请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 69|回复: 1

[综合交流] 用colvars的eabf计算气体通过纳米孔的PMF

[复制链接]

1

帖子

0

威望

37

eV
积分
38

Level 2 能力者

发表于 2020-11-19 16:09:19 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师,您们好!我想请教老师们一个问题,我用colvars的eabf计算气体通过纳米孔的PMF,计算结果不太好。总会有一段反应坐标(我选取的系统在z方向的偿付)保持在一个常数不变;再一个如何选取目标气体呢,体系中有很多相同的气体,这个研究对象是随便选取的吗?以下是我写的colvars.in及自己计算的结果,也不知道是否正确,我是第一次计算PMF,是个新手,希望各位老师能给出宝贵的建议

结果图

结果图

b

b

a

a

698

帖子

6

威望

3938

eV
积分
4756

Level 6 (一方通行)

发表于 2020-11-20 10:54:56 | 显示全部楼层
你那一段采不到样吧,distance怎么可能为负值

一般来说自由能计算的体系你留一个分子就行了,你要算的是一个分子通过纳米管的自由能变化
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-11-28 16:40 , Processed in 0.148511 second(s), 26 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表