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[GROMACS] Gromacs是否可被用来计算大体系氢键形成有关的红外光谱变化?

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发表于 2020-11-20 10:31:59 | 显示全部楼层 |阅读模式
如题。计算一个5000多个蛋白质原子(不包含水分子)与有机物弱相互作用的红外光谱振动情况。由于是非共价键,比较弱,能否基于Gromacs分析成键前后分子振动情况,以表征非共价键的形成与否?谢谢!
ps: 显然,量化计算肯定更加准确,但是这么大的体系量化计算,即使仅仅算频率振动都算不动。如果上述Gromacs方法不行,量化计算可有适合的计算方法可供选择?谢谢诸位老师。

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层
我不知道具体是在什么位置、与多少有机物形成氢键复合物。如果是一个大蛋白只在局部某个位置与一个分子形成氢键,想基于分子力场获得红外光谱来对比影响,我看没什么希望,不仅精度很低,而且其它部分的干扰太大了。如果抠出一个局部来通过量化计算,这我看还行得通。
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 楼主| 发表于 7 天前 | 显示全部楼层
本帖最后由 lao7 于 2020-11-21 21:26 编辑
sobereva 发表于 2020-11-21 04:52
我不知道具体是在什么位置、与多少有机物形成氢键复合物。如果是一个大蛋白只在局部某个位置与一个分子形成 ...

想看看大约10000个原子体系的平均振动情况。研究的是天然体系,想和实验测得的光谱作比较!
这10000原子分为蛋白和小分子部分,主要想看看两个组分间结合前后关键官能团区域振动变化情况。
ps:如果仅仅选取成键的部分绘制光谱,其实和实验测得光谱还是有很大差距的。

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发表于 4 天前 | 显示全部楼层
光谱可以算,但是和实验能不能对得上就是另外的故事了。运气好的话你可能可以分辨出某个特征峰分别在计算/实验得到的光谱上的位置,然后改变环境看红移或者蓝移。

拿MD轨迹算红外光谱不靠Hessian,得这么干:

https://jerkwin.github.io/2017/0 ... %E5%85%89%E8%B0%B1/
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