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计算化学公社»论坛首页 › 理论与计算化学 (Theoretical and Computational Chemistry) › 分子模拟 (Molecular Modeling) › 蛋白配体复合物MMPBSA计算问题
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[GROMACS] 蛋白配体复合物MMPBSA计算问题

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阿帅先森

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楼主
发表于 Post on 2020-12-8 21:24:15 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励 |倒序浏览 Reverse view |阅读模式 Reading model
请问老师，我现在做的是一个蛋白配体复合物的模拟
我通过分子对接将配体对接至蛋白的三个不同的位点上来，以此来搜寻他可能存在的位点
在计算MMPBSA时，有两个位点的数值比较异常，查看了之后发现是部分帧的MM部分数值接近为零
请问老师两个问题：
问题一：如图所示，请问老师这种异常的时间帧是否是因为蛋白和配体在这个时间帧没有MM作用，那么是否代表结合不好，这是一个正常的现象吗？
问题二：请问老师如图整体的结合能，因为这种异常的时间帧导致的总体结合能的误差非常大，请问这两个结合不好的数据是否可以放进文章中来说明这个位点的结合差的情况？

QQ截图20201208210208.jpg (444.78 KB, 下载次数 Times of downloads: 76)

位点一的复合物MM计算部分

位点一的复合物MM计算部分

QQ截图20201208210227.jpg (75.17 KB, 下载次数 Times of downloads: 75)

位点一的总能计算

位点一的总能计算

QQ截图20201208212220.jpg (518.87 KB, 下载次数 Times of downloads: 69)

位点二的复合物MM部分

位点二的复合物MM部分

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位点三的总能计算

位点三的总能计算

QQ截图20201208212333.jpg (484.25 KB, 下载次数 Times of downloads: 65)

位点三的复合物MM部分

位点三的复合物MM部分

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位点三的总能计算

位点三的总能计算
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