求助，ORCA优化SCF不收敛出现Check your MOs and.....错误，

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-29 21:42:34

求助，本人优化一个膦酸基团吸附镧离子的体系，对镧用了SDD赝势，优化了30圈，La离子不断向膦酸基团靠近（轨迹见附件），随后SCF不能收敛有一个WARNING

  WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 10 should be a La s core orbital but seems to be delocalized with a P  p orbital (56.9% vs. 17.0%)

意思是说10号分子轨道离域了？感觉这可能是发生发化学反应成键了？
碰到这种情况我应该如何调整？
加入%scf DirectResetFreq=1 end；slowconv；或者提升积分网格能否解决问题？
谢谢

输入文件
|  1>  ! opt PBE0 D3 GCP(DFT/SVP) def2-SVP def2/J RIJCOSX noautostart miniprint nopop
|  2>  %maxcore 3000
|  3>  %pal nprocs 24 end
|  4>  * xyz 0 2
|  5> C       -4.40881       1.92989    -0.23009
|  6> C       -3.13751       1.27634       0.34821
|  7> P       -5.94958       0.90166       0.01110
|  8> H       -4.28022       2.14251    -1.31315
|  9> H       -4.58672       2.89092       0.29832
| 10> O       -6.34683       0.57372       1.67085
| 11> H       -7.25098       0.16966       1.64444
| 12> O       -6.03466    -0.59874    -0.86141
| 13> H       -5.93064    -1.30339    -0.17319
| 14> O       -7.17326       1.70603    -0.50504
| 15> C       -1.96359       2.25744       0.23182
| 16> H       -1.75887       2.50144    -0.83317
| 17> H       -1.04741       1.81791       0.68073
| 18> H       -2.19349       3.19892       0.77516
| 19> C       -2.77708    -0.03632    -0.36203
| 20> H       -3.30216       1.06563       1.42796
| 21> H       -2.61340       0.13559    -1.44753
| 22> H       -3.57355    -0.79272    -0.23242
| 23> H       -1.84932    -0.46315       0.07555
| 24> La       -9.08523    -0.33825    -1.00215 NewECP "SDD" end

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-29 21:56:20

def2基组标配的赝势是def2-ECP，La的SDD和def2-ECP的赝核大小都不一样（前者是28，后者是46），不能通用。直接用默认的def2-ECP就行了，不用额外写赝势。
另外检查一下你是否确实打算计算二重态？我猜你的本意不是计算二重态吧

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-29 22:39:32

wzkchem5 发表于 2020-11-29 21:56
def2基组标配的赝势是def2-ECP，La的SDD和def2-ECP的赝核大小都不一样（前者是28，后者是46），不能通用。 ...

这样啊，我还想SDD的赝势更好一些，那也就是说，如果我用SDD赝势，我还要用SDD的价电子基组（NEWGTO）对吧？
用def2-ECP的话我还要写关键词不？def2似乎第四周期后就默认赝势了。

总电子数为奇数，所以二重态。。。
非常感谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-29 22:56:58

renzhogn424 发表于 2020-11-29 22:39
这样啊，我还想SDD的赝势更好一些，那也就是说，如果我用SDD赝势，我还要用SDD的价电子基组（NEWGTO）对 ...

如果嫌def2-ECP不好的话，我个人建议直接用ZORA。。。
另外我看了一下你的结构，强烈建议你仔细确认你现在画的结构是不是能真正代表你想算的体系的。既然你用了吸附一词，我觉得你应该是想算溶液里的过程，那么首先，La应该和足够多的溶剂分子配位，具体配位数随溶剂不同而不同，但是一般而言，8配位、9配位是很常见的。其次，如果你的La是三价的，而且配体是闭壳层的，那么总电子数必为偶数，且自旋多重度必为1，这也是我为什么问你是否确认你想算的就是二重态。再次，膦酸作为吸附剂一般是以阴离子形式存在，如果质子完全没有电离，那也不会对稀土离子有那么强的亲和力。最后，溶剂里的化学过程，尤其是强极性溶剂里的化学过程，必须加溶剂模型。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-11-30 22:06:56

wzkchem5 发表于 2020-11-29 22:56
如果嫌def2-ECP不好的话，我个人建议直接用ZORA。。。
另外我看了一下你的结构，强烈建议你仔细确认你现 ...

ZORA是能反应相对论效应的全电子基组对吧？不过我不知道它和DKH的适用性区别。

之前确实电荷算错了，后来调节了下，是单重态，收敛了，非常感谢！

那我是水中的吸附，加上水的隐形溶剂就行了对吧

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-11-30 22:45:25

renzhogn424 发表于 2020-11-30 22:06
ZORA是能反应相对论效应的全电子基组对吧？不过我不知道它和DKH的适用性区别。

之前确实电荷算错了， ...

