基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱

leebo · 发表于 Post on 2021-2-13 18:49:04

sobereva 发表于 2021-2-7 06:33
pop=CHELPG并且带着nosymm算中心分子，程序会给出CHELPG电荷，将这些电荷作为计算环境分子时候的背景电荷 ...

社长，此时中心分子作为环境分子的背景电荷时，环境分子作为一个整体，还是单个的环境分子？

sobereva · 发表于 Post on 2021-2-14 18:34:29

leebo 发表于 2021-2-13 18:49
社长，此时中心分子作为环境分子的背景电荷时，环境分子作为一个整体，还是单个的环境分子？

整体

晓来雨过 · 发表于 Post on 2021-4-23 16:03:59

社长，如果需要计算晶态下的荧光、磷光，在计算S/T态能级差的时候，这样的方法是否可行呢？还是必须使用oniom来进行计算？

sobereva · 发表于 Post on 2021-4-23 16:13:55

晓来雨过发表于 2021-4-23 16:03
社长，如果需要计算晶态下的荧光、磷光，在计算S/T态能级差的时候，这样的方法是否可行呢？还是必须使用oni ...

你得优化激发态，显然不可能完全用本文里的做法

晓来雨过 · 发表于 Post on 2021-4-23 16:34:14

sobereva 发表于 2021-4-23 16:13
你得优化激发态，显然不可能完全用本文里的做法

那我是否可以将每一个片段的激发态分别做限制性优化后，得到相对应的电荷作为激发态的背景电荷，然后进行对应的荧光、磷光计算呢？谢谢老师~

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2021-4-23 16:59:13

晓来雨过发表于 2021-4-23 16:03
社长，如果需要计算晶态下的荧光、磷光，在计算S/T态能级差的时候，这样的方法是否可行呢？还是必须使用oni ...

这个问题发表一点自己的观点：
（1）如果采用背景电荷的方式对激发态进行优化，不能保证中心分子的结构是否正确；我之前有过测试，出现了明显不对的结构。
（2）ONIOM来优化激发态之所以可以这么干，是因为在ONIOM中，除了考虑静电相互作用以外，还有vdW相互作用，而这个vdW作用就会对中心分子的振动起到抑制作用，所以采用ONIOM来优化结构实际上是vdW占了主导作用。当然，在你优化出结构以后，用ONIOM来算单点的话就和背景电荷的方法没有任何区别的。
（3）所以要在ONIOM中优化激发态结构，你可以先按照sob老师这样先计算分子的电荷，然后在ONIOM的输入文件中指定原子电荷而不用默认的。

rendong · 发表于 Post on 2021-7-1 11:21:38

老师好，请问如果对两个分子的二聚体作为中心，脚本“getcluster.vmd”中需要如何修改

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-2 02:52:37

rendong 发表于 2021-7-1 11:21
老师好，请问如果对两个分子的二聚体作为中心，脚本“getcluster.vmd”中需要如何修改

试试把二聚体两个单体间用mouse - add/remove bonds连上键，当成单个分子，再用这个脚本

rendong · 发表于 Post on 2021-7-2 09:12:35

sobereva 发表于 2021-7-2 02:52
试试把二聚体两个单体间用mouse - add/remove bonds连上键，当成单个分子，再用这个脚本

好嘞，谢谢老师，我试试

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-2 15:49:21

老师，我想研究二聚体，能否有方法可以合理的从晶体堆积结构中取出二聚体构型，然后进行优化与应用？

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-3 04:09:11

xxzj 发表于 2021-7-2 15:49
老师，我想研究二聚体，能否有方法可以合理的从晶体堆积结构中取出二聚体构型，然后进行优化与应用？

这种事手动都可以实现
弄个超胞，把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈，删掉其它的就完了

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-5 08:11:15

sobereva 发表于 2021-7-3 04:09
这种事手动都可以实现
弄个超胞，把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈，删掉其它的就完了

知道啦，谢谢老师

xxzj · 发表于 Post on 2021-7-5 09:20:30

sobereva 发表于 2021-7-3 04:09
这种事手动都可以实现
弄个超胞，把二聚体周围的其它单体分子只保留一圈，删掉其它的就完了

老师，还想请问一个问题，如果想计算二聚体间的转移积分，是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优化呀，谢谢老师

sobereva · 发表于 Post on 2021-7-6 07:55:30

xxzj 发表于 2021-7-5 09:20
老师，还想请问一个问题，如果想计算二聚体间的转移积分，是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优 ...

如果你是考察晶体环境的，不需要，而且也不应该

snljty · 发表于 Post on 2021-7-6 09:25:19

xxzj 发表于 2021-7-5 09:20
老师，还想请问一个问题，如果想计算二聚体间的转移积分，是不是还需要将从晶体结构中取出的二聚体进行优 ...

固定其他原子，把氢优化一下就行。氢XRD测不准。

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[综合交流] 基于背景电荷计算分子在晶体环境中的吸收光谱