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本帖最后由 liyuanhe211 于 2015-11-23 10:22 编辑
相关概况请阅读：http://bbs.keinsci.com/thread-2022-1-1.html
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本次附件（附件内容与下文一致）：
2015.10.24 21:10:01
Q:
问下，NBO做的电荷数和电子数是不是一个值呢
转移了1个电子和转移了一个电荷，是不是一样的
谢谢猫王
A:
@巴拉巴拉 一样，但最好别用电荷这个词，有歧义，见
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
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2015.10.24 21:11:37
Q:
谢谢sob老师，不好意思，请问如何做到让分子别在盒子边缘被截断？
lammps
A:
看你用的什么程序跑的MD
看程序手册
诸如gromacs用自己的trjconv转换轨迹的时候就可以保持分子完整不被边界截断
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2015.10.25 00:37:35
Q:
愁死啦，做计算硕士毕业能干什么啊，读博有必要吗，我到底该怎么办啊，求点化
A:
@sunflower 乱谈计算化学领域的研究生就业问题
http://sobereva.com/241
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2015.10.25 00:38:39
Q:
sob老师，为什么在NPA电子构型分析时，出现了如下现象，不知道对不对
[图片]
电子构型中，没有5s轨道的电子占据，却出现了6s和7s，而且7s占据也不小，这合理吗
A:
@巴拉巴拉 如果用的NBO3.1，尝试NBO5、6看结果是否一致
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2015.10.25 00:40:36
Q:
@sobereva sob老师您好，打搅您工作了，有个小问题请教您：我适才做完的激发态计算，目的是为了模拟金属配合物的荧光光谱。我暂时没有考虑到溶剂的影响，并且优化的是第一激发态，这是我的简略步骤：优化基态结构--计算基态频率--做垂直激发--优化激发态结构--做一次TDDFT。在您的指点下，全程没有报错。然后我对最后的log输出文件做了以下改动：我将除了excited state 1以外的态，振子强度f都调整为了0.0000，然后将这个变动后的log文件导入Gaussview中，打开UV-vis进行观察，这个时候应该就是整个体系的荧光发射光谱了吧？[Emoticon]但是感觉自己的这次模拟，还是比实验值大了 30 nm，请问您对这样的模拟有什么建议，谢谢您
我真是好多话，30 nm，我整个人几乎是崩溃的[图片]
@Sobereva sob老师，便于您更好的指点，这是晚生所采用的方法：cam-b3lyp，然后对配体使用的是TZVP，真对不起，刚才说错了一点，我目前计算的是配体，不含金属原子。
A:
@猫王 30nm的差异太正常了
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2015.10.25 00:41:44
Q:
@Sobereva S老师，计算RESP电荷，是要先用pop=MK在高斯下计算MK电荷，然后转到amber下面，用antechamber -c resp 来计算RESP电荷吗？
antechamber可以直接调用半经验量化程序，直接计算AM1-BCC电荷，但RESP电荷不能直接用antechamber计算，它需要高斯输出的的out文件。
A:
@梁咪兔 不是要用高斯算的MK电荷，而是要用到高斯计算MK电荷过程中产生的分子附近的静电势数据
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2015.10.25 00:47:45
Q:
[图片]
请问这个有改X-Y-Z量程的吗？没有找到，只看到-2是改步阶的
没有理解
A:
不是后处理菜单改的，是在计算之前设定作图平面时候改的
作图平面怎么确定的见手册3.5.2节
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2015.10.25 06:46:56
Q:
现在的学生是不是都不会用Windows的命令行了？连dir都不知道
以后的商业计算软件必会比较高级 好多做纯应用的计算研究人员都要下岗了
A:
@梦藏秋 可不。说不定以后的学生都只会用app了
不过像hyperchem那种，很早很早以前就有了，图形界面完整，但如今几乎没什么人用。
比较常规的计算任务，比如画个分子算个红外、算个gap、算个偶极矩，完全可以高度自动化。
但作为“量化研究”来讲，即便是应用性的，还是得有量化知识背景、经验、直觉。否则光是基本的对数据的解释都有问题。
属于这么个关系
量化纯外行--应用性计算--理论方法
应用性计算的人需要掌握基本的量化知识，但不需要花太多时间研究过深，但诸如SCF迭代是在干嘛起码得知道
但并不需要比如非得了解DIIS的原理
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2015.10.25 07:17:23
Q:
我做势能面拟合啊。就是把离散的单点能拟合成函数形示。但当键长很长时，高斯就error 了呢，看文献他们都算出来了。咋回事的
如何破
看它遗言好像迭代了50多圈就死了
哦我试试
[Emoticon]
加U，不行，所有点算法一致，才能构造势能面
哦。
这样啊。有图啊。
RHF的趋势好像是不太
A:
偏离平衡距离越远，多组态特征越强，越不容易收敛。解决方法还是老套路。
对于超过不平衡点后，体系就有双自由基特征了，需要用非限制性开壳层来算，并且写guess(always,mix)
刚才打错了，不平衡点应该是不稳定点
根本不矛盾
不稳定点之前，R和U结果完全一致。不稳定点之后，R的结果完全就是错的
[Image]
可见RHF的解离曲线完全不对
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2015.10.25 07:17:23
Q:
[Image]
输出的文件横坐标两个有差别，不是很好比较，然后想调成一样的
参照手册3.5.2
[Image]
选择6？
我这问题还没有解决，Sob老师
A:
作第一个图时屏幕上直接输出了原点和平移矢量，作第二个图的时候用6把刚才的原点和平移矢量输进去
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2015.10.25 07:36:38
Q:
sob老师，g09手册里说所有dft都支持解析力常数，这意思应该就是支持解析freq计算吧
[Image]
那为什么我用wB97,wB97X,wB97XD都是这样的错误呢
[Image]
A:
你这是TDDFT
DFT计算，支持到三阶解析导数。做TDDFT时只支持到一阶解析导数。
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2015.10.25 07:43:37
Q:
那我现在不calcfc的话优化方向根本不对，算了半天还是初始构型能量最低，我的初猜是CIS/631g**优化得到的，还用它算下初始hessian然后tddft读取可行吗，毕竟一个CIS一个td
A:
不一定会理想
虽然也值得一试
很可能高斯16就会支持TDDFT二阶解析导数了
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2015.10.25 07:59:18
