求助SMD反应路径计算问题

hhhnano

  我相用SMD计算质子传递路径，如图，假设LYS78残基上的2号质子传递到3号氧，请问path值为原子2与1之间的距离之差，以及原子3与原子2之间的距离只差吗？
   

variable
      type = LCOD ! Linear Combination of Distances
      i = (1,2,3,2)
      r = (1.0,-1.0)
      path = (4.3,-3.3)（这两个数值计算方法对吗？）
      harm = (1000.0)
   end variable

非常感谢。