有没有简单易行的方法，快速将itp里面的电荷替换为RESP电荷

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-18 13:29:10

本帖最后由牧生于 2020-11-18 13:40 编辑

分子式为CTAB阳离子结构部分

① 使用懒人脚本计算了CTAB的resp电荷，如附件中CTAB.chg

CTAB.chg (3.27 KB, 下载次数 Times of downloads: 6)

② 使用http://bio2byte.be/acpype/在线生成了itp，gro，top和新的pdb文件，如附件所示

CTAB_NEW.pdb (4.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

CTAB_GMX.gro (2.85 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

CTAB_GMX.top (370 Bytes, 下载次数 Times of downloads: 2)

CTAB_GMX.itp (42.42 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

很显然，在线生成的itp文件，和原来的pdb文件的原子顺序是对不上的，分子中只有一个N原子，所以这个当然不会出错，但是比如碳原子，氢原子，数量比较多，如下图所示，且顺序不一样

我只能一个原子一个原子的去找了，进行了替换。

如果原子数较多，一个个的去找了替换就很麻烦，还容易出错。

请问有没有比较简便的方法进行一一对应的替换，且不出错。

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-18 13:54:26

本帖最后由 liuyuje714 于 2020-11-18 14:22 编辑

胡说，itp和最开始的pdb是对应的，只不过你的chg顺序有问题。很明显gaussian读的pdb和用acpype的不是同一个文件，不然顺序不可能会变

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-18 16:46:14

liuyuje714 发表于 2020-11-18 13:54
胡说，itp和最开始的pdb是对应的，只不过你的chg顺序有问题。很明显gaussian读的pdb和用acpype的不是同一个 ...

感谢感谢。。

这次对了。

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