请选择 进入手机版 | 继续访问电脑版
第八届北京科音分子动力学与GROMACS培训班将于2021年1月18~21日于北京举办,请点击此链接查看详情,这是系统性学习分子动力学模拟、掌握GROMACS程序使用的最好机会!(再下一届预计于3或4月举办)

计算化学公社

 找回密码
 现在注册!
查看: 170|回复: 1

[Multiwfn使用咨询] 求助:Multiwfn展示晶体中的孔洞、自由区域怎么操作?

[复制链接]

60

帖子

0

威望

241

eV
积分
301

Level 3 能力者

发表于 2020-11-28 21:26:35 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 liaorongbao 于 2020-11-28 21:40 编辑

我的问题最相关的博文应该是http://sobereva.com/539(另外与http://sobereva.com/408也很相关)。
我把晶体文件001.cif上传到这里,请求对着文件指导一下操作
描述一下我的梦游操作过程。
1. 博文中说Multiwfn的这个功能只能用于矩形盒子。既然需要矩形盒子,那么我怎么才能从晶体中获得矩形盒子呢?晶胞的矢量a,b,c多数情况下并不相互垂直。
2. 我用Gview直接打开已有的001.cif文件,显示出一个带有abc的平行六面体(但并不一定是矩形)。在Gview的PBC Editor的View里面沿着abc的正反方向各自扩大一下,得到初始平行六面体的27倍结构。点combine,然后保存并命名为27.pdb文件(这个文件特别大,1.63MB,能累死Gview)。
3. 把27.pdb拖入Multiwfn.exe,依次选择: 300 /other function; 1 /viewing free regions---; 1 /set grid ---; 输入0.2作为间距spacing计算
    这个时候,程序提示:Input X, Y, Z box lengths in Angstrom, e.g. 31.06, 31.10, 31.09
    这里就不知道该输入什么数值。也说明我的27.pdb文件中原本就没有这三个数值。而博文http://sobereva.com/539是不需要输入三个数值的
    担心输入数值太大耽误时间,于是就随意地输入20,20,20。这个时候我就不知道Multiwfn.exe会从27.pdb的文件对应的六面体的哪个地方切割出一个20*20*20的矩形,或许会从坐标原点吧
    计算结果很快就出来了,输入1查看自由区域,显示出绿色的空隙了。在弹出的窗口中点show molecule,可以发现的确只计算了局部范围,设置的数据20,20,20对应一个局部。
    还好它没计算分子区域之外的地方。
4. 我希望获得全部的3a*3b*3c区域的空隙,输入什么样子的三个数据可以实现呢?当前这个27.pdb文件实在太大,的确不适合用来做这个计算。那就取2a,2b,2c应该可以吧
5. 对于当前的3a*3b*3c六面体文件27.pdb,如何从Gview中获得八个顶点的坐标?有了坐标就可以计算尺度。
6. 是不是把通过8个顶点坐标算得的三个边长尺度作为Input X, Y, Z box lengths in Angstrom, e.g. 31.06, 31.10, 31.09要求的数据就行了?
请求用这个jingti001.cif显示出空隙来,并把详细过程告诉我,谢谢!



001.cif

36.11 KB, 下载次数: 2

晶体结构

2万

帖子

25

威望

3万

eV
积分
62470

管理员

公社社长+计算化学玩家

发表于 2020-11-28 23:03:05 | 显示全部楼层
这个问题实际上应当在第一性原理板块问,只要得到了矩形(正交)盒子,Multiwfn里按照539号博文直接就算出来了,Multiwfn自身没有任何操作上的困难

评分

参与人数 1eV +3 收起 理由
liaorongbao + 3 谢谢

查看全部评分

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com  致力于计算化学的发展和传播,长期开办最高水准的各种量子化学、分子动力学与GROMACS、波函数分析与Multiwfn程序等主题的培训,是快速提升计算化学研究水平的最佳途径。欢迎加入“北京科音”公众号获取培训最新消息和计算化学资讯!培训相关信息见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入人气最高、水准最高的综合性理论与计算化学交流QQ群:思想家公社QQ群1号:18616395,2号:466017436。合计6000人。两个群讨论范畴相同,可加入任意其一但不可都加入。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(最强大的量子化学波函数分析程序)
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu
Money and papers are rubbish, get a real life!
您需要登录后才可以回帖 登录 | 现在注册!

本版积分规则

手机版|北京科音自然科学研究中心|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949-1号 )

GMT+8, 2021-1-16 19:38 , Processed in 0.161792 second(s), 28 queries .

快速回复 返回顶部 返回列表