Q:
[Image]
Sob老师，现在图的大小一样了，按照完全输入第一图的坐标，
但问题是好像是矢量进行平移了，不知道怎么换算的？
A:
两个图都自行手动输入原点和平移矢量
不同方式定义平面坐标轴原点不同。
这无所谓，只有图里面内容的相对位置有意义
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2015.10.25 11:12:37
Q:
sob老师您好 请问用中性S0态和离子态进行电子密度的作差时得到的图如图所示，请问绿的是不是表示密度增加，蓝表示密度减少？[图片]
请问按照这个图能推断出钦点取代容易发生在对位上吗？
亲电取代 写错了
我用的是S0-D0
但是 为什么会有蓝色的呢
请问有什么意义呢？
[图片]
不是电子密度减少才容易发生亲电取代吗
那既有蓝色又有绿色 不是说有增加有减少吗 我以为是色绿偏多才是说明容易被亲电取代的位置
恩恩
[图片]
我这个图看着蓝色和绿色差不多呢
好的 我看看 谢谢sob老师
[图片] [图片]
sob老师 这两个小节里面的 上面是不是 密度 下面是不是正电荷
所以表达式的相反的？
恩恩 看到了 [图片]
sob老师 请问像刚才我的那张图 是不是要做出这个表才能说明清楚？[图片]
A:
如果你算的是f-，可以
绿的代表正，蓝的代表负，什么物理意义取决于谁减谁，不言自明。
为什么不能有？
都说了啊
理解得不对，甭管什么增加减少，看的是f-在不同原子上的净值
能啊
是啊，没错啊
应该说“那既有蓝色又有绿色，不是说有正有负吗”
看抵消之后总量是正是负
算condensed Fukui function嘛
multiwfn手册4.7.3节有例子
下面是原子电荷
手册里有推导，有推导
弄清楚关系：电子密度->原子布居数->原子电荷
y
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2015.10.25 13:46:50
Q:
@Sobereva 老师，学习您的博文《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》看到当石墨烯表面达到一定尺寸时，其基态就会成为自旋极化单重态。那对于“石墨烯-被吸附物”这样的复合体系如何处理呢？需不需要在计算时也用guess=mix？
好的，那我测试一下。另外，我对含铁体系自旋多重度的问题也一直不太清楚，例如我要算个含有6个Fe原子的Fe2O3团簇，那模型的多重度如何设置呢？是要从1、3、5......一直加做测试吗，然后看哪种多重度下的能量最低，体系的实际多重度就是这个值？
A:
可以尝试一下，看是否能得到对称破缺结果
y
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2015.10.25 14:24:12
Q:
sob老师，记得您的ppt上说作用能在4-80kJ/mol范围为范德华作用，氢键在一个更高的能量区间（记不清了，假设100kJ/mol）。那是对于范德华作用，是用counterpoise=2计算考察体系中分子A整体与分子B整体的一个总的作用是否在4-80kJ/mol范围内吗？而考察氢键（如果体系中含有多于2个氢键）却是要分别考察每个氢键的能量是否约等于100kJ/mol？
A:
没那么说过，定义是误读了。
一定是误读了。
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2015.10.25 14:29:51
Q:
老师，算这些氢键、范德华这些弱作用能是直接用单点计算的电子能量做差就行吧,不需要热力学校正之类，对吗？
A:
对
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2015.10.26 00:15:39
Q:
@Sobereva 老师请问您有没有高斯80或者其他版本的源代码？
A:
@Spurs＇ 没那么老的
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2015.10.26 00:15:39
Q:
@Sobereva 老师，含有两个羟基官能团的表面模型也应该属于自旋极化单重态吧？
A:
@蝶恋花 不好说，实际算算就知道
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2015.10.26 00:15:39
Q:
如果有人对CASSCF感兴趣，应如何向其介绍？一般这个方法用于激发态电子结构问题？结果准确性与活性空间的选取有很大关系？一般正确操作的话，结果准确性很高？
A:
@虎王 CASSCF主要用于静态相关强的体系，并非专门用于激发态，只是也可以算而已。结果和活性空间选取关系很大，选取不够黑箱化，也不能过大（否则算不动），是制约此方法的关键。但CASSCF没考虑动态相关，即便活性空间选取合理，结果也只是能确保定性正确。
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2015.10.26 00:15:40
Q:
@Sobereva 请教老师一个问题 Gromacs膜上面的孔为啥最后偏移了 明明我是定在中间的 谢谢
[Image]
[图片]
gromacs中固定四周原子的有什么好办法 求教 谢谢
A:
@Stars Chan 力场不合适，孔都散了
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2015.10.26 00:51:11
Q:
请问各位老师，高斯算自由能时，频率小于100波数是如何处理的？
A:
没有对这个标准有什么特殊处理
默认都是作为谐振子模型
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2015.10.26 06:40:14
Q:
SOB老师，B3LYP-D3比B97D3更耗时吗？二者有何优劣？请教您了！
A:
耗时基本一样
后者并无优势
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2015.10.26 08:25:38
Q:
高斯任务结束后显示的耗时是如何给出的？跟实际使用的时间之间有何关系？
谢谢！最终时间=实际时间*核数*f
真正运行时间只需要取两次系统时间球差就可以了， 怎么搞这么复杂。
A:
windows版最后给出的是实际耗时。linux版给出的是CPU时间，如果想得到实际时间，运行的命令前面加上time，或者用最后一个link显示的时间减去第一个link进入的时间
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2015.10.26 08:31:50
Q:
chk文件在计算过程中会发生变化吗？我算TS先做的频率分析，然后用guess=chk算的，跑IRC的时候可以继续用频率分析的chk文件吗？还是必须用TS的chk文件？@Sobereva
A:
做IRC时候可以从对TS做振动分析得到的chk中读取Hessian
会发生变化
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2015.10.26 09:10:03
Q:
@Sobereva 老师，麻烦问下，
我分析吸收和发射性质的时候。
吸收是在基态优化的结构基础上算的TD,
发射时在最低三重态优化（用的UDFT)的结构基础上算的TD，
我分析了T1和T2的性质，有个人说“我们的Tn计算是根据优化的三重态结构计算，所以说我们计算的T2到Tn是没有意义的”。
我这里是根据TD得到的T1，T2，T3结果进行分析的，我一直认为这里应该是它们和S0之间的跃迁关系，不知道是不是我理解错了~
我分析T2，T3没有意义么？
谢谢老师。
磷光发射
A:
算的荧光发射还是磷光发射？
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2015.10.26 09:16:29
