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[GROMACS] 文献中黏度的模拟求助

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发表于 2020-11-27 20:35:40 | 显示全部楼层 |阅读模式
如图是一篇文献中关于低共熔溶剂黏度的模拟,请问有大神知道这是什么意思么?他说的0.04-0.24这个值是cos-accelerate吗?6-12个加速度振幅又是什么意思啊,他说的具体在mdp文件中怎么实现呢?
黏度.png

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发表于 2020-11-27 20:48:20 | 显示全部楼层
是cos-accelerate
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2020-11-28 09:41:24 | 显示全部楼层

谢谢老师,那么这两句话怎么理解呢,具体在模拟中如何实现呢?希望各位大神指点
黏度.png

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发表于 2020-11-30 10:11:20 | 显示全部楼层
二饼妹 发表于 2020-11-28 09:41
谢谢老师,那么这两句话怎么理解呢,具体在模拟中如何实现呢?希望各位大神指点

6-12我不清楚,可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值,每个跑10 ns模拟
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2020-11-30 20:50:26 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-30 10:11
6-12我不清楚,可以发邮件问作者
反正肯定是在这个范围区间依次取一些值,每个跑10 ns模拟

谢谢老师,我发过邮件了,但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值,如取6个不同的值,就通过6个vis.mdp来实现,然后gmx grompp -f vis2.mdp -c vis1.gro -p xx.top -o vis2.tpr,每一次用的.gro文件都是上一次跑出来的,这样是对的么?

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发表于 2020-12-1 16:11:45 | 显示全部楼层
二饼妹 发表于 2020-11-30 20:50
谢谢老师,我发过邮件了,但是没有得到回复。意思是将cos-acceleration在0.04-0.24内取6-12个不同的值, ...

每次都重新跑,不是基于上次的gro,否则不公平
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 楼主| 发表于 2020-12-1 21:53:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-12-1 16:11
每次都重新跑,不是基于上次的gro,否则不公平

谢谢老师,麻烦您再帮我看一下这段话,目前我的理解:在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration,分别进行10ns模拟取样(用的gro是平衡后的eq.gro),然后绘制不同的黏度关于cos-acceleration(即文中的Λ)值的图,当Λ=0时y轴的截距就是系统的黏度值。不知道这样理解是否正确?还请老师指点。
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发表于 2020-12-2 07:48:50 | 显示全部楼层
二饼妹 发表于 2020-12-1 21:53
谢谢老师,麻烦您再帮我看一下这段话,目前我的理解:在0.04-0.24内选取6-12个不同的cos-acceleration, ...

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