求助为什么xtb调用GFN0-xTB出错，但调用GFN1-xTB和GFN2-xTB没事

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-16 10:08:17

使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索时，详见http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

输入./xtb Remdesivir.xyz --input md.inp --omd --gfn 0报错，[ERROR] Program stopped due to fatal error
-3- Could not setup parameterisation
-2- main_setup_newCalculator: Could not construct new calculator
-1- main_setup_newXTBCalculator: Parameter file param_gfn0-xtb.txt not found!

但是删掉--gfn 0后可以运行，把--gfn 0改为--gfn 1或者2可以运行，不知道--gfn 0为什么不可以？

Novice · 发表于 Post on 2020-11-16 16:08:07

我觉得会不会是你的xtb版本太旧了，xtb --version 查看一下xtb版本吧？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-16 16:12:18

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-16 16:14 编辑

自己环境变量没配置好。比如export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
因为xtb对于gfn0的参数没有编译进软件，只能从外部读取，并且是读的环境变量XTBPATH路径下的

qinpei8901 · 发表于 Post on 2020-11-18 15:50:39

liuyuje714 发表于 2020-11-16 16:12
自己环境变量没配置好。比如export XTBPATH=/sob/xtb/share/xtb
因为xtb对于gfn0的参数没有编译进软件，只 ...

好的，谢谢，我试试看

lukaizhou · 发表于 Post on 2021-2-1 16:26:32

问题解决了吗？怎么解决的

snljty · 发表于 Post on 2021-2-1 17:35:04

lukaizhou 发表于 2021-2-1 16:26
问题解决了吗？怎么解决的

3#写的再清楚不过了。
要source xtb安装目录/share/xtb/config_env.bash
conda装完了应该也要source xtb的conda环境里的share/xtb/config_env.bash

neocc · 发表于 Post on 2021-11-11 22:20:26

在windows里把 C:\xtb641\share\xtb 加入环境变量还是会报错，请问如何解决呢？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-11 22:35:43

neocc 发表于 2021-11-11 15:20
在windows里把 C:\xtb641\share\xtb 加入环境变量还是会报错，请问如何解决呢？

报错信息和楼主的报错信息完全一样吗？是不是每行都一样？如果不是的话，把完整的报错信息贴上来

neocc · 发表于 Post on 2021-11-12 22:42:00

wzkchem5 发表于 2021-11-11 22:35
报错信息和楼主的报错信息完全一样吗？是不是每行都一样？如果不是的话，把完整的报错信息贴上来

########################################################################
[ERROR] Program stopped due to fatal error
-3- Could not setup parameterisation
-2- main_setup_newCalculator: Could not construct new calculator
-1- main_setup_newXTBCalculator: Parameter file param_gfn0-xtb.txt not found!
########################################################################
abnormal termination of xtb

报错和楼主一样，已经加入环境变量path，
新建一个XTBPATH
还是会报错。

linux上写入.bashrc后就没问题

liuxwell · 发表于 Post on 2022-12-29 22:09:40

snljty 发表于 2021-2-1 17:35
3#写的再清楚不过了。
要source xtb安装目录/share/xtb/config_env.bash
conda装完了应该也要source xt ...

您好，我想问下，现在在windows下也能安装xtb，也能运行，但也是出现这个错误，该如何找到bashrc这个文件，并加入Sob老师说的那几行语句呢？

shenmh3 · 发表于 Post on 2023-5-10 17:47:10

snljty 发表于 2021-2-1 17:35
3#写的再清楚不过了。
要source xtb安装目录/share/xtb/config_env.bash
conda装完了应该也要source xt ...

你好，我在linux上的.bashrc中加入source /WORK/gcjnk/xtb/Config_xtb_env.bash保存并source之后还是提示找不到 .param_gfn0.xtb，以下是我的./bashrc文件中写的内容：
export PATH=$PATH:/WORK/gcjnk/xtb/bin
export XTBPATH=/WORK/gcjnk/xtb
export OMP_NUM_THREADS=4
export MKL_NUM_THREADS=4
export OMP_STACKSIZE=2048M
ulimit -s unlimited
source /WORK/gcjnk/xtb/Config_xtb_env.bash
麻烦您帮我看下是不是有哪里写的不恰当

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