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[GROMACS] 求助:npt下将固体freeze后还会动

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在npt系综下,将固体的三个方向都freeze,各向异性压力耦合,盒子伸缩只在z方向进行。我发现随着盒子的上下伸缩,固体基板也会跟着上下移动。我看手册说freeze后位置不再更新,为什么还会动啊?最后得到的gro文件发现坐标也发生了变化。

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发表于 Post on 2020-12-16 02:15:51 | 只看该作者 Only view this author
如果你确信设置正确了,说明NPT时根据盒子比例对freeze的坐标进行了相应的scaling
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-16 09:03:35 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-16 02:15
如果你确信设置正确了,说明NPT时根据盒子比例对freeze的坐标进行了相应的scaling

谢谢sob老师的回复,refcoord_scaling无论设为com,all还是no,我发现固体冻结后依然上下波动,图中是我的mdp设置。

mdp.png (17.5 KB, 下载次数 Times of downloads: 26)

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发表于 Post on 2021-1-14 22:30:15 | 只看该作者 Only view this author
haichang 发表于 2020-12-16 09:03
谢谢sob老师的回复,refcoord_scaling无论设为com,all还是no,我发现固体冻结后依然上下波动,图中是我的 ...

遇到了同样的问题,请问最后问题解决了吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-20 17:21:47 | 只看该作者 Only view this author
466468213 发表于 2021-1-14 22:30
遇到了同样的问题,请问最后问题解决了吗

没有解决,只要盒子波动,固体板就随着上下波动

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发表于 Post on 2021-2-21 09:02:10 | 只看该作者 Only view this author
haichang 发表于 2021-2-20 17:21
没有解决,只要盒子波动,固体板就随着上下波动

1、输出固体版的坐标,看看坐标是不是在波动?
2、你用的啥gmx版本?换个版本看看?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-2-21 12:01:29 | 只看该作者 Only view this author
bobosiji 发表于 2021-2-21 09:02
1、输出固体版的坐标,看看坐标是不是在波动?
2、你用的啥gmx版本?换个版本看看?

我检查过坐标,确实有变化,版本是2019.6,听说这个版本比较稳定

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发表于 Post on 2021-3-2 02:25:39 | 只看该作者 Only view this author
PR压浴下盒子尺寸变化会导致被freeze组的坐标也相应变化,berendsen压浴下被freeze组的坐标会保持严格不变
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-3-3 15:55:13 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-3-2 02:25
PR压浴下盒子尺寸变化会导致被freeze组的坐标也相应变化,berendsen压浴下被freeze组的坐标会保持严格不变

谢谢sob老师

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