请问，我用的vasp跑AIMD，怎样计算均方位移，得到氧扩散系数。

老八蜜汁小憨包

我用AIMD跑的AIMD，想要计算一下均方位移，但是采用vaspkit的相应的功能报错了，请问还有什么软件可以处理得到均方位移吗？应该怎么操作呢？我还想看一下相应的运动轨迹，可是vaspkit都用不了啊。INCAR设置：   SYSTEM =  YbScSi2O7
   PREC = High
   ISTART = 0
   ENCUT= 520
   IALGO = 48#RMM-DIIS algorithm for electrons
   LREAL  = A#evaluate projection operators in real space
   NELMIN = 4#do a minimum of four electronic steps
   BMIX   = 2.0#mixing parameter
   MAXMIX = 50#keep dielectric function between ionic movements
   ISIF=2
   GGA=PE
   IBRION = 0#molecular dynamics
   ISYM   = 0#switch of symmetry
   NSW    = 1000#number of steps for IOM 本来设定的是2000
   NBLOCK = 1 #默认值是1
   KBLOCK = 100#KBLOCK的默认值是NSW
   SMASS  = -1#Nose mass-parameter (am)
   POTIM  =  2#time-step for ion-motion
   TEBEG  = 1373#初始的温度
   TEEND  = 1373#末尾的温度
   LWAVE  = .False.
   LCHARG = .False.
   #NCORE=4
vaspkit 1.2.4报错：
722

  -->> (01) Reading Structural Parameters from POSCAR File...
|---------------------------------------------------------------|
The selected atoms will be listed in SELECTED_ATOMS_LIST file.
Input element-symbol and/or atom-index to choose [1 <= & <= 180]
(Free Format is Compatible, e.g., H O Au 1-4 7 18 all)

------------>>
O
  -->> (02) Written SELECTED_ATOMS_LIST File!
  -->> (03) Reading Input Parameters From INCAR File...
forrtl: severe (59): list-directed I/O syntax error, unit -5, file Internal List-Directed Read
Image              PC                Routine            Line        Source            
vaspkit            00000000007CC9CB  Unknown               Unknown  Unknown
vaspkit            00000000007F7D51  Unknown               Unknown  Unknown
vaspkit            00000000007F6A75  Unknown               Unknown  Unknown
vaspkit            000000000068D442  read_incar_                52  readincar.F90
vaspkit            00000000006F0ACB  read_xdatcar_              11  readxdatcar.F90
vaspkit            0000000000734462  get_md_trajectori         168  msd.F90
vaspkit            00000000007363F9  write_msd_selecte         249  msd.F90
vaspkit            00000000005042DA  md_kit_                    78  mdkit.F90
vaspkit            000000000068B50F  task_                     362  task.F90
vaspkit            00000000005C05F1  mainmenu_                  35  mainmenu.F90
vaspkit            0000000000656891  MAIN__                     21  main.F90
vaspkit            0000000000408062  Unknown               Unknown  Unknown
libc-2.17.so       00002B01F73CA555  __libc_start_main     Unknown  Unknown
vaspkit            0000000000407F69  Unknown               Unknown  Unknown

只怪自己不聪明

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wangvei

读取INCAR错误，INCAR文件中#前要留有空格。

wangvei

读取INCAR错误，INCAR文件中#前要留有空格。