水+CTAC体系能量极小化后不收敛求助

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-6 13:11:02

各位老师好
我在水盒子里挖一个圆柱，圆柱里放入CTAC想要形成胶束，但用gromacs能量极小化后能量一直不收敛（如下图所示，能量极小化的mdp文件也已上传），后面nvt时会提示体系能量过高，这种情况应该如何解决呢？

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-6 13:44:08

63395号原子受力太大了，检查附近结构是否存在不合理(比如原子距离过近)。

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-6 17:05:48

jimulation 发表于 2020-11-6 13:44
63395号原子受力太大了，检查附近结构是否存在不合理(比如原子距离过近)。

您好，请问可以具体说下该如何检查及修改吗？我刚开始学习分子动力学，不太了解，麻烦您了~

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-6 19:57:46

liurongjuan 发表于 2020-11-6 17:05
您好，请问可以具体说下该如何检查及修改吗？我刚开始学习分子动力学，不太了解，麻烦您了~

vmd里看，graphics→representations→create rep，在selected atoms框内输入'within 0.3 of serial 63395'，回车后就可以看到63395号原子附近0.3nm内的其他粒子。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-11-7 02:02:06

jimulation 发表于 2020-11-6 19:57
vmd里看，graphics→representations→create rep，在selected atoms框内输入'within 0.3 of serial 6339 ...

VMD里的单位都是埃，应该是within 3 of

jimulation · 发表于 Post on 2020-11-7 08:38:20

Lacrimosa 发表于 2020-11-7 02:02
VMD里的单位都是埃，应该是within 3 of

对的，忘了这茬了

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-7 17:27:50

mdp没显著问题，要么初始结构太垃圾，要么拓扑文件有严重问题。如果此二者你确信确实没问题，也可以尝试用双精度版gmx优化

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-11 21:52:04

jimulation 发表于 2020-11-6 19:57
vmd里看，graphics→representations→create rep，在selected atoms框内输入'within 0.3 of serial 6339 ...

好的好的，谢谢您啦

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-11 21:59:24

Lacrimosa 发表于 2020-11-7 02:02
VMD里的单位都是埃，应该是within 3 of

好的，谢谢您啦~

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-12 11:09:55

sobereva 发表于 2020-11-7 17:27
mdp没显著问题，要么初始结构太垃圾，要么拓扑文件有严重问题。如果此二者你确信确实没问题，也可以尝试用 ...

sob老师您好，请问下怎样查看初试结构和拓扑文件是否存在问题呢？我的初试结构是用packmol建模的，CTA+的itp文件是由ATB网站生成，水分子的itp文件是gromos54a7力场自带的，相关的文件我放在附件上传了，麻烦老师了

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-13 09:55:36

liurongjuan 发表于 2020-11-12 11:09
sob老师您好，请问下怎样查看初试结构和拓扑文件是否存在问题呢？我的初试结构是用packmol建模的，CTA+的 ...

[molecules]里水和MF6之间有100个CL-，但是gro里却没有，明显不合理

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-14 17:08:06

sobereva 发表于 2020-11-13 09:55
[molecules]里水和MF6之间有100个CL-，但是gro里却没有，明显不合理

老师，这里删除了Cl-之后，体系能量还是不收敛，请问下该怎么办呢

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-14 17:54:25

我不知道你怎么用的，看你这个gro盒子大小也没有。其次em的时候不要用太多的核或者cpu跑，比如你发的这个图上104个mpi就非常吓人了，本来你的体系也不是很大。

sobereva · 发表于 Post on 2020-11-14 23:44:41

liurongjuan 发表于 2020-11-14 17:08
老师，这里删除了Cl-之后，体系能量还是不收敛，请问下该怎么办呢

慢慢一点点检查拓扑文件、初始结构的合理性、对应性，尝试简化体系、修改模型等等

liurongjuan · 发表于 Post on 2020-11-16 13:46:04

sobereva 发表于 2020-11-14 23:44
慢慢一点点检查拓扑文件、初始结构的合理性、对应性，尝试简化体系、修改模型等等

好的，谢谢老师

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[GROMACS] 水+CTAC体系能量极小化后不收敛求助