Q:
MECP是平时说的圆锥交叉点吗？
MECP是平时说的圆锥交叉点吗？
MECP是平时说的圆锥交叉点吗？
不带金属的有机小分子単态到三态是个什么过程
能说是通过MECP吗
A:
再多发一次，就记违规
两个词本意并没有明显界限，就跟从头算跟第一性原理一样
有的地方倾向于把MECP这词用在自旋多重度不同的交叉，圆锥交叉用在自旋多重度相同的交叉上面，但没必要这么区分
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2015.10.26 09:22:17
Q:
请问各位老师，开壳层的gap值怎样计算？对于开壳层来说，计算gap值有意义吗？
A:
对alpha和beta分别计算gap
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2015.10.26 09:25:16
Q:
逗死了，算一个团簇居然用第一性原理，不知道审稿人是不是喝多了[图片]
确实 这就跟把一个分子放入一个盒子 进行XXX计算一样
A:
不要乱抨击
这种做法非常正常
一个合作者算硅团簇，发的PRL、JCTC都是VASP算的
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2015.10.26 09:28:00
Q:
@Sobereva 你好，sob老师，我做优化用MP2方法，加关键词fulldirect，结果错误，提示不正确的语法
不是可以合理分配资源吗，以前问过你，你说direct是默认的，可以加fulldirect semidirect
A:
别加不就完了
默认就是合理的！
看手册，别瞎猜关键词
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2015.10.26 09:34:00
Q:
Sobereva老师您好，您说没有高斯80那么老的版本的代码，不知道有没有其他的近年来的代码啊，如果能看着代码学的话理解的会深入一些。
A:
想看代码看gamess的，开源
以前的高斯代码（以及一大堆老量化程序）在QCPE上有，可以直接免费下载，但是QCPE后来完蛋了，那些代码也因此大多都失传了。
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2015.10.26 10:04:18
Q:
卢老师，我前阵子算了个团簇，金和铷原子，最多十个金原子一个铷原子，我用的Lanl2Dz，现在审稿人的意见是基组小了，请问这样的体系，还可以用什么基组。谢谢
lanl2dz就是常用的
主要是我在文章中计算了极化率，他说极化率跟基组关系很大，赝势计算不准确
@Sobereva @当当 计算极化率和超极化率可以用赝势吗？
您的意思我用着两个其中一个算一下，完了给审稿人回复一下？是吗？
哦，惨了，我用Lanl2tz算极化率和超极化率了，
A:
SDD或Lanl2TZ
审稿人也是找茬
极化率是另当别论
可以，但得用专门的，比如LFK，这是在SBKJC赝势基组基础上对39个主族元素增加弥散和极化函数，目的是在赝势基组的计算量下达到全电子sadlej基组下的极化率计算精度
至于你的金属团簇情况，就用def2SVPD、def2TZVPD就行了
除了极化率以外的数据都不动，极化率用这两个之一重算一遍
Lanl2DZ对极化率太烂
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2015.10.26 10:20:58
Q:
@Sobereva 老师，上次问你如何生成.47文件的时候，是不是需要从坐标开始才能生成？我利用.chk文件没有生成出来
A:
没法解释得更详细了
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2015.10.26 10:32:57
Q:
如果DFT方法下，同一反应，单重态和三重态的最小能量路径几乎重合（结构能量都相近），是否一定要用多组态方法研究这类反应？
[Image]
这个S，T实在太接近了， 不是找一个交叉点， 而是几乎找到了一条交叉的线
A:
自旋多重度不同用DFT没问题
这种情况是有的
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2015.10.26 10:41:41
Q:
@Sobereva 老师，我在用CASSCF方法计算的时候，要判断活性空间的轨道是否是π轨道，但是我不知道怎么从分子轨道系数看出是什么轨道。我初次学这个，你有没有相关的帖子推荐的
A:
看轨道图形来判断
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2015.10.26 10:46:15
Q:
我也刚用M062X/def2TZVPD报错，求老师给指导下正确的输入格式
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2015.10.26 11:07:29
Q:
文献里有个构象翻转的过渡态，给了坐标，用ts 没重现出来
A:
那种旋转的过渡态，如果确定存在，但opt=ts跑到别处去了，把步长上限减小即可
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2015.10.26 11:09:05
Q:
请教下@Sobereva 老师或者其他牛人，TiO2分子，我想知道Ti的d轨道有多少参与了成键？比如60%d轨道参与了成键，做NBO之后，这60%的数值是怎么得到的？
A:
百分之多少参与成键这种说法不确切，只能说成键轨道中d轨道参与了百分之多少。
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2015.10.26 11:12:33
Q:
@Sobereva 老师好，能不能帮我推荐一下前线轨道理论的资料？我现在想学一下HOMO跟LUMO的轨道分析，谢谢了~
A:
在群共享里的公社邮箱索引里面搜orbital，就能搜到大量讨论轨道的专著
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2015.10.26 11:12:55
Q:
我自己想买计算机计算，主要是安装vasp和gaussian软件，对这方面不是很懂，谁能帮忙推荐一下,麻烦了
A:
@无忧无虑 先看看这里的帖子http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=forumdisplay&fid=61，有大量讨论
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2015.10.26 16:03:52
Q:
跃迁类型 和 跃迁归属是指同一个概念吗？比如 π→π* 和 HOMO→LUMO这两种表示
A:
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2015.10.26 16:20:18
Q:
sob老师，请问是否能通过homo和lumo之间的gap判断是否容易发生氧化还原？
A:
看HOMO、LUMO能级，而不是看gap
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2015.10.27 01:02:05
Q:
我想请问一个问题，所谓的α和β轨道是什么意思？还是说α和β更准确？谢谢啦，基础太薄了，，，
我在论坛里的说法都不一致，我的理解是认为自旋向上的是α电子，自旋向下的是β电子，然后只有单电子存在才这么讨论，而且必须是用开壳层计算才能在NBO中看到，我的理解对么？
实在是一头雾水
请问一个问题，所谓的开壳层和闭壳层，闭壳层是α和β都配对，开壳层是部分α和全部β配对（这些是闭壳层），余下的α电子是开壳层。那么这些和计算选的RHF,UHF，ROHF有什么关系呢？sob老师早上说“闭壳层时alpha和beta电子轨道完全匹配，所以就不分开计算了，而是用限制性计算，用的是闭壳层轨道”所以用RHF?那么开壳层计算就用ROHF?如果是这样，什么时候用UHF?描述的有点啰嗦，谢谢啦
