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楼主 Author: NicoleJiao
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[新手求助] 求助卟啉分子吸附在平面的表面增强拉曼光谱的计算问题

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-7 18:51:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-6 23:15
基底是半导体吧?
半导体不一定有明显的SERS,SERS主要是金属有

老师,再请教您一个问题:对卟啉和石墨炔复合物,我计算opt和freq=raman的时候都加上了em=gd3bj,后来单独对卟啉做opt和freq=raman(比较拉曼是否增强),两者这样比较合适吗?毕竟前者加了em=gd3bj,后者没有加。

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发表于 Post on 2020-11-7 20:18:16 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:39
好的老师,有一个问题请教您,卟啉吸附在石墨炔上,距离大约2.3埃,我对复合物进行优化的时候,要加em=gd ...

要加。单点能的差别倒看不出什么,因为只有吸附前后的能量差是重要的,不过对于这种非共价吸附体系,肯定是要加色散校正的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2020-11-7 20:20:50 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:44
嗯嗯好的老师,是给别人算的课题,我去详细了解下。
老师,还有一个问题:算吸附能,氧化石墨烯吸附在磷 ...

必须始终加em=gd3bj,即使单体也要加,因为em=gd3bj不仅包括分子间色散,也包括分子内色散,所以如果复合物加色散校正而单体没加,等于分子内色散没有减掉,你得到的就不止是你需要的分子间色散能了。
极端一点说,即使你研究的是氢气在基底上的吸附,氢气也要加em=gd3bj,因为两个氢原子之间有一点色散。
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-7 20:22:08 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:45
老师,这种体系,算opt和freq=raman的时候,都得加上em=gd3bj?

对,必须都加。
opt必须加,否则不能准确得到卟啉和基底之间的距离;色散校正对freq的直接影响倒不大,但是freq的理论级别必须和opt严格一致,而opt必须加,所以freq也必须加
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2020-11-8 19:25:15 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:39
好的老师,有一个问题请教您,卟啉吸附在石墨炔上,距离大约2.3埃,我对复合物进行优化的时候,要加em=gd ...

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557http://bbs.keinsci.com/thread-17899-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 11:33:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-8 19:25
谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://sobereva.com/557(http://bbs.kei ...

明白,谢谢老师。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-9 11:33:19 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-11-7 20:22
对,必须都加。
opt必须加,否则不能准确得到卟啉和基底之间的距离;色散校正对freq的直接影响倒不大, ...

受益良多,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-11-9 11:58:46 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-7 18:44
嗯嗯好的老师,是给别人算的课题,我去详细了解下。
老师,还有一个问题:算吸附能,氧化石墨烯吸附在磷 ...

你这个吸附过程涉及弱相互作用的话,要加D3矫正。
理论上计算结合能,计算复合物与两个片段的单点能时,计算级别和方法应保持完全一致,这样求差才有意义。
我一般的做法是:编辑好复合物单点能的输入文件后,直接复制两份,相应地删除两个片段的坐标信息,关键词保持不变,注意调整对应的电荷与自旋多重度,就可以得到两个片段单点能的输入文件了,然后一起提交计算即可。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-10 09:29:37 | 只看该作者 Only view this author
Yaqi 发表于 2020-11-9 11:58
你这个吸附过程涉及弱相互作用的话,要加D3矫正。
理论上计算结合能,计算复合物与两个片段的单点能时, ...

学到了,谢谢您。

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发表于 Post on 2020-11-11 17:12:51 | 只看该作者 Only view this author
NicoleJiao 发表于 2020-11-10 09:29
学到了,谢谢您。

补充一点:不要忘记基组重叠误差,参看:谈谈BSSE校正与Gaussian对它的处理

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