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[GROMACS] 求助:gromacs跑npt时出错

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发表于 7 天前 | 显示全部楼层 |阅读模式
老师们好,我用12核跑有机电解液的npt时报错:

DD  step 99 load imb.: force 11.9%

step 300 Turning on dynamic load balancing, because the performance loss due to load imbalance is 4.4 %.

-------------------------------------------------------
Program:     gmx mdrun, version 2019
Source file: src/gromacs/domdec/cellsizes.cpp (line 146)
MPI rank:    0 (out of 3)

Fatal error:
The X-size of the box (2.843421) times the triclinic skew factor (1.000000) is
smaller than the number of DD cells (3) times the smallest allowed cell size
(1.000000)

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
-------------------------------------------------------
用1核跑时崩溃:
step 61200, will finish Sun Nov 22 01:35:33 2020
step 61300, will finish Sun Nov 22 01:35:32 2020
step 61400, will finish Sun Nov 22 01:35:30 2020
step 61500, will finish Sun Nov 22 01:35:28 2020
Step 61510, time 123.02 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000069, max 0.001205 (between atoms 965 and 966)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    965    966   30.1    0.1093   0.1091      0.1090

Step 61511, time 123.022 (ps)  LINCS WARNING
relative constraint deviation after LINCS:
rms 0.000103, max 0.002922 (between atoms 965 and 966)
bonds that rotated more than 30 degrees:
atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length
    965    966   30.1    0.1091   0.1087      0.1090

请问老师同学们这该如何解决啊,感激不尽!

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发表于 6 天前 | 显示全部楼层
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