A:
@R2D2 闭壳层时alpha和beta电子轨道完全匹配，所以就不分开计算了，而是用限制性计算，用的是闭壳层轨道。
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2015.10.27 01:02:05
Q:
@Sobereva
sob老师，麻烦问下，我用高斯计算一个分子结构的红外光谱，其红外强度单位应该是km/mol，但是用您的Multiwfn里面的高斯展宽之后，纵坐标的单位是什么呢
我看到一个IR最强峰对象的强度为25km/mol，可是用Gview看其左边纵坐标为80Epsilon,用您的Multiwfn里面的高斯展宽的光谱纵坐标为250，所以不知道您程序中展宽后的单位是什么？
麻烦哪位知道展宽后的单位，请告知，谢谢
@Sobereva
sob老师，我看了您关于如何做光谱的帖子，里面提到Epsilon为纵坐标，单位为L/mol/cm，同时我也看到Gview左边纵坐标单位也是L/mol/cm，可是和Multifwn做出来的光谱强度差距好一个，这是为什么呢，单位都一样，可能就是Gview和Multiwfn展宽的方式不同而已。那么到底单位应该怎么说呢
A:
@巴拉巴拉 展宽完了纵坐标就是epsilon，单位在屏幕上都写着呢，没有任何隐秘的东西
手册里也写得极尽详细
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2015.10.27 01:02:05
Q:
请问用高斯做了200步的bomd计算，现在要算这200步中每一步体系中某团簇的的volume，multiwfn可以计算吗
volume是体积，用高斯算的话，是不是得每步去算，有200步，那是不是得算200个结构？
A:
@weiwei Multiwfn可以算每个结构的体积，处理200帧你需要自己写脚本来批量处理
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2015.10.27 01:02:05
Q:
谁有molpro能给我一份
我的过远就报error
所以想换molpro
了
没有molpro
A:
@平凡之路 molpro2010的编译方法
http://sobereva.com/307
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2015.10.27 07:28:42
Q:
@Sobereva 谢谢sob老师，麻烦再问下，我看文献中红外光谱都用的相对强度，Muitiwfn可以调成这个单位吗？没看到怎么调的选项。还是只能用epsilon，其单位是L/mol/cm.
A:
epsilon(L/mol/cm)才是最标准的纵轴单位，弄成别的并无意义
而且一般感兴趣的只是不同波数的相对吸收大小，纵坐标完全都是无所谓的
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2015.10.27 07:42:29
Q:
sob老师，您曾解答过在我在范德华表面内，积分可以得到总的π电子的出现几率为97%，请问这个积分表达式怎么写？
相当于基于立方格点数据做积分，只考虑密度>=0.001的格点
总共6个电子，所以几率是5.82/6.0=97%
我想知道这个积分的具体形式
哦，那对r 有限定吗？
A:
已经很清楚了啊
语言一描述就完了
∫ρ(r)dr
积分符号写个下标ρ>0.001
ρ>0.001就是限定r的积分域啊
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2015.10.27 07:53:09
Q:
老师，multiwfn能不能算光电子能谱？
绘制这些图暑假的时候听你讲了，但是在讲义上没有提到做光电子能谱，我就想看能实现不
做团簇的，算那个东西的还挺多的
photoelectron spectroscopy
A:
用高斯、orca等其它程序算完了，Multiwfn作图
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
@当当 把电离能写到文本文件里，导入multiwfn作图就完了，和UV-Vis一样。
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2015.10.27 08:45:15
Q:
老师，ELF图中，团簇边界加氢的C-H键比中间的C-C“红"得多,写文章时怎么解释呢？[图片]
A:
@蝶恋花 正常情况，用不着解释，做过ELF的人都懂。
因为氢没有内核部分，电子定域在整个氢附近。
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2015.10.27 09:23:30
Q:
@Sobereva 哦，好的，谢谢老师。用guess=mix关键词时，泛函前面用加”u“吗？即m062x guess=mix与um062x guess=mix是否一样，都是按开壳层来算呢？我用m062x/6-31G** guess=mix算石墨烯簇的能量高于不用guess=mix时的结果，正常吗？是否这说明体系没有自旋极化？
连续签到15天可以使群空间里的名字变为橙色
A:
签到是极为无聊的事情
@蝶恋花 加U
正常
是否自旋极化了看自旋布居或者自旋密度图就知道了
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2015.10.27 10:25:17
Q:
请问，用赝势基组计算NPA电荷可以吗？
A:
可
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2015.10.27 10:31:16
Q:
额，就是计算出来的.47文件太大了，单机的NBO居然跑不动
老师，.47文件可以用Multiwfn来看吗？如果不能，除了NBO以外还有什么可以看NPA电荷？
@Sobereva 哦，谢谢老师，不过我的电脑实在是顶不起来，先试试老师提供的方法
[图片]老师，实在第一行里添加SKIPBO还是第二行？
那NBO这个关键词还留这么？
A:
不是看，而是算
NPA电荷必须用NBO程序算
也有一些第三方的，http://janpa.sourceforge.net/，乐意的话可以折腾
算不动就用小点基组，或者尝试.47里加上SKIPBO关键词，表明跳过分析NBO的过程，只做计算NPA电荷
或者干脆甭用NPA电荷
2
NBO不是关键词，而是字段的开头
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2015.10.27 10:38:45
Q:
请问大家有什么办法可以图形化显示原子层结构呢 大概像这样子的[Image][Image][Image][Image][Image]不知道哪种能比较好显示价层电子结构 同时又有美观性
A:
使用Multiwfn绘制原子轨道图形、研究原子壳层结构及相对论效应的影响
http://sobereva.com/152
那种图形也就蒙蒙高中生
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2015.10.27 10:42:07
Q:
[图片]@Sobereva 一直就这样了
A:
跟NBO developer抱怨去
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2015.10.27 10:43:44
Q:
从gaussian 09升级到Gaussian 16，会让全额吗？
A:
如果不是特别急，建议忍到16出再买
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2015.10.27 10:47:48
