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[Multiwfn使用咨询] 复现《使用Multiwfn预测晶体密度、蒸发焓、沸点、溶解自由能等性质》中的分子表面分析

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本帖最后由 gyg16 于 2020-11-11 15:41 编辑

最近看到一篇计算蒸发焓和升华焓的文章,想复现一下文章的结果。然后在论坛里找到了Sob老师的帖子http://bbs.keinsci.com/thread-3571-1-1.html,想先尝试复现一下1.1中分子表面分析的结果,但是按照帖子里的方法和步骤最后得到的结果和Sob老师的结果有一些差别,所以想请教一下Sob老师我的计算过程哪里有问题,为什么结果会有一些不一样。谢谢老师!
分子结构:


Gaussian输入文件:
%nprocshared=24
%mem=12GB
%chk=RDX.chk

# B3PW91/6-31G** opt freq

Title Card Required

0 1
O                  3.06654700    1.59486200   -0.00000400
O                  1.48629800    3.12051500    0.00001100
O                 -2.91459800    1.85820400   -0.00000400
O                 -3.44553100   -0.27319300    0.00000200
O                 -0.15199100   -3.45317200   -0.00000600
O                  1.95938100   -2.84731100   -0.00000100
N                 -1.32814800    0.33108300    0.00000000
N                  0.37724400   -1.31564500    0.00000300
N                  0.95081200    0.98464600   -0.00000400
N                  0.75428700   -2.62964300    0.00000800
N                  1.90023900    1.96805600   -0.00000500
N                 -2.65454300    0.66158500    0.00000100
C                 -1.05473200   -1.09231300    0.00000400
H                 -1.50613500   -1.55978600   -0.88252500
C                 -0.41861400    1.45961700   -0.00000400
H                 -0.59780400    2.08449400    0.88242200
C                  1.47337200   -0.36734000    0.00000000
H                  2.10382200   -0.52450800    0.88256300
H                  2.10382200   -0.52451300   -0.88256300
H                 -0.59780600    2.08449000   -0.88243300
H                 -1.50613400   -1.55978000    0.88253600


我自己的Multiwfn输出:


老师的结果

第一次用Multiwfn做分子表面分析,所以不知道这个差别算不算大。
我的结果代入公式得到的蒸发焓:2.130*sqrt(203.02471)+0.930*sqrt(25.50372)-17.844=17.20 kcal/mol,
老师的结果代入公式得到的蒸发焓:2.130*sqrt(204.30463)+0.930*sqrt(26.08659)-17.844=17.35 kcal/mol


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发表于 Post on 2020-11-11 16:00:15 | 只看该作者 Only view this author
用的软件版本一样吗?不过个人感觉这两个结果差别不大。
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发表于 Post on 2020-11-11 21:01:35 | 只看该作者 Only view this author
可能是初始构型、Gaussian版本有异。

我博文里用到的RDX的相关文件在这里,供对照
RDX.rar (473.67 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-6-16 16:29:07 | 只看该作者 Only view this author
请问其中的a,b,c这三个常数是怎么拟合的,谢谢

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发表于 Post on 2021-7-1 06:43:53 | 只看该作者 Only view this author
okwl 发表于 2021-6-16 16:29
请问其中的a,b,c这三个常数是怎么拟合的,谢谢

拿origin对Multiwfn算的描述符和实验值做个线性拟合就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-7-6 15:47:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-7-1 06:43
拿origin对Multiwfn算的描述符和实验值做个线性拟合就完了

明白了,多谢

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