请教关于materials studio建模和OPLS力场

cx218 · 发表于 Post on 2020-11-19 10:06:23

我打算用Lammps做一些MD模拟，用materials studio建好分子链后，点击cvff力场，MS就会自动为分子链分配势能函数，很方便。但是，我想重复一下别人的文献结果，他们用的是OPLS力场，这个力场在MS里面是没有的，请问我该怎么办呢？先查好相关的力场参数，然后手动输入到data file里面吗？但问题的关键是，我比较了一下cvff和文献中的OPLS对这条分子链的处理，比如atom type，发现OPLS区分得更细致，atom type的个数多，而cvff区分得则比较粗，atom type的个数少，还有像二面角之类的....还有人说需要我自己手动把OPLS的力场加入到MS中，但是这个过程貌似很复杂的样子....
归结一下我的问题：
在MS建模的前提下，如何使用OPLS力场？具体过程是怎么的呢？如果体系中有10000个粒子，那我至少要给每个原子加电荷吧，我要手动加10000次吗，有没有简单些的方法呢？我是菜鸟，别见笑~

谢谢！

Kangtor · 发表于 Post on 2020-11-19 10:40:58

你在lammps中写data或者in文件时，把参数写上不就行了。为什么要通过ms加呢？

cx218 · 发表于 Post on 2020-11-19 10:43:36

因为有一万多个原子，所以i想在单链的时候加上电荷，这样在盒子里电荷也是正确的，结果发现建立盒子之后电荷发生改变。而且写入data文件也是一万多个原子一个一个加吗？

Frank · 发表于 Post on 2020-11-19 17:38:38

这么常见的程序、这么常见的力场，任何重复两次的常见操作都应该有人写过工具，可以试试https://github.com/agiliopadua/fftool

cx218 · 发表于 Post on 2020-11-20 11:29:14

Frank 发表于 2020-11-19 17:38
这么常见的程序、这么常见的力场，任何重复两次的常见操作都应该有人写过工具，可以试试https://github.com ...

好的，感谢~

funok · 发表于 Post on 2020-11-27 22:28:52

schrodinger 中的desmond模块支持OPLS

panki · 发表于 Post on 2020-12-6 17:01:43

请问楼主解决了吗？

YZH_jesse · 发表于 Post on 2020-12-9 17:36:17

建议参考社长的博文： http://sobereva.com/266 http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/ 后面这个网站会解答你的问题

我的问题是在OPLS-AA力场中 LJ 和库伦力的special bond的数值是多少呢？

求各位老师解答

YZH_jesse · 发表于 Post on 2020-12-9 19:18:33

YZH_jesse 发表于 2020-12-9 17:36
建议参考社长的博文： http://sobereva.com/266 http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/ 后面这个网站会 ...

William L. Jorgensen在文章里提了一嘴非成键作用力只考虑 3 bonds 以上的分子间、分子内原子之间的非成键力，同时为了共用一套参数要把非成键作用力除2

就是 special bond 是0 0 0.5

风清行 · 发表于 Post on 2020-12-25 17:09:43

cx218 发表于 2020-11-19 10:43
因为有一万多个原子，所以i想在单链的时候加上电荷，这样在盒子里电荷也是正确的，结果发现建立盒子之后电 ...

1.你用Amorphous模块创建cell的时候，Energy栏下面的charges选择use current就不会更改电荷了。
2.你也可以在VMD里选择原子集，然后分配电荷，相关命令本站上有你可以找找。

luogaoyang123 · 发表于 Post on 2023-2-27 22:15:16

cx218 发表于 2020-11-20 11:29
好的，感谢~

问题解决了吗？我也遇到了同样问题

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