Q:
含有重金属的结构用高斯B3LYP泛函优化激发态S1态能正常结束，换用PBEPBE重新优化，始终是l801错误，请问为什么？该如何解决
A:
对于说lxxx出错这种问题已经无语了
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2015.10.27 10:50:02
Q:
[图片]
[图片]
A:
所用关键词、体系描述
换个像样的基组
哪能给轻原子用lanl2dz
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2015.10.27 10:53:05
Q:
@Sobereva 老师，3-21g，6-31g这样的基组计算含Mn的NPA电荷可以吗？
您是说用混合基组吗
只是基组的原因导致不能正常优化吗
A:
3-21G太烂
6-31G*可用
y
@米米 多try
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2015.10.27 11:06:23
Q:
DFT+U+optPBE-vdW这种方法有人用过吗？在incar中具体如何设置呢？
开壳层计算基组要加弥散吗？
A:
与此无关
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2015.10.27 11:07:41
Q:
[Emoticon][Emoticon]做QST3原子序号不一致，调的好费劲啊，各位老师有没有什么好的方法呢，可以指点一下小的么[Emoticon][Emoticon]谢过了
A:
用TS就完了，省得费那劲
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2015.10.27 11:16:00
Q:
请教个问题，对称的结构，基态优化后，HOMO LUMO电子云分布不对称，这会是计算出错或者是 结构图没画好呢
sob老师是在回答我的问题吗
A:
先看程序是否正确判断出了体系的点群
y
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2015.10.27 11:18:56
Q:
在linux下采用gfortran编译器对下图文件编译[图片]
出错信息如下图[图片]
A:
以前写的笔记：
定义矩阵，比如integer :: mata(2,3)=(/ 4,3,6,7,1,2 /)这在ifort、CVF里都不算错，但是愚蠢固执的gfortran却不允许，必须写成integer :: mata(2,3)=reshape((/ 4,3,6,7,1,2 /),(/2,3/))，也就是认为(/ /)里面的只能是一维数组，不能赋给二维数组，想赋值必须整形成2*3的二维数组。
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2015.10.27 11:20:10
Q:
是呀，那怎么能说先有过滤态才有计算化学？
A:
本来就没法这么说
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2015.10.27 11:22:16
Q:
老师，某一个反应经过1,2,3步完成，想看哪一步为决速步骤，仅从计算的活化能（反应物与过渡态能垒）高低来看可以吗，若2步能垒高于1步，则2步为决速步骤对吗
我也打不开图
好的，谢谢老师，不过还是想知道那图片内容！
A:
[图片]
[Image]
这个能打开吧
[Image]
@sunflower 打不开图仔细看这个文章就够了J. Chem. Edu., 58, 32 (1981)
这个有兴趣也看看ChemPhysChem, 12, 1413-1418 (2011)
仔细看了文章就明白了，简单总结而已
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2015.10.27 11:23:21
Q:
没有计算化学，有些概念根本建立不起来。比如，过滤态。//////我这里没掉包吧，这两句是连着的吧？
A:
计算化学，和过渡态，从根源上根本什么关系都没有
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2015.10.27 11:26:06
Q:
@Sobereva [图片]老师，计算td的头两个态的时候，死活不能收敛，能否用什么关键词收敛呢？
[图片]
@Sobereva [图片]
53圈了
老师，我要计算跃迁的偶极矩
A:
@乖娃娃恶意卖萌 多少圈了？
如果前两个态能量变化已经很小了，属于在可接受波动范围内了，直接取它们的能量就完了。
要么就重算一次，TD(Conver=x)收敛限设低点，或者换基组
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2015.10.27 11:30:11
Q:
想用gaussian计算800个原子左右的生物分子体系，其中有30个左右的原子高精度，其他的都用低精度。 这样的话，有什么方法可以实现呢？
可以加上隐形溶剂吗？
A:
ONIOM(B3LYP:PM6)
ONIOM(M062X:PM6)更好点。
可
scrf对DFT速度影响可以接受，但是会严重严重拖慢半经验的速度，从而达不到半经验的初衷
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2015.10.27 11:34:48
Q:
sob老师，您的帖子里说，双自由基就是指一个体系里有两个未成对儿电子，它们的自旋相反，因此是单重态的体系，怎么知道是自选相反的呢？
[图片]那么他的轨道可以表示成图中的样子么
还是下方的应该是[图片]这样的？
我记得似乎有三重态的双自由基， 不知道正确不
A:
@R2D2 自旋不相反就不是的单重态了
虽然也能勉强那么说，但一般这个词还是用在单重态的情况
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2015.10.27 13:08:02
Q:
请问，我金属原子Fe不用赝势会造成错误吗？
我在处理一个配合物
A:
可以直接用全电子基组
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2015.10.27 13:15:41
Q:
[Image]
老师我想看1-8键增大，8-7键缩小的过程势能面怎么变化，也就是分子内脱水，想让8原理1靠近7，该怎么设置扫描变量呢？
单独设1-8键长增大或8-7间距离减小貌似都不合适
A:
如果要让两个坐标同步变化，高斯做不到，你得自己写点代码计算出插值坐标调用高斯计算才能实现。
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2015.10.27 13:19:43
Q:
因为是找脱水的过渡态，不知是否可以扫7-6-8的角缩小的变化？@Sobereva
A:
扫7-8距离也行
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2015.10.27 15:56:10
Q:
问下，服务器上安装了两个高斯版本，现在which formchk 发现是g03的，怎样修改为g09的？
A:
$PATH的设定是在g09.profile当中自动做的
.bashrc把g09配置好，删干净g03的设定，重新登录一遍，绝对没问题。
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2015.10.27 16:05:55
Q:
老师，小分子离子算激发态优化，这样写输入文件对吗？# cis=(direct,nstates=3)/6-31G(d) opt freq
A:
对
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2015.10.27 16:06:16
