关于GAFF力场参数优化的一些问题

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2017-11-20 09:39:54

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2017-11-20 09:43 编辑

smutao 发表于 2017-11-18 01:39
可以谈谈你最近的jcc上的文章介绍的方法的实际用途吗？我读了没太懂谢谢

做MM模拟有时缺少一些参数（含金属的经常缺），这个方法是用于确定键长/键角/二面角参数的。我们拟合的目标是QM计算的Hessian矩阵，也就是找一组参数来最佳的reproduce QM的Hessian。这对于键长和键角项应该都是不错的，但对于二面角应用有限（文章末尾有叙述）。

smutao · 发表于 Post on 2017-11-23 11:01:59

http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.7b00785
和你的工作有点类似

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2017-11-24 02:41:03

smutao 发表于 2017-11-23 11:01
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jctc.7b00785
和你的工作有点类似

嗯也刚看到，他改进了一下很早的一个Seminario方法（我们文章里和Sem做过对比）。
不过我觉得键长键角项的参数再做努力意义不大。现在做参数的难点主要是二面角和非键项。

smutao · 发表于 Post on 2017-12-6 00:05:10

你们老板好像来我们这找工作了

beefly · 发表于 Post on 2017-12-6 07:25:13

KiritsuguPapa 发表于 2017-11-20 09:39
做MM模拟有时缺少一些参数（含金属的经常缺），这个方法是用于确定键长/键角/二面角参数的。我们拟合的目 ...

你的键角力常数是如何定义的？力场程序给的公式是d^2E/dA^2，但是一些很老很经典的书上，还要把上面的公式再除以两个相邻边的键长。优点是与键长单位一致，缺点是无法推广到其他的角度，比如二面角、各种内坐标相位角的力常数

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2017-12-16 10:03:09

smutao 发表于 2017-12-6 00:05
你们老板好像来我们这找工作了

what他才跳槽到香港刚刚快满一年……

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2017-12-16 10:06:15

本帖最后由 KiritsuguPapa 于 2017-12-16 10:30 编辑

beefly 发表于 2017-12-6 07:25
你的键角力常数是如何定义的？力场程序给的公式是d^2E/dA^2，但是一些很老很经典的书上，还要把上面的公 ...

是用的能量对角度(rad)的二阶导。Amber力场文件里(parm99.dat, gaff.dat)也是同样的单位。
你说的那种做法，考虑的是 A-B-C键里A/C原子沿垂直A-B/B-C键方向的位移 (dL)，此时的力常数定义是能量对该位移的二阶导(d^2E/dL^2)。它和对角度的二阶导的换算差了一个r^2（因为r*d\theta = dL）。
另外这种做法因为有A/C两边同时要考虑，要求一个平均值。我见过Seminario方法里用的是调和平均值，大概就是这个吧。

smutao · 发表于 Post on 2018-4-26 21:27:29

有兴趣可以关注一下这个工作
doi:10.1021/acs.jctc.7b01171

KiritsuguPapa · 发表于 Post on 2018-5-26 04:46:53

smutao 发表于 2018-4-26 21:27
有兴趣可以关注一下这个工作
doi:10.1021/acs.jctc.7b01171

谢谢拜读大作

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