求助：gromacs或amber如何得到单个三价铁离子拓扑文件得到方法

暮山 · 发表于 Post on 2020-12-20 19:55:55

想用gromacs研究水溶液中铁离子、羟基、磷酸根和硫酸根的相互吸引，已经通过amber加acpype.py得到其余粒子的ipt文件和总的topol，并通过packmol完成建模，也从文献中找到了三价铁离子的L-J势能的两个参数，但是三价铁离子力场文件如何获得还是没有头绪。

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-20 20:02:21

自己写一个就可以了，把三价铁离子的LJ参数加入到ffnonbonded.itp的[atomtypes]中，然后打开ions.itp，参照里面的[moleculetype]写一个就行

暮山 · 发表于 Post on 2020-12-20 20:12:33

本帖最后由暮山于 2020-12-20 20:14 编辑

Lacrimosa 发表于 2020-12-20 20:02
自己写一个就可以了，把三价铁离子的LJ参数加入到ffnonbonded.itp的[atomtypes]中，然后打开ions.itp，参 ...

对写了写在gmx2018.4/share/gromacs/top/oplsaa.ff里头两个文件里，然后用pdb2gmx对铁的pdb生成力场文件就出错我这一步对不对？

Lacrimosa · 发表于 Post on 2020-12-20 21:22:52

暮山发表于 2020-12-20 20:12
对写了写在gmx2018.4/share/gromacs/top/oplsaa.ff里头两个文件里，然后用pdb2gmx对铁的pdb生成力场文 ...

已经写好了之后就不要pdb2gmx了，直接include ions.itp就行

暮山 · 发表于 Post on 2020-12-20 21:46:41

Lacrimosa 发表于 2020-12-20 21:22
已经写好了之后就不要pdb2gmx了，直接include ions.itp就行

对啊说的是啊

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on 2023-5-20 17:56:01

您好可以提供一下您的三价铁的参数吗

牧生 · 发表于 Post on 2023-5-20 20:10:39

姑妈鱼丝发表于 2023-5-20 17:56
您好可以提供一下您的三价铁的参数吗

姑妈鱼丝 · 发表于 Post on 2023-5-21 15:46:42

牧生发表于 2023-5-20 20:10
http://bbs.keinsci.com/thread-29974-1-1.html

依葫芦画瓢

太感谢您啦老师~

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