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[Amber] 求助:如何构建两个平行的DNA分子的体系??

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目前,我目前生成了一个双链DNA分子,请问,怎么建立两个平行的DNA分子的体系??

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发表于 Post on 2020-11-15 17:50:31 | 只看该作者 Only view this author
啥意思,复制粘贴平移?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-15 19:40:54 | 只看该作者 Only view this author
liuyuje714 发表于 2020-11-15 17:50
啥意思,复制粘贴平移?

是的。就是要建一个含有两个一样的DNA分子的体系,DNA分子之间轴平行且距离一定

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发表于 Post on 2020-11-15 23:30:22 | 只看该作者 Only view this author
在GaussView里手动调节就完了,需要精细控制的时候可以用VMD的几何变换命令。也可以试图用packmol,直接指定两个DNA分子出现的位置
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-18 10:26:32 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-15 23:30
在GaussView里手动调节就完了,需要精细控制的时候可以用VMD的几何变换命令。也可以试图用packmol,直接指 ...

多谢sob老师!!!

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