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[新手求助] 大分子的结构优化失败求助

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发表于 2020-11-18 09:57:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师好,我参照了文献中的基组优化一个大分子的结构,文献中的基组用的是B3LYP/6-31G(d,p),但是我用这个基组就会报错,一下是输入文件、log文件和output文件,还请各位老师指点,谢谢!
TpPa.rar (175.71 KB, 下载次数: 13)

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喵星人

发表于 2020-11-18 10:16:07 | 显示全部楼层
结构太不合理了,好多H都跑飞了

COF的单体,大共轭体系B3LYP是不行的,用wB97XD或者M062X

而且这个这么大的体系可能算不太动,250多个原子

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发表于 2020-11-18 10:27:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 zjxitcc 于 2020-11-18 10:28 编辑

先别管报错了,先写个合理的输入文件再说。至少存在以下问题:
(1)初始结构不合理,里面有些键长键角扭曲得较为严重,需要检查你的初始结构如何来的、有没有漏/多原子、是否可以获得更好的初始结构;
(2)“基组用的是B3LYP/6-31G(d,p)” 说法有误,B3LYP是泛函,6-31G(d,p)才是基组。不要盲目效仿文献,如果文献真的也用B3LYP/6-31G(d,p)优化此分子,要么是文献过于老旧,要么是文献作者不是内行(随便算的)。除非你的任务的是严格重复他的计算结果,否则没有必要光秃秃用B3LYP,一定要加色散校正。(再次)强烈推荐仔细阅读Sob老师博文《谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的》http://sobereva.com/557
(3)坐标后面的连接关系毫无用处,直接删掉,否则浪费空间。
(4)(再次)强烈建议使用#p而非#。另外,这么大体系,8核6GB远远不够,16核16GB是最低的底线,核数越多越好。64核64GB就比较合适了。
欢迎关注“量子化学”公众号,也欢迎投稿。

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喵星人

发表于 2020-11-18 11:57:51 | 显示全部楼层
本帖最后由 喵星大佬 于 2020-11-18 12:01 编辑

对称性的COF建模很简单的,用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

你自己加上核数内存,这种任务估计要48核往上走吧,不做振动分析可能会要求低点,即使48核以上很好的机器振动分析一下估计也是按天计算的

wB97XD 6-31G* 相对来说合理一些

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 楼主| 发表于 2020-11-18 15:00:52 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-11-18 11:57
对称性的COF建模很简单的,用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

谢谢你呀,麻烦问一下对称性工具是什么呀,因为我们后面还有几个COF结构要优化,感谢

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 楼主| 发表于 2020-11-18 15:07:06 | 显示全部楼层
zjxitcc 发表于 2020-11-18 10:27
先别管报错了,先写个合理的输入文件再说。至少存在以下问题:
(1)初始结构不合理,里面有些键长键角扭 ...

好的,谢谢老师哦

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发表于 2020-11-18 15:59:27 | 显示全部楼层
大王雷 发表于 2020-11-18 15:00
谢谢你呀,麻烦问一下对称性工具是什么呀,因为我们后面还有几个COF结构要优化,感谢

GaussView Edit菜单->Symmetrize

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 楼主| 发表于 2020-11-18 16:48:32 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:59
GaussView Edit菜单->Symmetrize

谢谢你哦

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 楼主| 发表于 2020-11-27 09:59:51 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-11-18 11:57
对称性的COF建模很简单的,用好对称性工具

等外卖的时候大概调了下

老师您好,以下是我的两个复合物的结构,主体是一样的,就是配体小分子换了,但其中一个成功,另一个就失败了,方法用的也都是一样,还请老师指教

1、 TpPa-7-8-DiMeIQx.com (15.71 KB, 下载次数: 2)

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发表于 2020-11-27 10:09:09 | 显示全部楼层
大王雷 发表于 2020-11-27 09:59
老师您好,以下是我的两个复合物的结构,主体是一样的,就是配体小分子换了,但其中一个成功,另一个就失 ...

优化失败了不给out文件么

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 楼主| 发表于 2020-11-27 14:29:37 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-11-27 10:09
优化失败了不给out文件么


不好意思老师,这是给出的out文件 slurm-1170535.out (476 Bytes, 下载次数: 1)

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发表于 2020-11-27 17:16:13 | 显示全部楼层
大王雷 发表于 2020-11-27 14:29
不好意思老师,这是给出的out文件

图是log文件给出的信息

你这个优化任务可太厉害了

首先报错的原因是你自己提交问题,估计是文件名写错了

然后你加上去的小分子,连H都没加,这个就有点牛逼了
我还在纳闷为啥是开壳层的,点开直接惊了

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 楼主| 发表于 2020-11-27 20:02:43 | 显示全部楼层
喵星大佬 发表于 2020-11-27 17:16
你这个优化任务可太厉害了

首先报错的原因是你自己提交问题,估计是文件名写错了

好的,谢谢老师指点

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 楼主| 发表于 2020-11-30 09:38:31 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-18 15:59
GaussView Edit菜单->Symmetrize

老师您好,我们用了您说的这个对称性工具,还是优化失败,还请老师帮忙指点,感谢 TpBD-COOH-wb97xd-6-31g.com (19.81 KB, 下载次数: 2)

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发表于 2020-11-30 10:07:10 | 显示全部楼层
大王雷 发表于 2020-11-30 09:38
老师您好,我们用了您说的这个对称性工具,还是优化失败,还请老师帮忙指点,感谢

你的结构已经扭曲到光靠对称化工具解决不了的程度了
仔细检查每两个你认为应该成键的原子是否成键了,键长键角二面角是否正确,如果不确定,回去翻有机化学课本。目测有好几十个原子的位置都不对。
另外请贴输出文件,而不要只贴命令行窗口的输出,命令行窗口的输出几乎没有任何信息量,不能用来判断错误所在。
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