求助Y(OMe)3几何优化出现虚频，有18个负值

z472673893 · 发表于 Post on 2020-12-15 17:48:20

计算Y(OMe)3的优化结构，但是一直有虚频，用过tight，calcfc，int=ultrafine，还是有虚频。请问怎么解决

elvisng · 发表于 Post on 2020-12-15 18:04:12

看看虛頻震動的方向

看看是不是因為你的初始結構對稱性太高, 如果是, 就調整一下結構讓它不對稱, 然後重新優化

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-15 18:27:27

初始结构严重不合理，Y-O-C是弯的，不是直的

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-15 18:37:03

除了楼上说的结构不合理外，建议同时贴出你的关键词、所用基组、赝势（如果有用到赝势的话），让大家鉴定下是否输入文件也写的不合理

z472673893 · 发表于 Post on 2020-12-15 18:43:23

zjxitcc 发表于 2020-12-15 18:37
除了楼上说的结构不合理外，建议同时贴出你的关键词、所用基组、赝势（如果有用到赝势的话），让大家鉴定下 ...

我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\WXDFT\Y(OMe)3.chk
----------------------------------------------------
# # b3lyp/GENECP FREQ OPT(MAXCYCLE=200) INT=ultrafin
----------------------------------------------------

Y                   -1.65975  -0.02075 0.
O                   -1.93075  -1.66775  -1.614
O                   -3.88775 1.72225  -1.614
O                   0.02625 1.72225  -1.614
C                   0.83825 2.56125  -2.391
C                   -4.84675 2.47225  -2.309
C                   -2.09375  -2.66275  -2.588
H                   1.75725 2.01125  -2.694
H                   0.28025 2.87925  -3.299
H                   1.12225 3.45725  -1.795
H                   -5.72675 1.83025  -2.538
H                   -5.16975 3.33225  -1.681
H                   -4.40575 2.85025  -3.258
H                   -3.17875  -2.81775  -2.783
H                   -1.59075  -2.34575  -3.529
H                   -1.64175  -3.61375  -2.227

C O 0
6-31G*
****
Y 0
LANL2DZ
****

Y 0
LANL2DZ

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-15 18:52:00

z472673893 发表于 2020-12-15 18:43
我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:%users\Administ ...

把文件格式弄完整，不要随便贴，#行要贴完整，还有电荷、自旋多重度。

Novice · 发表于 Post on 2020-12-15 19:45:41

提供给你个坐标，你试试

Y       -1.81439366912042 0.47469676144632 -0.64218157198045
O       -1.18329931506863 -0.89656522252451 -1.87025740601473
O       -3.66239563249491 0.81989371390353 -1.13553747325405
O       -0.81931022256911 2.07811252952579 -1.11631576799610
C       -0.12727966942374 2.08474301069505 -2.33752862866126
C       -3.89922486654120 1.79331433442707 -2.11717367621100
C       -2.04524520149533 -1.62673711968094 -2.70390849313159
H       0.76028179679158 1.43323887579337 -2.30433878012457
H       -0.77429170342413 1.77086738906781 -3.17974059897828
H       0.20398269454773 3.11498456845549 -2.52745475669299
H       -4.96848572524287 1.76044442925318 -2.36834466124580
H       -3.65790224999492 2.80608970852289 -1.75440742545784
H       -3.32521446622087 1.59273507814292 -3.04443128457405
H       -2.78731218097209 -0.97671490503920 -3.20021004502195
H       -1.43341713931915 -2.10259095962026 -3.48251714875428
H       -2.57449244945130 -2.41651219237242 -2.14965228190964

——————————————————
如果不能得到合理的初始结构可以参考下面这个帖子：
http://bbs.keinsci.com/thread-12578-1-1.html

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-15 20:21:58

z472673893 发表于 2020-12-15 18:43
我又改成了下面这个结构，但是最终优化完还是一个平面结构，，，，而且还有负值
%chk=C:%users\Administ ...

我是说Y-O-C是弯的，不是说Y是突出的。
建议找个教材自学金属有机化学再来做计算吧，这种分子的结构都是基础的金属有机化学会教的内容。不然你算出来结果也不可信。

z472673893 · 发表于 Post on 2020-12-15 22:26:58

wzkchem5 发表于 2020-12-15 20:21
我是说Y-O-C是弯的，不是说Y是突出的。
建议找个教材自学金属有机化学再来做计算吧，这种分子的结构都是 ...

嗯嗯，刚开始接触，看文献里这样画的我就这样画了

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-15 22:28:04

z472673893 发表于 2020-12-15 22:26
嗯嗯，刚开始接触，看文献里这样画的我就这样画了

影响因子太低的文章，或者实验占绝大部分的文章，不要信

z472673893 · 发表于 Post on 2020-12-15 22:28:48

zjxitcc 发表于 2020-12-15 18:52
把文件格式弄完整，不要随便贴，#行要贴完整，还有电荷、自旋多重度。

是这里面的文件嘛

z472673893 · 发表于 Post on 2020-12-15 22:29:54

Novice 发表于 2020-12-15 19:45
提供给你个坐标，你试试

Y -1.81439366912042 0.47469676144632 -0.64218157198045

好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没有程序

zjxitcc · 发表于 Post on 2020-12-15 22:39:30

本帖最后由 zjxitcc 于 2020-12-15 22:57 编辑

z472673893 发表于 2020-12-15 22:29
好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没 ...

还没入门，输入文件错误一堆。建议先别折腾XTB了。

（1）你在#11楼贴的输入文件与输出文件不对应，明显里面#行内容长得不一样。或许你是用GaussView生成的输入文件，你忘记保存修改后的输入文件了。不要用GaussView里的关键词，自己直接手写关键词。gjf就是个文本文件，直接用文本编辑器（记事本、写字板、UltraEdit等）打开即可。

（2）自定义基组、赝势不对，仔细、反复阅读sob老师博文《详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入》http://sobereva.com/60

（3）不懂用什么基组的话看
《谈谈量子化学中基组的选择》http://sobereva.com/336

sobereva · 发表于 Post on 2020-12-16 02:27:44

此文明确说了
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278（http://bbs.keinsci.com/thread-633-1-1.html）

有时候虚频是由于优化所用的初始结构对称性太高导致的。比如联苯在基态下实际上两个苯环间是有一定二面角的，但优化联苯所用的初始结构如果是纯平面的，则优化过程就会一直保持平面状态，最终也得到平面构型，显然会发现有对应于两个平面彼此间扭转的虚频。碰到这种情况，最佳的解决方法是在gview观看振动模式的界面中选中虚频模式，选上Manual Displacement并拉动滑条来沿着虚频模式略微调整结构，然后点save structure得到新的结构，再拿这个新结构保存新的输入文件，重新优化和做振动分析后通常就已经没虚频了。有时候对于大体系，也可能因为某些局部区域的初始对称性太高，一直维持到最后而出现虚频，这时候也应按照虚频调节结构。

盲目用tight、calcfc等显然毫无意义

wzkchem5 · 发表于 Post on 2020-12-16 10:33:45

z472673893 发表于 2020-12-15 22:29
好的，谢谢，不过不太清楚XTB怎么使用，是需要其他的软件进行操作吗，我按照说明下载的都是一些文件，没 ...

自行找linux的入门资料看看。做计算不会linux，光用windows的话，业内永远觉得你是门外汉。

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