求助！蛋白质C端氨基酸残基未被识别

wanglg · 发表于 Post on 2020-11-5 15:48:30

我在按照gromacs教程练习MD时，先将10MB.pdb文件补上C端氧原子得到addoxt.pdb,之后分子模拟得到npt-nopt.gro并用VMD保存为npt-nopt.pdb。
可是发现VMD未能识别10MB.pdb和npt-nopt.pdb文件C端的PRO氨基酸残基（报错：Unusual bond between residues: 37 (protein) and 38 (none)）,但可以识别addoxt.pdb文件C端的PRO氨基酸残基。
此外我用pymol打开三个文件，发现末端的PRO氨基酸残基都能显示出来（见附图）。
请问这是什么原因？

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-5 23:42:27

把末尾的OC1、OC2改成O1、O2就能被VMD认成蛋白质的残基了

wanglg · 发表于 Post on 2020-11-6 10:40:01

sobereva 发表于 2020-11-5 23:42
把末尾的OC1、OC2改成O1、O2就能被VMD认成蛋白质的残基了

好的，多谢老师了。

yuanchong · 发表于 Post on 2022-2-14 22:09:35

您好，请问您怎么判断C端是否缺失O原子从而使用SPDBV对其进行添加？

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