Q:
请教一下各位，有没有详细介绍material studio 以及包含计算实例的书籍
A:
RTFM
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2015.10.27 16:06:40
Q:
cis是不是不精确
那该用什么方法？老师
老师，如果用TDDFT,输入文件应该怎么写，请老师明示
A:
显然没TDDFT优化精确
合适的泛函做TDDFT
PBE1PBE/6-31G* TD opt
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2015.10.27 16:34:47
Q:
请问，我得出来的自然轨道，怎么可视化啊？
存在chk里面看？
A:
后HF计算加上density out=wfn ，末尾空一行写wfn输出路径。然后用Multiwfn打开.wfn文件直接就能看自然轨道
用Multiwfn或gview基于fch看需要多做一步把自然轨道转存到chk中，麻烦，具体看Multiwfn手册第四章开头的说明
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2015.10.27 16:40:09
Q:
[Image]求教：按照Fortran95书上写的
[Image]出现这个错误是什么原因？谢谢！[Image]这个是对应编写的
谢谢各位老师指教!我试一下
之前的程序名用的纯数字没有出现这个错误
A:
program ex0420
j=100
write(*,"(i4)") j
end program
按fortran90写文件名后缀用.f90
程序名别用纯数字
报不报错是编译器的事，无论如何这都是严重不好的习惯
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2015.10.27 16:50:13
Q:
@Sobereva sob老师，打搅您工作了，有个很小的问题请教您，我用的Gaussview：基态前提下，在对结构opt[Image]之后，得到了一个log文件，在这个文件里输入sum of进行搜索，然后就可以找到ZPE之类的能量数据；在energy[Image]之后，得到的log文件，输入SCF Done进行搜索也可以得到一个能量，请问前后二者得到的能量有什么区别呢？
之后，得到的log文件，输入SCF Done进行搜索也可以得到一个能量，请问前后二者得到的能量有什么区别呢？
如果用的是同样的方法基组 应该是一样的吧
A:
前者：热力学量
后者：电子能量
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2015.10.27 16:56:34
Q:
谢谢蝶澈，元鹤还有sob老师[表情]~因为BSSE是来自能量计算后基组带来的误差，那么我在进行BSSE修正之后，零点能还有计算方法可以进行计算吗？还是就沿用BSSE之前的log文件里的ZPE呢？[表情]
A:
不相干的事
算相互作用能你再考虑BSSE
几何优化、振动分析、热力学量计算跟BSSE根本无关
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2015.10.27 17:02:52
Q:
sob老师：gcc编译器是AICD 2.0程序包里自带的吗？
gcc编译器是要求单机里有，才可以运行AICD ？
A:
当然不是
有才能编译
运行不需要有
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2015.10.28 03:24:16
Q:
wfn文件里面存的就是自然轨道么？为什么占据数都是整数的呢
A:
@剑宗学徒 后HF并且写上density关键词得到的才是自然轨道
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2015.10.28 03:24:16
Q:
@Sobereva 老师，ELF输出的LIDI.txt里的矩阵之前的1,2,3...是不是指的是分子式中的原子编号？
A:
@丶._遺忘﹑愛 看是哪个功能输出的。模糊空间分析输出的原子编号，盆分析功能输出的是盆编号。
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2015.10.28 03:24:16
Q:
请教老师，对于TDDFT方法，只能用于计算激发态吗？ 这个方法中的“含时”所指的时间时什么含义？
恩，就是说TDDFT能不能计算基态的能量
它与普通的DFT的优势在哪里
是不是说计算基态只能用定态波函数，也就是说只能用TDDFT,还是什么意思
哎呀，我自己都有些糊涂了
恩，我正在下载，有没有中文版的，这样看着会快一些
首先，TDDFT方法是不是只能用于计算激发态（因为搜了很多 都是激发态，可能有算其他的我没搜到），可不可以像DFT方法那样计算基态的一些性质？
哦，那TDDFT里面的含时，能不能理解为是随时间变化的？
体系的性质 随时间变化
A:
@十年磨练 看群共享里的TDDFT资料小合集。看中文资料能明白是开玩笑。中文计算化学资料没多少有用的，连HF能讲清楚的都几乎没有。
基于HK定理的DFT只能做基态计算，后来基于Runge-Gross定理的TDDFT才能算激发态。拿TDDFT算基态的想法是莫名其妙，本来就是为了能算激发态才做的扩展。
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2015.10.28 03:24:16
Q:
sob老师，我用qchem生成的fchk文件在MultiWFN里分析出来的结果很奇怪，这是我算的一个分子的HOMO的个原子贡献
[图片]
A:
@Hume Q-Chem的fchk文件Multiwfn并不正式支持
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2015.10.28 03:30:38
Q:
[图片]大家知道这是什么原因造成的吗
A:
@0KB 用wfx或fch记录波函数。wfn文件记录不了那么高角动量的
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2015.10.28 03:30:38
Q:
[图片]请问这个是指零点能吗
A:
@0KB 是
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2015.10.28 03:30:38
Q:
[图片]@Sobereva 这是什么错误啊
A:
@青春&时光 根本不是错误，而是DIIS误差，弄明白了DIIS原理自然就清楚了，看这里介绍
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.10.28 03:30:38
Q:
用高斯计算得到的静电势表面图都是基于Mulliken电荷的吗？可不可以基于NBO电荷？
A:
@Wxx 准确得到静电势图是基于电子密度来算的，基于原子电荷也可以算静电势，但只是近似的。
世界上没有NBO电荷这种东西，见《量子化学中的一些常见不良写法和用词》（http://sobereva.com/298）
Mulliken电荷和NPA电荷对静电势重现性巨烂，这点在群共享里的《原子电荷计算方法的对比》里面已经讨论得很明确了，用这种电荷算出来分子附近的静电势和基于电子密度算出来的相差甚巨，所以没意义
在Multiwfn既可以基于电子密度也可以基于原子电荷绘制静电势
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2015.10.28 03:37:15
Q:
@SET 老师，上次我问您那个关于B3LYP计算能量我的问题，您发给我一个文件，是否是统计相关论文计算时用B3LYP的次数统计？
@SET 老师，那这个强大的统计可以作为我选取这个方法的依据，是不？
@SET 老师能否推荐此方法的论文呢
