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[综合交流] 请问无定型的SiO2如何建模?

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请问无定型的SiO2应该如何建模?

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发表于 Post on 2020-12-23 18:26:35 | 只看该作者 Only view this author
1. 跑MD
2. 跑遗传算法, 中间得到的结构maybe就是amorphous

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 11:03:41 | 只看该作者 Only view this author
aaronzjw 发表于 2020-12-23 18:26
1. 跑MD
2. 跑遗传算法, 中间得到的结构maybe就是amorphous

请问是用SiO2的晶体构型跑MD吗

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初出茅庐

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发表于 Post on 2021-2-8 17:12:27 | 只看该作者 Only view this author
无定形建模一般都是用AC建立无定形晶胞,至于SiO2的分子数你自己查阅一下文献,合理即可,分子量过大计算量也会成倍增长

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发表于 Post on 2021-2-16 08:31:33 | 只看该作者 Only view this author
VMD自带的inorganic builder插件直接就能建无定型二氧化硅
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发表于 Post on 2021-12-7 13:15:56 | 只看该作者 Only view this author
请问sob老师,我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅,但是用x2top功能联合.n2t文件(从此处获得:http://bbs.keinsci.com/thread-14723-1-1.html)始终无法得到对应的top文件,(尝试了修改.n2t文件中的各种键长以及在不同力场下去获得top文件)但是从MS中导出的晶型二氧化硅文件则可以生成top文件,请问这是何原因呢,以下是.n2t文件和自行建立的无定形二氧化硅的.pdb文件,请sob老师指教,谢谢老师

silicaiff.n2t

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amorphous_silica.zip

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发表于 Post on 2021-12-24 02:49:25 | 只看该作者 Only view this author
moluren 发表于 2021-12-7 13:15
请问sob老师,我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅,但是用x2top功能联合.n2t文件(从此处 ...

看gmx x2top的提示,弄清楚是元素没认出来,还是因为键长判据原因没能恰当识别成键之类的
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发表于 Post on 2021-12-24 16:26:52 | 只看该作者 Only view this author
谢谢社长,已经弄好了,忘记回帖说明了

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发表于 Post on 2023-10-11 09:10:03 | 只看该作者 Only view this author
moluren 发表于 2021-12-7 13:15
请问sob老师,我用VMD自带的inorganic builder建立了无定型二氧化硅,但是用x2top功能联合.n2t文件(从此处 ...

你好,请问你是如何建立出的这种无定形二氧化硅片层的,我用inorganic builder建立出来的都是厚厚立方体形状,我想获得的是薄一点的层,是自己删原子吗?

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发表于 Post on 2023-10-11 13:12:36 | 只看该作者 Only view this author
youknowdcf 发表于 2023-10-11 09:10
你好,请问你是如何建立出的这种无定形二氧化硅片层的,我用inorganic builder建立出来的都是厚厚立方体 ...

直接删原子容易导致原子数比例不符合化学式

一个可行的做法是构造一个较薄的晶态二氧化硅盒子,然后跑高温的分子动力学,之后再降温。北京科音CP2K第一性原理计算培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KFP_content.html)里有CP2K通过GFN1-xTB方法跑动力学以这种方式构造无定型二氧化硅的例子。
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发表于 Post on 2023-10-12 20:42:30 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-11 13:12
直接删原子容易导致原子数比例不符合化学式

一个可行的做法是构造一个较薄的晶态二氧化硅盒子,然后跑 ...

好的社长,我学习一下

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