DMF(二甲基甲酰胺)/1.0M HCl aq.(2/1)溶液中的预组装的过程,有结果问题一直困惑想问一下。
1、gromacs没办法设置具体的pH值,那我是不是就可以通过已知目前溶液pH值和两个分子的pKa去计算目前溶液中两种有机小分子的分子态和离子态各占多少比例,然后通过packmol软件进行添加就可以体现pH了。
2、另外HCl是属于强酸强电解质,在水中会进行完全的电离,那我溶剂分子的添加是否就是按照比例添加DMF分子,氯离子和水分子就可以。但是看之前的帖子说需要考虑水合氢离子,所以我想问一下我这个情况是否应该考虑水合氢离子,如果需要考虑的话水合氢离子的比例是多少呢,水合氢离子有点特殊如何编写拓扑文件呢。
谢谢老师

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发表于 Post on 2020-11-4 03:59:14 | 只看该作者 Only view this author
1 是
2 不考虑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 09:50:07 | 只看该作者 Only view this author

sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗?因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子,计算过程中溶剂分子的话只需要添加DMF分子,OPC3水分子和按照比例添加氯离子就好了。
谢谢您

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发表于 Post on 2020-11-4 14:32:12 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-11-4 09:50
sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗?因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子,计 ...

让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 14:37:12 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 14:32
让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了

好的,谢谢sober老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-4 15:09:57 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-11-4 14:37
好的,谢谢sober老师

sober老师不好意思还想问您个问题,质子化的DMF的top文件怎么生成呢,用gaussian画DMF分子的时候如何体现质子化呢

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发表于 Post on 2020-11-5 21:29:36 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-11-4 15:09
sober老师不好意思还想问您个问题,质子化的DMF的top文件怎么生成呢,用gaussian画DMF分子的时候如何体现 ...

把一个H放到预计质子化的位点,然后优化。之后用acpype处理产生拓扑文件,然后实际MD跑一下看看形态维持得如何,效果不好的话再调
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-8 18:07:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-5 21:29
把一个H放到预计质子化的位点,然后优化。之后用acpype处理产生拓扑文件,然后实际MD跑一下看看形态维持 ...

好的,谢谢sober老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-16 20:57:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-4 14:32
让质子化的DMF数目和Cl-数目等同就行了

sober老师,我计算了一下cl-的数量比所有的DMF数量还要多,那是不是所有的DMF都质子化呢,另外这个时候需要考虑多余的氢离子吗

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发表于 Post on 2020-12-25 17:56:32 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-11-4 09:50
sober老师那还需要去管溶液中氢离子的含量吗?因为HCl在水中会完全的电离。
还是说不需要考虑氢离子,计 ...

不明白这个地方为什么只添加氯离子,不应该是氯化氢吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-27 10:01:44 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 华理小妮 于 2020-12-27 10:02 编辑

sober老师,我想问您一下运用gromacs软件模拟均相体系有机小分子预组装过程的准确度高不高呢,我们主要考虑的是两种体系,非极性有机溶剂依靠氢键结合和水溶液体系依靠疏水结合。我们就想知道在溶剂下,有机小分子A B是否结合到一起,或者说A-B B-B A-A结合比例是什么样子的,采用的是GAFF这种适合小分子的力场,RESP0.5电荷,计算电荷的时候也会用gendor考虑不同的构象。

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发表于 Post on 2020-12-28 07:09:59 | 只看该作者 Only view this author
华理小妮 发表于 2020-12-27 10:01
sober老师,我想问您一下运用gromacs软件模拟均相体系有机小分子预组装过程的准确度高不高呢,我们主要考 ...

没有问题

那叫gentor
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sobereva 发表于 2020-12-28 07:09
没有问题

那叫gentor

不好意思sober老师。

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