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[Gaussian/gview] 含Ge体系找过渡态没有虚频求助

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发表于 2020-11-27 22:34:27 | 显示全部楼层 |阅读模式
143个原子,有机配体,配有一个主族金属Ge,
过渡态找了很久,这是现有最大的计算资源了。
%mem=30GB
%nprocshared=12

#p opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis) freq b3lyp/6-31g(d,p) empiricaldispersion=gd3bj int=ultrafine
就差一个第一个过渡态,收敛了,但是没有虚频:

请问是不是找错过渡态了?
http://sobereva.com/164 这里的前期也试了,具体不知用哪一个合适?
请问有没有办法让收敛的过渡态有虚频,为什么我找到的这个收敛了还没虚频?
着急!!!


不胜感激!!!
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发表于 2020-11-28 07:55:55 | 显示全部楼层
以后标题里别带“急!”这种字,显得很浮躁,也破坏论坛气氛,给你去掉了,以后注意

显然首先考虑过渡态初猜不合适所致,尝试其它初猜结构

http://sobereva.com/164是讲怎么帮助几何优化收敛的,和你当前的问题毫无联系

如果缺乏过渡态搜索常识,看
简谈Gaussian里找过渡态的关键词opt=TS和QST2、3
http://sobereva.com/460http://bbs.keinsci.com/thread-12093-1-1.html
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发表于 2020-11-28 10:57:21 | 显示全部楼层
看不太出来你想算的过渡态是什么,不过是不是在Ge上的取代反应?
如果是的话,注意Ge的最大配位数可以到6,同样的反应在碳上面取代是过渡态,在Ge上面取代有可能是中间体。不要先入为主认为是过渡态,然后怪程序算错了,量化计算不是这么做的,如果先入为主的判断必须都对,还要量化计算干什么?
一开始认为是一个过渡态直接反应过去,结果发现有一个中间体,两边各有一个过渡态,这是很常见的现象。

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 楼主| 发表于 2020-11-28 11:10:15 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-28 10:57
看不太出来你想算的过渡态是什么,不过是不是在Ge上的取代反应?
如果是的话,注意Ge的最大配位数可以到6 ...

其实就是一个锗配合物的催化反应,第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应,催化剂与吡啶不反应,催化剂与HBpin也不反应,但是三个放一起就反应了。现在就想知道第一步怎么进行的。猜了好几个结构(HBpin加成,复分解,三组分协同作用),都特别难收敛.我这个三组分协同的过渡态收敛了,但是没有虚频,所以不知道是不是初猜就不对,还是自己计算有问题。
您觉得第一步有可能是一种什么作用?三组分这个初猜Ge是四配位

谢谢您
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 楼主| 发表于 2020-11-28 11:10:38 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-28 07:55
以后标题里别带“急!”这种字,显得很浮躁,也破坏论坛气氛,给你去掉了,以后注意

显然首先考虑过渡态 ...

好的 社长,以后一定注意!

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 楼主| 发表于 2020-11-28 11:11:38 | 显示全部楼层
huozhong 发表于 2020-11-28 11:10
其实就是一个锗配合物的催化反应,第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应,催化剂与吡啶不反 ...

ts2收敛了,虚频振动方向也对

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 楼主| 发表于 2020-11-28 11:13:35 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-28 07:55
以后标题里别带“急!”这种字,显得很浮躁,也破坏论坛气氛,给你去掉了,以后注意

显然首先考虑过渡态 ...

最初从pm6 pm7开始尝试,总是报错Error termination request processed by link 9999.

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发表于 2020-11-28 11:54:32 | 显示全部楼层
huozhong 发表于 2020-11-28 11:10
其实就是一个锗配合物的催化反应,第一步不知道是怎么反应的。因为吡啶与HBpin不反应,催化剂与吡啶不反 ...

试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体,分别往前和往后做扫描,看是否能得到两个过渡态。
没有任何理由先入为主地相信Int-0到Int-1一定是一步反应。

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 楼主| 发表于 2020-11-28 14:33:41 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-28 11:54
试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体,分别往前和往后做扫描,看是否能得到两个过渡态。
没有任何 ...

由衷感谢您的指导,我是新手。请问从现在收敛的结构忘两边扫描怎么输命令,谢谢谢谢~~~

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 楼主| 发表于 2020-11-28 14:41:31 | 显示全部楼层
wzkchem5 发表于 2020-11-28 11:54
试试把你现在优化出来的结构当成一个中间体,分别往前和往后做扫描,看是否能得到两个过渡态。
没有任何 ...

是跑IRC吗

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发表于 2020-11-28 15:46:36 | 显示全部楼层
huozhong 发表于 2020-11-28 14:33
由衷感谢您的指导,我是新手。请问从现在收敛的结构忘两边扫描怎么输命令,谢谢谢谢~~~

你现在的过渡态是怎么找的,往两边找过渡态用完全一样的办法就行

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发表于 2020-11-30 10:13:40 | 显示全部楼层
huozhong 发表于 2020-11-28 11:13
最初从pm6 pm7开始尝试,总是报错Error termination request processed by link 9999.

对这种体系pm6、pm7可靠性极低,也就对常见的主族元素可靠性还稍微高点
问lxxx这种报错毫无意义,仔细看
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
必须自己拿gview看优化轨迹,搞清楚到底发生了什么
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 楼主| 发表于 2020-11-30 23:54:52 | 显示全部楼层
sobereva 发表于 2020-11-30 10:13
对这种体系pm6、pm7可靠性极低,也就对常见的主族元素可靠性还稍微高点
问lxxx这种报错毫无意义,仔细看 ...

好的,谢谢卢老师
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