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[GROMACS] 请问各位老师gromacs中进行升温退火的作用是什么?

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请问各位老师gromacs中进行升温退火的作用是什么?什么时候需要添加退火的参数?

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发表于 Post on 2020-11-6 12:34:00 | 只看该作者 Only view this author
只要有变温过程就要用退火,比如从0K升温到300K。另外在研究一些分子的构象时可以用高温让其越过势垒,可以升到较高温度再降温,反复几次。

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发表于 Post on 2020-11-7 17:23:31 | 只看该作者 Only view this author
退火在GROMACS里泛指按照人为指定方式变化参考温度值,从而令体系温度也以自己期望的方式变化的模拟。

比如可以让新搭建的体系平缓升温到期望温度,保证动力学稳定性。也可以缓慢升温/降温考察比如物质的熔点/冰点。也可以做周期性退火,用于构象/构型搜索的目的,此文里介绍了:
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-19 08:50:17 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-7 17:23
退火在GROMACS里泛指按照人为指定方式变化参考温度值,从而令体系温度也以自己期望的方式变化的模拟。

...

老师,我有两组分子A和B需要进行动力学模拟,而且需要放入同一篇文章中,然后进行动力学模拟时会出现真空区或者跑爆炸的情况,A的解决方法时从高温逐渐降低到室温可以正常进行模拟,而B在高温下出现爆炸情况,如果从低温逐渐升高到室温则可以正常模拟,所以想请问老师,两种不同方法进行模拟可以放同一篇文章中结果对比吗?还是对于B方法从低温先升至高温再降低至室温?

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发表于 Post on 2021-10-19 09:11:35 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-19 08:50
老师,我有两组分子A和B需要进行动力学模拟,而且需要放入同一篇文章中,然后进行动力学模拟时会出现真空 ...

说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体,正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-10-19 09:15:17 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 xxzj 于 2021-10-19 09:32 编辑
sobereva 发表于 2021-10-19 09:11
说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体,正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度

老师,是固体,卟啉类小分子,然后低温下npt可以正常模拟,然后因为两组分子需要放一篇文章中,一组是从高温降至室温进行动力学模拟,一组则是低温升至室温进行模拟,由于方式不同,想请问老师这样可以吗?还是为了统一,第二组分子从低温升至高温再降至室温?

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发表于 Post on 2021-10-20 02:22:18 | 只看该作者 Only view this author
xxzj 发表于 2021-10-19 09:15
老师,是固体,卟啉类小分子,然后低温下npt可以正常模拟,然后因为两组分子需要放一篇文章中,一组是从 ...
先升温,再降到实际研究的温度,可以使得分子的分布、朝向在高温期间充分自发弛豫,这样得到的最终结果相对比较有意义,消除了初始建模时可能存在的不合理性。
而只是从低温升温到实际研究的温度,体系始终都是固态,如果初始结构偏离实际情况明显,则最后模拟的结果没有意义。

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发表于 Post on 2022-1-5 22:05:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-19 09:11
说清楚是什么样的分子
如果是小分子液体,正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度

你好sob老师,想就这个问题继续请教一下您!我的体系是小分子的水溶液(体系一共几千个原子),想用Einstein方程(就是mean square deviation对时间t的斜率)算溶质的扩散率。因为溶质分子个数很少,想多次模拟后算扩散率的平均值以及方差。升温平衡后 有两种跑成品模拟的温度设置方法:1.从0K开始升温到室温,再保持室温进行模拟 2. 直接设定初始温度为室温(每次使用不同的random-seed)进行模拟。
如果使用方法1,不知道大概需要多少ns升温298K比较稳妥?2,初始温度都是0K的话,会不会因为初始状态都一样,多次模拟sample的相空间实际上是同一区域,因而不能达到代表性取样?
使用方法2,每次初始速度(各原子坐标已经过升温-平衡过程)都不一样的话,每次模拟sample的相空间肯定很不一样,代表性强;体系简单只有几千原子的话,5ns应该也足够平衡(不知成品模拟用nose-hoover还是v-rescale好?我们尝试过,两者算的扩散率没有显著差异)。但您的意思“正常的模拟方式就是先从低温升到目标温度”?不知道我们想到的方法1、2,哪个更好呢?多谢提点~

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发表于 Post on 2022-1-6 00:44:27 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2022-1-5 22:05
你好sob老师,想就这个问题继续请教一下您!我的体系是小分子的水溶液(体系一共几千个原子),想用Einst ...

没必要纠结哪种方式升温。这种体系只要在最终目标温度下跑过一阵达到平衡,之后就能算扩散系数了。前期怎么升温都一样。只不过通过退火设置要求线性升温往往更为稳妥一些,避免可能由于升温太快导致体系崩了。

怎么判断平衡下文说了
谈谈怎么判断分子动力学模拟是否达到了平衡
http://sobereva.com/627http://bbs.keinsci.com/thread-27122-1-1.html

热浴始终都用V-rescale。
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发表于 Post on 2023-12-16 17:46:23 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 一条君 于 2023-12-17 20:27 编辑

请删帖,谢谢
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