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[GROMACS] 求助:GROMACS运行grompp时出现Atomtype c3 not found,不知怎么解决

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发表于 2020-11-27 20:54:49 | 显示全部楼层 |阅读模式
order.PNG 97V.itp (49.15 KB, 下载次数: 4)

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公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-11-28 07:12:46 | 显示全部楼层
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件,超过500KB的以后压缩后再上传,首页公告栏提示了。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主| 发表于 2020-11-28 11:34:03 | 显示全部楼层
本帖最后由 someone66 于 2020-11-28 19:58 编辑
sobereva 发表于 2020-11-28 07:12
显然[ atomtypes ]字段得在#include "97V.itp"之前引入。

诸如top这种文本文件,超过500KB的以后压缩后 ...

好的,谢谢老师,下次一定注意。

我修改之后运行还是会出现如下错误命令
ERROR  179 [file 97V.itp, line 341]:
NO default LJ-14 types
ERROR  180 [file 97V.itp, line 342]:
NO default LJ-14 types

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发表于 2020-11-28 19:24:12 | 显示全部楼层
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一起用?必须统一采用相同的力场。

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 楼主| 发表于 2020-11-28 19:56:08 | 显示全部楼层
liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一 ...

哦,明白了,谢谢

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 楼主| 发表于 2020-11-28 19:57:49 | 显示全部楼层
liuyuje714 发表于 2020-11-28 19:24
小分子itp你用的acpype,即对应的是amber/gaff力场,而你的蛋白直接用的gromos力场,这两者怎么能混合在一 ...

哦,明白了,谢谢
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