鸟枪换炮以后，3090也没想象的那么香

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-23 09:55:19

本帖最后由牧生于 2020-11-23 10:03 编辑

之前用的是1080TI

现在换成了3090，运行一个9.1万个原子的表面活性剂体系，3090的速度并没有想的那么快啊，每天才50 ns。

看样子驱动都是正确的，能运行

速度只有每天50 ns，比1080TI提升并不是很明显

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-23 10:26:10

你这个测试不对劲，第一体系太小，第二起码应该达到100 ns/day左右。看你的截图怎么会有两个gmx进程id。

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-23 11:25:33

OK，增大体系再继续试试呢。我也希望速度快起来啊。

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-23 11:58:18

本帖最后由 fhh2626 于 2020-11-23 12:00 编辑

有2个GMX进程在同一个GPU上肯定会慢一些，而且GPU占用率似乎也不是很高

用OpenMM或者Amber这种能挤干GPU的软件的结果会比较有说服力

k64_cc · 发表于 Post on 2020-11-23 12:44:44

fhh2626 发表于 2020-11-23 11:58
有2个GMX进程在同一个GPU上肯定会慢一些，而且GPU占用率似乎也不是很高

用OpenMM或者Amber这种能挤干GPU ...

OpenMM对GPU的利用效率其实也没太完美，卡80%~90%也经常能见到。Amber倒是日常100%，快得让我担心自己是不是写错了……

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-23 14:13:31

本帖最后由牧生于 2020-11-23 14:15 编辑

liuyuje714 发表于 2020-11-23 10:26
你这个测试不对劲，第一体系太小，第二起码应该达到100 ns/day左右。看你的截图怎么会有两个gmx进程id。

重启机子以后，重新进行运行，速度有了提升。。
仍然是这个9.1万原子的体系，70多ns每天了

然后，建立一个44万原子的体系，18 ns/day，

那么，有没有更好的办法，尽量提高gromacs对GPU的利用效率啊？？

liuyuje714 · 发表于 Post on 2020-11-23 14:38:33

牧生发表于 2020-11-23 14:13
重启机子以后，重新进行运行，速度有了提升。。
仍然是这个9.1万原子的体系，70多ns每天了

我不知道你具体用的哪款cpu，如果cpu不是瓶颈，我认为你应该尽可能的把运算放到gpu上面，可以在mdrun后面添加这些参数试一试是否提升。-nb gpu -pme gpu -bonded gpu -update gpu

牧生 · 发表于 Post on 2020-11-23 14:41:49

liuyuje714 发表于 2020-11-23 14:38
我不知道你具体用的哪款cpu，如果cpu不是瓶颈，我认为你应该尽可能的把运算放到gpu上面，可以在mdrun后面 ...

6149双路，我试试你的建议

fhh2626 · 发表于 Post on 2020-11-23 16:09:45

k64_cc 发表于 2020-11-23 12:44
OpenMM对GPU的利用效率其实也没太完美，卡80%~90%也经常能见到。Amber倒是日常100%，快得让我担心自己是 ...

omina-dev上面的OpenMM版本比Amber快10%左右，正式版要比Amber慢一些

chemcomp · 发表于 Post on 2020-12-4 21:51:10

请教楼上各位大佬一个问题，我看好几个研究组以及超算中心列出来的GPU都是计算卡，如K80，P100，V100等，使用这些计算卡跑MD（混合精度或单精度）和游戏卡（如2080TI）得到的结果一样吗？如果一样的话，他们为什么不用性价比更高的游戏卡呢？另外我看amber网站的benchmark以及openmm网站上的benchmark都测试过游戏卡，这么说来计算卡和游戏卡得到的结果应该几乎没有差异？

ikea1984 · 发表于 Post on 2020-12-9 12:56:44

chemcomp 发表于 2020-12-4 21:51
请教楼上各位大佬一个问题，我看好几个研究组以及超算中心列出来的GPU都是计算卡，如K80，P100，V100等，使 ...

因为确实有些单位壕无人性。。。

chemcomp · 发表于 Post on 2020-12-11 18:07:28

本帖最后由 chemcomp 于 2020-12-12 13:44 编辑

ikea1984 发表于 2020-12-9 12:56
因为确实有些单位壕无人性。。。

但至少超算中心是要挣钱的啊，游戏卡性价比不是更高吗？我感觉做深度学习用游戏卡的好像比较多，MD的话小课题组用游戏卡也挺多，大组用计算卡的要更多。@abin 您认为呢？

abin · 发表于 Post on 2020-12-12 15:23:16

chemcomp 发表于 2020-12-11 18:07
但至少超算中心是要挣钱的啊，游戏卡性价比不是更高吗？我感觉做深度学习用游戏卡的好像比较多，MD的话小 ...

我买什么看法。

只是部分资料认为，游戏卡稳定性不足，双精度要么没有，要么太菜，在计算方面，尤其是量化计算方面，没啥用。

我没有其他看法。

看提示有人提到我，这一顿找啊。
最后用搜索才定位到，谁提到了我。
这个功能设定好鸡肋。

ikea1984 · 发表于 Post on 2020-12-14 13:54:36

chemcomp 发表于 2020-12-11 18:07
但至少超算中心是要挣钱的啊，游戏卡性价比不是更高吗？我感觉做深度学习用游戏卡的好像比较多，MD的话小 ...

超算中心的建设费和后期的收入可能并不是一条线。。。
不能拿高校运作一个课题组的看法去评判超算中心和一些土鳖研究所。。。

chemcomp · 发表于 Post on 2020-12-15 16:46:58

abin 发表于 2020-12-12 15:23
我买什么看法。

只是部分资料认为，游戏卡稳定性不足，双精度要么没有，要么太菜，在计算方面，尤其 ...

谢谢您的回复。
在量化计算方面，游戏卡或者计算卡都挺鸡肋的好像。在MD方面不知道二者对于模拟的具体影响是什么（除了速度之外）。有人做过相关的测试吗？
我是个小菜鸡，问题可能太初级。

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