ZORA、DKH是相对论方法，不是基组。它们是用来代替赝势的，但是它们本身不是赝势，比赝势描述相对论效应要准。两者需要搭配特殊的全电子基组，具体可以看orca说明书。两者差别不大，我个人倾向于用ZORA，不过也没有特殊的理由，组里的传统罢了。
隐式溶剂要加，但是光有隐式溶剂还不够，因为隐式溶剂不能描述配位水，所以必须用水分子让La配位饱和，再外面的水用隐式溶剂代替。对于精确的计算，还要用少许几个水分子和膦酸根形成氢键，因为隐式溶剂对氢键的描述也不好。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-12-1 08:26:32

本帖最后由 renzhogn424 于 2020-12-1 08:49 编辑

wzkchem5 发表于 2020-11-30 22:45
ZORA、DKH是相对论方法，不是基组。它们是用来代替赝势的，但是它们本身不是赝势，比赝势描述相对论效应 ...

谢谢！我再看看ZORA的说明。
水分子让La配位饱和这个怎么操作？是指La(OH)2+这种水合离子？还是La旁边弄一圈水？一定距离内的就算配位饱和了，其它的就删掉？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-1 12:06:21

renzhogn424 发表于 2020-12-1 08:26
谢谢！我再看看ZORA的说明。
水分子让La配位饱和这个怎么操作？是指La(OH)2+这种水合离子？还是La旁边弄 ...

建议查一下La3+在水里是几配位的，然后加水分子使得总配位数达到这个配位数。

renzhogn424 · 发表于 Post on 2020-12-2 09:46:32

wzkchem5 发表于 2020-12-1 12:06
建议查一下La3+在水里是几配位的，然后加水分子使得总配位数达到这个配位数。

好的，多谢指点

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-7-1 09:32:48

wzkchem5 发表于 2020-11-29 21:56
def2基组标配的赝势是def2-ECP，La的SDD和def2-ECP的赝核大小都不一样（前者是28，后者是46），不能通用。 ...

你好，我的是一个Au4有机簇体系，关键词如下
! PBE D3 def2-TZVP def2/J opt freq tightSCF noautostart miniprint nopop
也出现了如下报错，为什么C、P原子也会出现这种报错呢？
            *****************************************************
            *                   ERROR                      *
            *       SCF NOT CONVERGED AFTER 125 CYCLES       *
            *****************************************************

  Last Energy change       ... -1.9485e+00  Tolerance : 1.0000e-08
  Last MAX-Density change ... 1.0431e+01  Tolerance : 1.0000e-07
================================================================================
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 87 should be a C  s core orbital but seems to be delocalized with a C  p orbital (69.7% vs. 68.4%)
================================================================================
================================================================================
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 92 should be a C  s core orbital but seems to be delocalized with a C  p orbital (89.8% vs. 46.3%)
================================================================================
================================================================================
                                    WARNING
Check your MOs and check whether a frozen core calculation is appropriate
MO 108 should be a P  p core orbital but seems to be delocalized with a Au p orbital (81.7% vs. 18.4%)
================================================================================

================================================================================
MOs in valence range (operator=0) identified as core orbitals.
Correct this by swapping MOs
                        MOs 108 and 104
                                             done
================================================================================

   --------------------------------------------------------------------
                                    ERROR
   This wavefunction IS NOT CONVERGED!
   And it is 'too far' from meeting the convergence thresholds.
   Aborting ...
   Please restart calculation (with larger maxiter?)
   --------------------------------------------------------------------

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-1 09:53:45

renzhogn424 发表于 2020-11-30 22:06
ZORA是能反应相对论效应的全电子基组对吧？不过我不知道它和DKH的适用性区别。

之前确实电荷算错了， ...

隐形的是invisible，隐式的是implicit，二者是不一样的。是隐式溶剂模型。

zjxitcc · 发表于 Post on 2021-7-1 09:54:37

本帖最后由 zjxitcc 于 2021-7-1 09:58 编辑

Scarlett-ww 发表于 2021-7-1 09:32
你好，我的是一个Au4有机簇体系，关键词如下
! PBE D3 def2-TZVP def2/J opt freq tightSCF noautostart ...

最好给出你的ORCA输入文件（坐标可用...代替，其余部分不要省略），便于大家看清楚整个文件的基组、关键词是否合理。

待确定输入文件合理之后，若仍不收敛，可从高斯传轨道给ORCA，让其极迅速收敛。例如使用fch2mkl小程序（https://gitlab.com/jxzou/mokit）从高斯fch文件生成ORCA的inp和mkl文件（高斯gjf文件里记得加nosymm int=nobasistransform）。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-7-1 14:50:15

Scarlett-ww 发表于 2021-7-1 02:32
你好，我的是一个Au4有机簇体系，关键词如下
! PBE D3 def2-TZVP def2/J opt freq tightSCF noautostart ...

这是典型的基组线性相关问题，可以尝试提高%scf里的sthresh

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-7-1 16:00:11

zjxitcc 发表于 2021-7-1 09:54
最好给出你的ORCA输入文件（坐标可用...代替，其余部分不要省略），便于大家看清楚整个文件的基组、关键 ...

好的，谢谢

Scarlett-ww · 发表于 Post on 2021-7-1 16:00:29

wzkchem5 发表于 2021-7-1 14:50
这是典型的基组线性相关问题，可以尝试提高%scf里的sthresh

谢谢，我试一下

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