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[GROMACS] 用win版的gmx执行gmx do_dssp不出结果

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本帖最后由 好孩纸呀 于 2020-12-5 21:52 编辑

老师 ,我用win版的gromac分析蛋白质的二级结构,执行gmx do_dssp -f md_noPBC.xtc -s md.tpr -o sec_str.xvm -ssdump命令时,能运行,但是不出结果,显示如下,这是怎么回事啊

N~$%$)4WWUD]Q73SQAUIDA7.png (77.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 40)

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发表于 Post on 2020-12-5 22:05:45 | 只看该作者 Only view this author
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替,更方便
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-5 22:11:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-5 22:05
用linux就完了
或者用VMD的timeline插件代替,更方便

老师,我们是租的服务器,公共文件夹不让放dssp,您说的VMD的timeline我用过,这里我用dssp是想得到ssdump.dat,然后用awk_ss.bsh脚本统计二级结构的概率来作图,搞了一天了,愁死我啦

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发表于 Post on 2020-12-6 14:25:08 | 只看该作者 Only view this author
好孩纸呀 发表于 2020-12-5 22:11
老师,我们是租的服务器,公共文件夹不让放dssp,您说的VMD的timeline我用过,这里我用dssp是想得到ss ...

自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了,简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39555524/
GROMACS 2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示
https://www.bilibili.com/video/av39749252/
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 11:44:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-6 14:25
自己电脑装个vmware虚拟机跑linux就完了,简单至极

VMware 15中安装CentOS 7.6 Linux系统的过程演示

谢谢老师

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发表于 Post on 2021-1-31 19:10:32 | 只看该作者 Only view this author
如此看来应该是,你gromacs版本太高,在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs,再按照这个博文的内容安装dssp(http://bbs.keinsci.com/thread-14384-1-1.html)。即可使用dssp,亲测可用。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-28 19:54:47 | 只看该作者 Only view this author
Acee 发表于 2021-1-31 19:10
如此看来应该是,你gromacs版本太高,在Linux系统下按照sob老师的教程安装2018.4版本的gromacs,再按照这个 ...

我弄好了 ,谢谢您呀

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发表于 Post on 2021-3-31 10:25:33 | 只看该作者 Only view this author
好孩纸呀 发表于 2021-3-28 19:54
我弄好了 ,谢谢您呀

请问一下,你是怎么弄好的,windows还是linux,谢谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-31 22:24:26 | 只看该作者 Only view this author
计算小菜鸡 发表于 2021-3-31 10:25
请问一下,你是怎么弄好的,windows还是linux,谢谢

windows 下的啊

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发表于 Post on 2021-4-2 16:24:48 | 只看该作者 Only view this author

麻烦说一下,怎么做的,dssp我无法安装

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-6 12:06:24 | 只看该作者 Only view this author
计算小菜鸡 发表于 2021-4-2 16:24
麻烦说一下,怎么做的,dssp我无法安装

我装的win版的groamcs,跟DSSP,然后配置下环境变量,就可以用啦

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发表于 Post on 2021-8-16 18:30:54 | 只看该作者 Only view this author
兄弟,我情况和你一样,win版的gromac不出结果,显示也和你的一样,请问如何解决的?感谢!

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-9-4 09:33:47 | 只看该作者 Only view this author
夏一天 发表于 2021-8-16 18:30
兄弟,我情况和你一样,win版的gromac不出结果,显示也和你的一样,请问如何解决的?感谢!

把DSSP 配置到环境变量里就行了,不配置没法用

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