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[Lammps] 请教关于materials studio建模和OPLS力场

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Level 2 能力者

发表于 2020-11-19 10:06:23 | 显示全部楼层 |阅读模式
我打算用Lammps做一些MD模拟,用materials studio建好分子链后,点击cvff力场,MS就会自动为分子链分配势能函数,很方便。但是,我想重复一下别人的文献结果,他们用的是OPLS力场,这个力场在MS里面是没有的,请问我该怎么办呢?先查好相关的力场参数,然后手动输入到data file里面吗?但问题的关键是,我比较了一下cvff和文献中的OPLS对这条分子链的处理,比如atom type,发现OPLS区分得更细致,atom type的个数多,而cvff区分得则比较粗,atom type的个数少,还有像二面角之类的....还有人说需要我自己手动把OPLS的力场加入到MS中,但是这个过程貌似很复杂的样子....
归结一下我的问题:
在MS建模的前提下,如何使用OPLS力场?具体过程是怎么的呢?如果体系中有10000个粒子,那我至少要给每个原子加电荷吧,我要手动加10000次吗,有没有简单些的方法呢?我是菜鸟,别见笑~

谢谢!

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Level 4 (黑子)

发表于 2020-11-19 10:40:58 | 显示全部楼层
你在lammps中写data或者in文件时,把参数写上不就行了。为什么要通过ms加呢?

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 楼主| 发表于 2020-11-19 10:43:36 | 显示全部楼层
因为有一万多个原子,所以i想在单链的时候加上电荷,这样在盒子里电荷也是正确的,结果发现建立盒子之后电荷发生改变。而且写入data文件也是一万多个原子一个一个加吗?

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Level 5 (御坂)

发表于 2020-11-19 17:38:38 | 显示全部楼层
这么常见的程序、这么常见的力场,任何重复两次的常见操作都应该有人写过工具,可以试试https://github.com/agiliopadua/fftool
eureka

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 楼主| 发表于 2020-11-20 11:29:14 | 显示全部楼层
Frank 发表于 2020-11-19 17:38
这么常见的程序、这么常见的力场,任何重复两次的常见操作都应该有人写过工具,可以试试https://github.com ...

好的,感谢~

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发表于 2020-11-27 22:28:52 | 显示全部楼层
schrodinger 中的desmond模块支持OPLS

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发表于 2020-12-6 17:01:43 | 显示全部楼层
请问楼主解决了吗?

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发表于 2020-12-9 17:36:17 | 显示全部楼层
建议参考社长的博文: http://sobereva.com/266  http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/  后面这个网站会解答你的问题

我的问题是在OPLS-AA力场中 LJ 和 库伦 力的special bond的数值是多少呢?

求各位老师解答

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发表于 2020-12-9 19:18:33 | 显示全部楼层
YZH_jesse 发表于 2020-12-9 17:36
建议参考社长的博文: http://sobereva.com/266  http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/  后面这个网站会 ...

William L. Jorgensen在文章里提了一嘴  非成键作用力只考虑 3 bonds 以上的分子间、分子内原子之间的非成键力,同时为了共用一套参数 要把非成键作用力除2  

就是 special bond  是0 0 0.5

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发表于 2020-12-25 17:09:43 | 显示全部楼层
cx218 发表于 2020-11-19 10:43
因为有一万多个原子,所以i想在单链的时候加上电荷,这样在盒子里电荷也是正确的,结果发现建立盒子之后电 ...

1.你用Amorphous模块创建cell的时候,Energy栏下面的charges选择use current就不会更改电荷了。
2.你也可以在VMD里选择原子集,然后分配电荷,相关命令本站上有你可以找找。
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