请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 93|回复: 1

[GROMACS] 蛋白质配体复合物中,配体位置限制为什么要去除氢,ndx文件对nvt的结果影响

[复制链接]

23

帖子

0

威望

61

eV
积分
84

Level 2 能力者

发表于 2020-11-20 23:49:00 | 显示全部楼层 |阅读模式
关于蛋白质配体复合物的配体限制问题


gmx make_ndx     -f jz4.gro     -o index_jz4.ndx

> 0 & ! a H*

> q


gmx genrestr     -f jz4.gro     -n index_jz4.ndx     -o posre_jz4.itp         -fc 1000 1000 1000

1.jz4是配体,为什么要将配体去除氢再去限制,这是有什么原因吗?



gmx grompp  -f nvt.mdp     -c em.gro         -r em.gro      -p topol.top      -n index.ndx       -o nvt.tpr
2.为什么要将受体和配体合并,然后生成对应的ndx文件。grompp引入ndx文件,和不引入ndx文件,会对结果有什么影响呢


2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
60837

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 7 天前 | 显示全部楼层
1 不是非得去除氢,只不过给氢加位置限制不重要,只要限制住重原子就足够实现目的了

2 不引入ndx文件,则mdp里就没法用你自定义的组
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是提升计算化学研究水平的最佳选择。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》(http://bbs.keinsci.com/thread-5098-1-1.html)。
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入,申请信息必须注明具体研究方向,否则一定会被拒绝加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2020-11-28 16:21 , Processed in 0.164273 second(s), 23 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表