计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9777|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] Hbonds与allbonds的问题求解

[复制链接 Copy URL]

226

帖子

0

威望

878

eV
积分
1104

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
知道老师一直认为应该使用hbonds,但是有些情况使用hbonds情况一直报错,跑着跑着先分子结构就散了,换成allbonds后可以正常运行。所以想问使用allbond一定就是错的吗,使用allbonds的结果一定不可信吗。

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2020-11-6 00:27:33 | 只看该作者 Only view this author
all-bonds才能成功说明拓扑文件里的bond项就有问题,以错误的方式获得看似正确的结果是说不通的,要是让审稿人知道了绝对不干
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

1171

帖子

7

威望

6860

eV
积分
8171

Level 6 (一方通行)

3#
发表于 Post on 2020-11-6 16:45:25 | 只看该作者 Only view this author
使用allbonds的结果一定不可信吗

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 01:39 , Processed in 0.245517 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list