我想学习一下方法和基组的选择需要注意的点
我这个体系很少有人算，至少国内很少，我再去找找英文文献把，谢谢老师
谢谢老师@SET 。
@浊流 老师，你说的BENCHMARKING STUDY我之前就有查过
也找到相应文献
不过还没读，今天刚找到的，读完以后和您交流交流
A:
@玛塔 仔细看这个
简谈量子化学计算中DFT泛函的选择
http://sobereva.com/272
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2015.10.28 03:37:15
Q:
@Sobereva
sob老师，我用Multiwfn做红外光谱，保存的展宽数据纵坐标是epsilon，但是如何才能得到纵坐标是红外强度的展宽峰呢，单位是km/mol
有人知道如何用Multiwfn把红外光谱数据保存为Y轴为红外强度(在Multiwfn中也就是右侧标度值)，普通选择2，输出的Y数据为epsilon，不想用这个单位，想用km/mol。
A:
@巴拉巴拉 完全就是误解！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！！
KM/mol是红外强度单位，而根本不是吸收曲线的单位，手册里已经强调了，这里也都说明了。
使用Multiwfn绘制红外、拉曼、UV-Vis、ECD和VCD光谱图
http://sobereva.com/224
要搞清楚强度->吸收曲线的转换关系，展宽之后单位也变了
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2015.10.28 03:40:04
Q:
顺带问一下sob老师 如何从IR的实验谱（曲线）得到3N-6个波数的确切值？
A:
@smutao@小木虫 就是看峰的位置
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2015.10.28 08:35:27
Q:
[图片]
大家早上好啊，请问这样CPHF l508不收敛该怎么解决啊？
关键词是：[图片]
A:
换基组
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2015.10.28 08:35:31
Q:
谁可以分享一个Chemcraft的软件吗？
A:
@心凡 http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=1966
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2015.10.28 08:36:21
Q:
请教，我想对一个阴离子团簇优化，不加溶剂可以收敛，但是加上溶剂效应就不能收敛，总是L9999错误，该怎么办呢？PBE1PBE/SDD opt=tight scf=qc SCF(conver=6) scrf(SMD,Solvent=Generic,Read) int=ultrafine
那我怎么办呢？
先优化，然后溶剂化单点？
谢谢@Sobereva老师
@Sobereva 老师，去掉tight，两圈后就不具备对称性了
A:
@15137596 去掉tight。conver=6也去掉，如果SCF不收敛，加scf=novaracc
tight不tight跟这个根本没关系，这影响的是收敛限，而不是优化过程
该没有对称性的就是没对称性，最终做个freq判断是否结构合理
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2015.10.28 08:42:25
Q:
Sob老师，[图片]
总是出现L9999错误，怎么改
老师，输入这样写[图片]，对不对
现在
A:
freq去掉，scf=vshift去掉。maxstep设1太小，为解决不收敛设3~5为宜并且同时得写notrust。maxcyc去掉。
notrust写opt里面去
这里都说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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2015.10.28 09:32:29
Q:
请问，从计算结果上看几个同分异构体的热稳定性，是不是看各自的能量就可以了？
A:
这只是最最粗略的考察方式
更准确的得考察分解过程势垒，做AIMD等等
具体问题具体分析
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2015.10.28 09:32:51
Q:
@Sobereva 老师，还是一直出现L9999错误
[图片]
我要不要写个关键词，加大循环次数
[图片]
他每次到22就停止啦
A:
具体问题具体分析
接着再跑几十圈
能量还有下降余地
步数上限可以设100，跑的过程中时不时看看结果，发现明显震荡就断掉
设更大也不行就只能每次接着上次最终结构继续跑
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2015.10.28 09:59:39
Q:
@Elaine 老师，我想问一下您有关于量子化学中各个能量的介绍的文献之类的吗
A:
甭想着什么文献，好好踏踏实实看几本基础量子化学书
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2015.10.28 10:07:21
Q:
[图片]
从A+B开始吗
第二种情况中的这个MECP点能量应该比两种TS能量都低吧
A:
照样用sobMECP搜索
你先把两种自旋的反应物、TS、产物结果都找出来，看看你这个图的假设是基本否合理。
然后对比对比两个TS的差异，可以尝试取一个平均结构作为sobMECP的初猜
----------------------------------------------------
2015.10.28 10:10:32
Q:
[图片]手册4.8里面介绍了乙酰胺的轨道组成部分的分析，这个图的绘制在那个章节的呢？我在公社里面只是找到了显示轨道中指定原子贡献的部分，却没有找到指定轨道反过来看原子贡献的资料
A:
@_sky 就是照常绘制分子轨道就完了
从轨道图上能定性估算各个原子的贡献
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2015.10.28 10:12:45
Q:
高自选的状态随反应位点距离的缩短能量一直呈下降趋势
这种情况又应该如何处理？
从两位老师的回答来看输入的结构可能是有多种多样的，而且不同的输入结构有可能找出来的MECP点还都不同，那么我怎么知道到底找到这个MECP点是否是链接这两条反应通道的合理MECP呢，或者说如果这个结果不唯一，但能量上是合理的，也可以说明问题了？
另外我通过固定反应位点距离做不同自旋态的柔性势能面扫描，取两种自旋态能量相等的点作为最后一种情况的MECP点合理吗
好的，我明白了，谢谢sob老师和Elaine老师！
“能量交叉的超曲面当中能量最低的那个点才行，能量相同只是MECP搜索的条件之一”
再麻烦一下sob老师
刚才说的我那种方法不能称为MECP点
因为不是能量最低的交叉点
那是否可以认为也是连接两种自旋态的一个交叉点呢，只是它的能量不是最低的而已
A:
你也可以尝试用单重态TS作为初猜来搜搜试试，或者TS与A+B结构的中间结构（IRC路径上取一点）作为初猜
多试试
看结构+能量确定是否是自己要的
几何优化也同样是不同初猜结构可能优化到不同极小点去，还是得人工加以判断
不合理，那未必是MECP。光是能量相同还不行，还得是能量交叉的超曲面当中能量最低的那个点才行，能量相同只是MECP搜索的条件之一
可
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2015.10.28 10:26:45
Q:
