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[Amber] AMBER跑动力学,水盒子缺了几块

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本人利用AMBER力场跑动力学,将一个蛋白质分子放入水盒子中,利用NVT系综跑了1ps的时候,水盒子就呈现出了缺水的情况,各位有什么方法能够将那个地方的水分子补全吗?

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发表于 Post on 2015-11-6 21:30:18 | 只看该作者 Only view this author
用NPT啊,通过控压调整盒子,自动就会把真空部分给去掉
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 22:03:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 21:30
用NPT啊,通过控压调整盒子,自动就会把真空部分给去掉

通过NPT控制住了盒长之后,再用NPT最后结构的盒长跑NVT,是这样对吗?
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发表于 Post on 2015-11-6 22:54:27 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2015-11-6 22:03
通过NPT控制住了盒长之后,再用NPT最后结构的盒长跑NVT,是这样对吗?

一直用NPT就完了,没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2015-11-6 23:01:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2015-11-6 22:54
一直用NPT就完了,没必要切换到NVT。一般跑蛋白都是用NPT。

got it,谢谢sob老师指点迷津。
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