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楼主 Author: sobereva
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[ORCA] 使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的简单例子

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-8-26 13:44:39 | 只看该作者 Only view this author
halouhapily 发表于 2022-8-26 10:45
老师,orca可以用混合基组吗?应该如何表示呢?
在orca支持镧系离子用Stuttgart赝势吗


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发表于 Post on 2023-8-28 13:22:33 | 只看该作者 Only view this author
NH3分子的位置是怎么确定的?只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 15:52:49 | 只看该作者 Only view this author
开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 13:22
NH3分子的位置是怎么确定的?只要放在附近就会自动找到质子转移的轨迹嘛?

放不远不近就完了
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发表于 Post on 2023-8-28 19:53:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 15:52
放不远不近就完了

在调研AIMD的流程时,注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢?
比如说我就想看一下两个不同分子之间能否发生反应以及怎样反应。从不同的初始结构开始跑AIMD肯定有不同的结论,这时候我该怎么选择初始结构呢?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-8-28 20:02:17 | 只看该作者 Only view this author
开心の土豆雷 发表于 2023-8-28 19:53
在调研AIMD的流程时,注意到初始结构的是一个非常关键的点。怎样根据自己的需要选择有意义的初始结构呢? ...

容易发生的反应,随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应,各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如果有静态计算得到的过渡态,可以参考着去摆
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发表于 Post on 2023-8-28 21:36:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-8-28 20:02
容易发生的反应,随便放得不离谱就能发生。对于难发生的反应,各种相对位置和朝向、相对初速度都考虑。如 ...

谢谢sob老师,我手头是正好有过渡态的结构。

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发表于 Post on 2024-7-10 21:08:51 | 只看该作者 Only view this author
老师您好,我是根据您的帖子进行了类似工作的计算(仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c),但是orca在输出每一步的时候都会有If you are NOT using ECPs, check your basis set inputs!和NOTIFICATION: Different basis set in ORCA and otool_gcp: ORCA: 619  gCP: 617的提示,请问这是为什么,是基组不适合我的体系吗?

屏幕截图 2024-07-10 210008.png (25.41 KB, 下载次数 Times of downloads: 146)

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2024-7-10 23:22:36 | 只看该作者 Only view this author
qaqfdmmj 发表于 2024-7-10 21:08
老师您好,我是根据您的帖子进行了类似工作的计算(仅将B97-3c换成了r2SCAN-3c),但是orca在输出每一步的 ...

没事甭用r2SCAN-3c跑动力学,比B97-3c没明显额外好处还白多花时间
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发表于 Post on 2025-6-26 18:41:25 | 只看该作者 Only view this author
能够做升温,降温过程吗?怎么设置?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-6-27 06:46:50 | 只看该作者 Only view this author
wilely 发表于 2025-6-26 18:41
能够做升温,降温过程吗?怎么设置?

让目标温度低于参考温度就行了
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发表于 Post on 2025-6-27 09:01:08 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-6-27 06:46
让目标温度低于参考温度就行了

明白了,那要分成几个文件,分别升温降温来做。

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发表于 Post on 2025-10-14 08:23:40 | 只看该作者 Only view this author
请教老师一个问题:使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的时候,能否使用SMD模型来考虑隐式溶剂化效应。这样的计算是否合理呢?

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发表于 Post on 2025-10-14 10:19:31 | 只看该作者 Only view this author
robustljb 发表于 2025-10-14 08:23
请教老师一个问题:使用ORCA做从头算动力学(AIMD)的时候,能否使用SMD模型来考虑隐式溶剂化效应。这样的计 ...

如果已知溶剂模型的非静电项确实很重要,那么可以。否则用CPCM更好,数值更稳定
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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发表于 Post on 2025-10-14 10:33:12 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2025-10-14 10:19
如果已知溶剂模型的非静电项确实很重要,那么可以。否则用CPCM更好,数值更稳定

好的,谢谢您的回复。也就是说ORCA做从头算动力学(AIMD)计算时考虑隐式溶剂化效应,在原理上是没有问题的吧

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发表于 Post on 2025-10-14 17:11:22 | 只看该作者 Only view this author
robustljb 发表于 2025-10-14 10:33
好的,谢谢您的回复。也就是说ORCA做从头算动力学(AIMD)计算时考虑隐式溶剂化效应,在原理上是没有问题的 ...

没问题。应当说任何既支持AIMD,又支持隐式溶剂化结构优化的软件,几乎必然可以做带隐式溶剂的AIMD
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
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