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楼主 Author: sobereva
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[ORCA] 使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

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发表于 Post on 2021-4-19 17:00:59 | 只看该作者 Only view this author
请问下ORCA4.1.1可以做这个吗?按照老师的例子,简单搞了一个自己想算的。但是一提交任务就停止了。不知道是不是版本的原因?

300K.rar

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发表于 Post on 2021-4-19 21:04:58 | 只看该作者 Only view this author
84015917 发表于 2021-4-19 17:00
请问下ORCA4.1.1可以做这个吗?按照老师的例子,简单搞了一个自己想算的。但是一提交任务就停止了。不知道 ...

自己琢磨了一下发现是 constraint add center 0..14  # Fix center of mass at initial position这行的命令有问题,删除了就行了,但是不知道是什么原因

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-21 15:31:22 | 只看该作者 Only view this author
84015917 发表于 2021-4-19 21:04
自己琢磨了一下发现是 constraint add center 0..14  # Fix center of mass at initial position这行的命 ...

帖子内容是对于发帖时最新版本而言的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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发表于 Post on 2021-4-25 16:49:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-21 15:31
帖子内容是对于发帖时最新版本而言的

谢谢老师,后续我跑了一个钙钛矿分子和一个水分子的动力学,然后发现水分子跑飞了如下图。是因为没有设置cell吗?

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类似老师之前论文中的图

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-25 17:57:38 | 只看该作者 Only view this author
84015917 发表于 2021-4-25 16:49
谢谢老师,后续我跑了一个钙钛矿分子和一个水分子的动力学,然后发现水分子跑飞了如下图。是因为没有设置 ...

钙钛矿是无机晶体,不可能用分子模型
如果研究钙钛矿表面水分子的行为,应该用CP2K。用ORCA虽然也可以自己弄一个板来跑,但速度慢不说,还没法考虑周期边界条件,还得处理边界,很麻烦。
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发表于 Post on 2021-4-26 08:36:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-25 17:57
钙钛矿是无机晶体,不可能用分子模型
如果研究钙钛矿表面水分子的行为,应该用CP2K。用ORCA虽然也可以自 ...

好的,感谢老师

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发表于 Post on 2021-4-26 15:27:07 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yqiusheng 于 2021-4-26 15:32 编辑

我在用AIMD计算碳酸二甲酯在733K下的水解,水分子在5000步后经常跑飞,试了 cell fixed, cell pressure   XXXX, cell elastic , 以上参数设为操作手册的默认值,但是还是跑飞,请问还有什么办法,还是我设置有问题?求解

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-26 16:01:09 | 只看该作者 Only view this author
yqiusheng 发表于 2021-4-26 15:27
我在用AIMD计算碳酸二甲酯在733K下的水解,水分子在5000步后经常跑飞,试了 cell fixed, cell pressure   X ...

用cell sphere 施加球型限制势
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发表于 Post on 2021-4-26 16:25:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-4-26 16:01
用cell sphere 施加球型限制势

好的,谢谢!

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发表于 Post on 2021-4-28 20:34:55 | 只看该作者 Only view this author
社长,请问这种体系可以用Cp2k跑吗?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-4-29 02:11:33 | 只看该作者 Only view this author
466468213 发表于 2021-4-28 20:34
社长,请问这种体系可以用Cp2k跑吗?

孤立体系用CP2K跑非常吃亏
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发表于 Post on 2021-5-10 15:16:33 | 只看该作者 Only view this author


这种反应的过渡态,反应过程能不能使用ORCA做从头算动力学大致预测一下?
谢谢!


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发表于 Post on 2021-5-10 17:03:40 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2021-5-10 08:16
这种反应的过渡态,反应过程能不能使用ORCA做从头算动力学大致预测一下?
谢谢!

看势垒多高,如果从势垒看,ps到ns级的时间内能反应完,就可以做AIMD
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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发表于 Post on 2021-5-10 17:55:43 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-5-10 17:03
看势垒多高,如果从势垒看,ps到ns级的时间内能反应完,就可以做AIMD

TS 4B势垒为75.9 kJ/mol,根据经验大约都跑多少ps或ns?
谢谢!

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发表于 Post on 2021-5-10 19:41:08 | 只看该作者 Only view this author
hzfish 发表于 2021-5-10 10:55
TS 4B势垒为75.9 kJ/mol,根据经验大约都跑多少ps或ns?
谢谢!

那没戏了。。。你这个得是ms到s量级的了
需要跑多久用Eyring方程换算一下就知道了

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Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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