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[GROMACS] 关于蛋白配体结合的稳定的判断问题

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发表于 2020-11-19 21:51:10 | 显示全部楼层 |阅读模式
各位老师你们好,我做的是一个配体对接在蛋白上的不同的位点的MD模拟
我的蛋白是具有四个结构域的蛋白,其中结构域II比较柔性
我将配体对接至结构域III的不同位点上,以此来搜寻可能结合的最优位点
我计算了结构域I与结构域III的距离变化
请问各位老师,有一个体系的距离变化很平稳,这是否能够说明该位点体系的蛋白配体结合比较稳定,配体能够很好的稳定蛋白
或者是有其他办法能够判断最佳位点?
谢谢各位老师

蛋白结构

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结构域I和结构域III的distance变化

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 楼主| 发表于 2020-11-19 21:51:51 | 显示全部楼层
橙色为空白蛋白对照组,其他三条曲线为蛋白配体复合物体系组

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发表于 2020-11-20 04:26:17 | 显示全部楼层
I和III距离那么老远,怎么结合在III上、是否稳定,对于I和III之间的距离变化我不认为会有多明显的影响,也更不直接体现在这上面,除非从实际轨迹图像上能讨论出更多关于相互作用的信息来。
和III不同方式结合的稳定性可以做MMPBSA算结合自由能。
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 楼主| 发表于 2020-11-20 11:55:55 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-20 04:26
I和III距离那么老远,怎么结合在III上、是否稳定,对于I和III之间的距离变化我不认为会有多明显的影响,也 ...

好的,谢谢老师,我计算下MMPBSA

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 楼主| 发表于 2020-11-20 12:00:58 | 显示全部楼层
请问老师,我提取了结构域III在结合前后的RMSD值变化,橙色为空蛋白对照,紫色为蛋白复合物
请问老师,这是否可以说明配体结合后能使结构域III更为稳定,致密性更高

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 楼主| 发表于 2020-11-20 12:03:19 | 显示全部楼层
橙色为空白蛋白体系结构域IIIRMSD值趋势,紫色为蛋白复合物体系
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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
阿帅先森 发表于 2020-11-20 12:03
橙色为空白蛋白体系结构域IIIRMSD值趋势,紫色为蛋白复合物体系

同一个问题别发到两个回帖里问,恰当使用编辑帖子的功能

不能说明,后期基本都没什么区别。跑个III的RMSF,看整体RMSF是否变小,倒是更可能能说明。
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