计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
楼主 Author: sobereva
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[ORCA] 使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

  [复制链接 Copy URL]

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

76#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 13:44:39 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2022-8-26 10:45
老师,orca可以用混合基组吗?应该如何表示呢?
在orca支持镧系离子用Stuttgart赝势吗


看手册
支持
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

27

帖子

0

威望

568

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

77#
发表于 Post on 2023-8-28 13:22:33 | 只看该作者 Only view this author
NH3分子的位置是怎么确定的?只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

78#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 15:52:49 | 只看该作者 Only view this author
开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 13:22
NH3分子的位置是怎么确定的?只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛?

放不远不近就完了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

27

帖子

0

威望

568

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

79#
发表于 Post on 2023-8-28 19:53:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 15:52
放不远不近就完了

在调研AIMD的流程时,注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢?
比如说我就想看一下两个不同分子之间能否发生反应以及怎样反应。从不同的初始结构开始跑AIMD肯定有不同的结论,这时候我该怎么选择初始结构呢?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

80#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 20:02:17 | 只看该作者 Only view this author
开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 19:53
在调研AIMD的流程时,注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢? ...

容易发生的反应,随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应,各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如果有静态计算得到的过渡态,可以参考着去摆
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

27

帖子

0

威望

568

eV
积分
595

Level 4 (黑子)

81#
发表于 Post on 2023-8-28 21:36:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 20:02
容易发生的反应,随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应,各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如 ...

谢谢sob老师,我手头是正好有过渡态的结构。

29

帖子

0

威望

251

eV
积分
280

Level 3 能力者

82#
发表于 Post on 2024-7-10 21:08:51 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是根据您的帖子进行了类似工作的计算(仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c),但是orca在输出每一步的时候都会有If you are NOT using ECPs, check your basis set inputs!和NOTIFICATION: Different basis set in ORCA and otool_gcp: ORCA: 619  gCP: 617的提示,请问这是为什么,是基组不适合我的体系吗?

屏幕截图 2024-07-10 210008.png (25.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 128)

屏幕截图 2024-07-10 210008.png

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

83#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 23:22:36 | 只看该作者 Only view this author
qaqfdmmj 发表于 2024-7-10 21:08
老师您好,我是根据您的帖子进行了类似工作的计算(仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c),但是orca在输出每一步的 ...

没事甭用r2SCAN-3c跑动力学,比B97-3c没明显额外好处还白多花时间
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

72

帖子

0

威望

387

eV
积分
459

Level 3 能力者

84#
发表于 Post on 2025-6-26 18:41:25 | 只看该作者 Only view this author
能够做升温,降温过程吗?怎么设置?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120060

管理员

公社社长

85#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 06:46:50 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2025-6-26 18:41
能够做升温,降温过程吗?怎么设置?

让目标温度低于参考温度就行了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

72

帖子

0

威望

387

eV
积分
459

Level 3 能力者

86#
发表于 Post on 2025-6-27 09:01:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-27 06:46
让目标温度低于参考温度就行了

明白了,那要分成几个文件,分别升温降温来做。

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-12 17:59 , Processed in 0.147953 second(s), 22 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list