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[GROMACS] 关于4个mdp文件参数的疑惑,rlist 、rcoulomb 、 rvdw、coulombtype的选择

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发表于 2020-11-19 20:11:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 karme 于 2020-11-19 20:13 编辑

最近还在看gromacs tutorial 的蛋白质配体复合物教程,然后我找到别人进行模拟教程的mdp文件,ions、em、nvt、npt以及md的。然后有一些疑惑,希望大佬们能解答一下
1  .ions.mdp文件,用的是cutoff-scheme   = Verlet,但是nstlist=1,可是我查手册nstlist=1不是只支持cutoff-scheme=group吗
2.  为什么ions和能量最小化的时候nstlist=1,然后到了nvt、npt却是等于20
3.   为什么ions的   rlist 、rcoulomb 、 rvdw这三个都是等于1.0,但是能量最小化,nvt、npt用的都是1.2
4.   为什么 ions.mdp的  coulombtype 用的是cutoff。而nvt,npt,md都是用PME
5.    为什么nvt的时候gen-vel=yes,产生速度,但是npt的时候却gen-vel = no,不产生速度
6.    为什么dispcorr 在前面几个mdp文件都不使用任何修正,为什么到了md的时候,却对能量和压力进行长程色散修正 discorr = enerpres
可能问题有点多,而且问题在你们看来可能有点蠢,但还是希望你们能解答一下我,谢谢!

ions是添加离子前的mdp文件

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发表于 2020-11-20 04:19:19 | 显示全部楼层
不要盲目效仿教程,否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定
4 根本不需要特殊设定
5 不要盲目效仿。一开始若在不很低的温度下直接产生初速度是很危险的,正确做法是从0K开始用退火平缓升温。NPT若延续NVT的模拟状态,显然不能重新产生初速度。另外,某些教程刻意先做NVT,其实完全是多余的。
6 本来就用不着。你先搞清楚色散的能量和压力修正实际用处是什么
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发表于 2020-11-20 08:31:02 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-20 04:19
不要盲目效仿教程,否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定

sob老师好,1-4不需要设是因为那个 ion.mdp并不用来跑MD,只是用来往体系加入ion么?

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 楼主| 发表于 2020-11-20 19:25:56 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-20 04:19
不要盲目效仿教程,否则会导致很多没意义的“为什么”
1、2 没必要设nstlist
3 根本不需要特殊设定

谢谢sob老师

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发表于 昨天 11:10 | 显示全部楼层
bobosiji 发表于 2020-11-20 08:31
sob老师好,1-4不需要设是因为那个 ion.mdp并不用来跑MD,只是用来往体系加入ion么?

是。而且非键作用计算设成和MD用的不相同也说不出什么理由来
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