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[Material Studio] 求助:关于利用MS计算水自扩散系数

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sob老师和各位大佬好,我最近一直苦于利用MS求不出水的自扩散系数,今看到文献里把水的初始结构设置成了面心立方结构,文献的结果是2.9e-9,我也学着试了一下,结果是3.2e-9。
请问为什么要把水的初始结构设置为面心立方结构。另,若有用过MS计算过水自扩散系数的大佬麻烦告知一下设置具体参数。
感谢各位!

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发表于 Post on 2020-12-16 02:30:03 | 只看该作者 Only view this author
文献里瞎用词。根本就不叫什么面心立方,那就叫立方,表示三个方向盒子长度相同。模拟小分子液体若无特殊情况都是用立方盒子。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-16 09:04:44 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-16 02:30
文献里瞎用词。根本就不叫什么面心立方,那就叫立方,表示三个方向盒子长度相同。模拟小分子液体若无特殊情 ...

谢谢sob老师回答。
我用Cu(铜)的晶体结构,先把Cu替换成O,再MAKE P1,然后自动加氢,最后supercell得到256水分子。并且计算了扩散系数。  同时我用AC也算了256个水分子扩散系数,参数设置一摸一样,但是两者结果差好多,并且第一种做法更接近实验值。我不知该如何解释这个。

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发表于 Post on 2020-12-17 09:38:14 | 只看该作者 Only view this author
ocbrother 发表于 2020-12-16 09:04
谢谢sob老师回答。
我用Cu(铜)的晶体结构,先把Cu替换成O,再MAKE P1,然后自动加氢,最后supercell得到 ...

水和铜的结构没有任何相关性。基于Cu的晶胞来构建液相水模型完全莫名其妙
我从来不用M$算这类问题,我一律用GROMACS,强太多了

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ocbrother + 3 谢谢

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