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[粗粒化/DPD] materials studio软件的DPD模拟板块的界面怎么设置溶液的浓度变化和不同的pH环境?

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楼主
请问各位老师,materials studio软件的DPD模拟板块的界面怎么设置溶液的浓度变化和不同的pH环境呀

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发表于 Post on 2020-12-7 00:35:04 | 只看该作者 Only view this author
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟,一般通过控制物质的质子化态等效体现。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 08:53:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-7 00:35
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟,一般通过控制物质的质子化态等效体现 ...

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2020-12-7 10:55:04 | 只看该作者 Only view this author
J. Phys. Chem. B 2018, 122, 3931−3943      非常详细讲了设置浓度
又菜又爱玩

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-7 15:58:38 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2020-12-7 10:55
J. Phys. Chem. B 2018, 122, 3931−3943      非常详细讲了设置浓度

好的,非常感谢您哦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-9 22:27:48 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-7 00:35
浓度通过建模时控制粒子数体现
pH环境没法直接体现。对于全原子模拟,一般通过控制物质的质子化态等效体现 ...

老师,我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度,比如当pka=7.1时,pH范围为5.1, 6.1, 7.1, 8.1, 9.0时对应的质子化程度为0, 9%, 50%, 90%, 100%,这个程度该怎么体现在体系中呢?文献中说改变系统的力场,

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发表于 Post on 2020-12-10 19:30:21 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2020-12-9 22:27
老师,我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度,比如当pka=7.1时,pH范围为5.1, 6.1,  ...

跟力场没关系
建模的时候根据数目比恰当设置物质的质子化状态就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-1-7 10:02:57 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-10 19:30
跟力场没关系
建模的时候根据数目比恰当设置物质的质子化状态就完了

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2021-9-8 13:19:04 | 只看该作者 Only view this author
大王雷 发表于 2020-12-9 22:27
老师,我看了文献中体现体系pH环境通过计算pka值来计算质子化程度,比如当pka=7.1时,pH范围为5.1, 6.1,  ...

楼主您好,能不能麻烦您发一下您提到的这篇文章呢,我现在正在学习模拟不同pH下两物质的结合,但不知道质子化程度应该怎么计算,麻烦您了

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