@Sobereva 老师，您上次说O2参与反应可以有三种情况：1. 先激发成单重态，然后反应；2. 反应过程中发生三-单重态自旋翻转（这种情况通常有重金属原子参与）；3. 反应过程中一直都是三重态，这时产物不在基态。1和3种情况计算时还好处理，但第二种反应情况在TS和IRC如何处理和设置呢？
A:
@蝶恋花 不是一条IRC能描述的，算两个自旋态两个TS和IRC，外加搜索MECP。
建议看看此文
Acc. Chem. Res. 2000, 33, 139-145
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2015.10.28 11:03:17
Q:
在用gauss09a计算pop=nboread时，在com文件最后加了$NBO NAOMO $END，为什么out文件里面还是空的了[Emoticon]
%nproc=8
%mem=12Gb
%chk=auh2nbo.chk
#p test B3LYP/gen pseudo=read pop=nboread
auh2pop
0 2
Au 0.00000000 0.00000000 0.06484500
H 0.00000000 0.00000000 -2.93950600
H 0.00000000 0.00000000 -2.18323400
H 0
aug-cc-pVTZ
****
Au 0
LANL2DZ
****
Au 0
LANL2DZ
$NBO NAOMO $END
A:
@会说话的咖喱 输入文件贴出来，坐标部分可以隐去
别空那么多行
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2015.10.28 11:34:39
Q:
咨询一下，不同的供体，怎样比较两者的强度，比如说一个是D-A分子，一个是D'-A分子，如何通过数据刻画两个D的大小？（不通过D-D'这种直接相连的方式），谢谢指点
算D或者D'片段的净电荷？比较大小？
A:
算片段电荷
对
A都一样，所以可以比相对大小
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2015.10.28 12:18:09
Q:
@Sobereva the vibrational zero-point energy
corrected potential barrier 老师 这个是不是就是零点能修正后的值？
A:
看看此文
浅谈PCA与g_covar+g_anaeig+ddtdp+sigmaplot做自由能面图的方法
http://sobereva.com/73
@玛塔 y
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2015.10.28 12:23:46
Q:
首先由MD轨迹构建协方差矩阵，然后计算其本征值和本征向量。怎么有MD轨迹构建协方差矩阵呢？
这个公式在您推荐的那篇文章里吗？
A:
按照公式一算就出来，gmx、amber等主流MD程序都直接提供了相应功能，自己用的MD程序没提供的话自己写个就完了
你看看吧，应该在
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2015.10.28 12:36:08
Q:
@Sobereva [Image]老师，这是活化能的定义式，我并没有读懂这里的信息，那个detalEp减去detalFvib(0)的含义我还是不清楚，对应到真正的高斯计算中，我应该用什么数值
是说势垒减去 鞍点和反应物振动零点能的差值
我理解是势垒是反应物和过渡态能量之差，这个能量又用什么能量去算？
A:
TS的U(0) - 反应物的U(0) = (TS的电子能量-反应物的电子能量) + (TS的ZPE-反应物的ZPE) = 势垒 + ZPE对势垒的校正
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2015.10.28 13:48:36
Q:
[Image]@Sobereva 老师，我用scf=novaracc 和 int=ultrafine都试过了，无法收敛
A:
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
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2015.10.28 13:48:52
Q:
那么早晨说不加溶剂优化，再加溶剂单点，NPA电荷计算，CDA等是否可以？
A:
可
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2015.10.28 13:49:55
Q:
谢谢Sob老师，如果用的是PBE1PBE/SDD可以做CDA吧？
A:
y
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2015.10.28 14:27:02
Q:
ROB3LYP试过各种办法不收敛怎么办啊
高自旋体系
嗯嗯，确实，但是U给我不准确的物理图像啊、
接近fermi能级附近，α β轨道裂分很严重啊。
A:
用U
RO一般没U容易收敛
本来就该分裂
RO憋着不分裂才不对
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2015.10.28 14:32:24
Q:
sob老师，用b3lyp-D3/6-311++G**代替B3LYP-gCP-D3/6-31G*可以吗？就是不要gcp修正了，用大基组
她已经用了，也没什么坏处吧
A:
可以。
氢的弥散可以去掉，没什么用
没坏处
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2015.10.28 14:34:40
Q:
问一下各位老师b3lyp可以算氢键键能吗0
加D3的关键字怎么写呢
A:
加D3就能算
不加D3会被喷
DFT-D色散校正的使用
http://sobereva.com/210
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2015.10.28 14:41:42
Q:
scf=qc除了解决收敛问题，能让轨道计算的更准确一些吗
哦哦，也就是那些收敛策略对结果影响不大的吧
A:
不能
原理上本来就没影响
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2015.10.28 14:46:16
Q:
sob老师，我用qchem生成的fchk文件在MultiWFN里分析出来的结果很奇怪，这是我算的一个分子的HOMO的各原子贡献，Co五千多%对头吗？
[图片]
A:
[图片]
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2015.10.28 15:10:17
Q:
柔性扫描某键长从4.2扫到2.0 设置为初值4.2，每步扫-0.22，共扫10步，可以吗，要加上负号吗？老师@Sobereva
A:
可
可，加
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2015.10.28 15:18:02
Q:
老师，这个收敛失败，还要继续加大次数吗？已经是10000次了，再改还有意义吗？结构应该没有太大问题@Sobereva
[Image]
A:
不管SCF还是几何优化不收敛，1000次都不收敛，算100年也不收敛
解决SCF不收敛问题的方法
http://sobereva.com/61
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164
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发表于 Post on 2015-11-8 13:24:22
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