关于gromacs模拟电场下聚合物无序到有序运动的问题

小蜗 · 发表于 Post on 2020-12-9 16:16:43

老师们好~今天发现sob老师的gromacs课马上要报名了！~想来问一下，我自己的体系是模拟电场下聚合物无序到有序运动的情况，好像文献中很多是用coarse-grained model，MC或者MS都有，如果用gromacs模拟是否合适我自己的体系呢~前两天学过一点gromacs，感觉功能很强大，但是皮毛也没懂。恳请大家批评指教~谢谢

小蜗 · 发表于 Post on 2020-12-9 16:23:44

MC或者MD sorry 我打错~

naoki · 发表于 Post on 2020-12-9 16:46:44

理论上gromacs也能做，分子量太大的话全原子的可能很难算动，gromacs也可以用martini力场做coarse-grained
p.s. 打错了可以在原帖编辑

小蜗 · 发表于 Post on 2020-12-9 17:04:40

naoki 发表于 2020-12-9 16:46
理论上gromacs也能做，分子量太大的话全原子的可能很难算动，gromacs也可以用martini力场做coarse-grained
...

哈哈哈好的好的~已经决定要报名了~希望能报上
谢谢你的p.s.
敲可爱~

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-9 17:06:22

GROMACS可以说是最适合这类体系的。

全原子跑得动就没必要CG，后者还容易糟质疑，特别是带电场这种情况，重点是描述原子与电场的相互作用，而靠CG可能都没法真正合理体现这点。GPU加速跑GROMACS，全原子计算这类体系没压力。

小蜗 · 发表于 Post on 2020-12-9 21:15:44

sobereva 发表于 2020-12-9 17:06
GROMACS可以说是最适合这类体系的。

全原子跑得动就没必要CG，后者还容易糟质疑，特别是带电场这种情况 ...

谢谢sob老师~期待见到您哇

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