CentOS下安装PBS+maui教程

冰释之川

Y30181009 发表于 2021-3-7 20:57
老师，如果进行单机安装，可以按照博文来吗？

可以， 计算节点的安装配置直接跳过即可

Y30181009

冰释之川 发表于 2021-3-8 08:37
可以， 计算节点的安装配置直接跳过即可

谢谢老师

tiandikuoyuan

老师请问PBS脚本设置了CPU和内存参数，但是提交任务时Gaussian无法识别是怎么回事？Gaussian只能识别安装目录Default.Route里面的参数，是我哪里写错了吗？
我采用的单机安装，脚本内容如下：
#PBS -N Gaussian
#PBS -o job.log
#PBS -e err.log
#PBS -l nodes=1:ppn=12
#PBS -l mem=24000mb
#PBS -q normal
#PBS -j oe
cd $PBS_O_WORKDIR

INPUT_NAME=zn-td      

g09 $INPUT_NAME.gjf
wait
formchk $INPUT_NAME.chk

abin

tiandikuoyuan 发表于 2021-3-18 21:01
老师请问PBS脚本设置了CPU和内存参数，但是提交任务时Gaussian无法识别是怎么回事？Gaussian只能识别安装目 ...

1.  干掉 Default.Route里面的参数或者Default.Route配置.
2.  PBS脚本中指定内存和ppn数目
3.  input文件中指定%CPU %MEM
4.  如果不想手动指定input文件, 可以让脚本代劳. sed等修改输入文件即可.

tiandikuoyuan

abin 发表于 2021-3-18 21:20
1.  干掉 Default.Route里面的参数或者Default.Route配置.
2.  PBS脚本中指定内存和ppn数目
3.  input ...

PBS脚本指定了内存和核心数，不清楚为什么Gaussian不识别；Default.Route不设置的话，Gaussian只能单核运行

abin

tiandikuoyuan 发表于 2021-3-18 21:38
PBS脚本指定了内存和核心数，不清楚为什么Gaussian不识别；Default.Route不设置的话，Gaussian只能单核运 ...

你能否按照我说的试试?

你可以仔细读读高斯手册中, 关于使用Default.Route的前提.

gqjuly

喵星大佬 发表于 2020-12-22 21:03
在centos中安装用apt-get嘛

haiyou henduo sudo

djjj148

请教一下：我用虚拟机模拟了master和slave01两个节点(每个节点给两个物理核心)，安装上了PBS，且

1. echo sleep 7 | qsub

复制代码

测试通过。

重启两个节点后再次测试echo sleep 7 | qsub依然成功。


不过发现运行

1. for i in pbs_server pbs_sched pbs_mom trqauthd; do sudo service $i restart;done
   

复制代码

不再是4个OK了，而是

Restarting pbs_server (via systemctl):                     [  OK  ]
Restarting pbs_sched (via systemctl):  Job for pbs_sched.service failed because the control process exited with error code. See "systemctl status pbs_sched.service" and "journalctl -xe" for details.
                                                           [FAILED]
Restarting pbs_mom (via systemctl):                        [  OK  ]
Restarting trqauthd (via systemctl):                       [  OK  ]

请问一下这有问题吗？我后面又重装了几次系统和PBS，发现在这个操作之前

最后重启主节点，运行showq命令查看是否正常。

返回的都是四个OK，只要reboot主节点了就会出现一个FAILED

冰释之川

djjj148 发表于 2021-6-9 20:28
请教一下：我用虚拟机模拟了master和slave01两个节点(每个节点给两个物理核心)，安装上了PBS，且
测试通过 ...

按照这个流程走之后，pbs_sched 默认是关闭的（因为使用maui管理提交任务），你让pbs_sched开机不要自启动就行了。
另外如果不影响任务提交与分配，可以无视之

风飞

冰释之川 发表于 2021-6-11 12:30
按照这个流程走之后，pbs_sched 默认是关闭的（因为使用maui管理提交任务），你让pbs_sched开机不要自启 ...

老师，您好，我的系统是centos 7.8  之前用的是turque6.1.2 升级了gcc(4.8.5到8.3.0 后） 就出现了问题“”“ cannot connect to server master (errno=111) Connection refused”

请问还可以根据您的帖子安装吗？

冰释之川

风飞 发表于 2021-6-11 13:18
老师，您好，我的系统是centos 7.8  之前用的是turque6.1.2 升级了gcc(4.8.5到8.3.0 后） 就出现了问题“ ...

just try ~

伞阳

感谢分享，这个教程太实用了！受益匪浅！

冰释之川

2021/07/17更新：附上快速进入PBS作业目录的脚本

djjj148

请教一下，严格用这个方法安装集群后，提交任务一直到结束后都不会生成标准输出和错误输出文件，具体是：只有登录节点开机才会生成这两个文件。
一旦计算节点开机就不会生成。
甚至我在提交脚本里写了#PBS -e example.stderr都没用。
我用的其他PBS集群都会有生成，比如g16.o1和g16.e1，其中g16是任务名，1是JOBID。请问是还需要一些设置才可以的吗？

冰释之川

djjj148 发表于 2021-7-20 21:15
请教一下，严格用这个方法安装集群后，提交任务一直到结束后都不会生成标准输出和错误输出文件，具体是：只 ...

标准输出和标准错误文件产生于当前工作目录，我这边没问题：

1. #!/bin/bash
   
2. #PBS -N Gaussian
   
3. #PBS -l nodes=1:ppn=16
   
4. #PBS -l walltime=1440:00:00
   
5. #PBS -q AMD
   
6. #PBS -o jobID.$PBS_JOBID
   
7. 
   
8. # mkdir -p ~/tmp/$PBS_JOBID
   
9. # scp -r master:$PBS_O_WORKDIR/* ~/tmp/$PBS_JOBID
   
10. # cd ~/tmp/$PBS_JOBID
    
11. 
    
12. cd $PBS_O_WORKDIR
    
13. touch jobID.$PBS_JOBID
    
14. 
    
15. FILENAME=6PPD_Hc.gjf   # input file name
    
16. 
    
17. g16 $FILENAME   # running gaussian 16
    
18. wait
    
19. formchk ${FILENAME/%gjf/chk}
    
20. wait
    
21. rm ${FILENAME/%gjf/chk}
    
22. 
    
23. # scp -r ~/tmp/$PBS_JOBID/* master:$PBS_O_WORKDIR
    
24. # rm -rf ~/tmp/$PBS_JOBID
    

复制代码