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[综合交流] 蛋白质在表面的吸附问题

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楼主
各位前辈好,小弟最近打算研究一下蛋白质在固体界面上的吸附问题,看了下文献发现在构建初始模型的时候需要考虑蛋白质的朝向问题,有的文章说是用MONTE CARLO方法确定最优构象,有的是随机挑选六个朝向摆放,然后再跑MD。
想请教下大家如果用MC确定朝向的话,有专门的软件吗,还是需要自己写一下程序?或者除此以外是否还有比较合适的摆放蛋白质的方法。小弟拜谢。

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发表于 Post on 2020-11-28 18:09:28 | 只看该作者 Only view this author
你可以用packmol建模,对蛋白固定中心位置,每次朝向都是随机的,取足够多的数目跑即可
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-11-30 08:48:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-11-28 18:09
你可以用packmol建模,对蛋白固定中心位置,每次朝向都是随机的,取足够多的数目跑即可

谢谢sob老师,没有更合适的方法就打算这样弄了,就是计算量有点大

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