计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 9308|回复 Reply: 10
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[综合交流] 请问有哪些开源免费的软件包支持CBS-QB3一类的热力学组合方法?

[复制链接 Copy URL]

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
请问有哪些开源免费的软件包支持CBS-QB3一类的热力学组合方法?谢谢

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2020-12-24 13:08:18 | 只看该作者 Only view this author
没必要非得用CBS-QB3,像ORCA的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法也很好用,而且性价比可能更高
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

3#
发表于 Post on 2020-12-24 13:11:13 | 只看该作者 Only view this author
ORCA就有(免费不开源),看手册
NWChem(免费且开源)支持ccCA系列热力学组合方法

实际上热力学组合方法都很简单,基于主流的量化程序,自己写个shell脚本都能很容易地搞定。

关于楼上提到的基于DLPNO-CCSD(T),目前已经有现成的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法,诸如最近发表的J. Chem. Theory Comput. 2020, 16, 7507−7524,在SI里还给了ORCA的计算脚本


北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

4#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 16:32:26 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-24 13:08
没必要非得用CBS-QB3,像ORCA的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法也很好用,而且性价比可能更高

谢谢答复,我是为了计算小分子的pKa,在计算气相自由能时尝试过DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很大,而用gaussian里面的CBS-QB3和实验值相差很小

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

5#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-24 16:34:01 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-24 13:11
ORCA就有(免费不开源),看手册
NWChem(免费且开源)支持ccCA系列热力学组合方法

谢谢sob,我是为了计算小分子的pKa,在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很大,而用gaussian里面的CBS-QB3和实验值相差很小,我再继续调研一下,谢谢提供文献

4289

帖子

4

威望

9544

eV
积分
13913

Level 6 (一方通行)

MOKIT开发者

6#
发表于 Post on 2020-12-24 16:38:38 | 只看该作者 Only view this author
henlychen 发表于 2020-12-24 16:34
谢谢sob,我是为了计算小分子的pKa,在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值 ...

你算的DLPNO-CCSD(T)有没加TightSCF TightPNO?有没写DLPNO-CCSD(T1)?

要注意计算时的默认参数,ORCA很多默认参数都偏松/低,与高斯比差很多,可能会导致算出来结果不好。
自动做多参考态计算的程序MOKIT

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125141

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2020-12-25 04:39:40 | 只看该作者 Only view this author
henlychen 发表于 2020-12-24 16:34
谢谢sob,我是为了计算小分子的pKa,在计算气相自由能时尝试过orca的DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值 ...

DLPNO-CCSD(T)这个电子能量的理论方法的选用仅仅是计算气相自由能其中的一个因素,而非全部因素

DLPNO-CCSD(T)具体的实现、用的基组、优化的级别和考虑的校正因子等等,都直接影响最终结果。你仔细看看CBS-QB3方法原文搞清楚原理就知道影响结果的因素有多么的多。不要简简单单因为表面上好像结果比CBS-QB3差就把DLPNO-CCSD(T)打死。起码你也应当用我前面提到的Martin设计的考虑比较周全的基于DLPNO-CCSD(T)的热力学组合方法与CBS-QB3相比才有可比性。我上面提到的那篇文章的表1里,带DLPNO后缀的那几个热力学组合方法精度都吊打CBS-QB3。

并且搞清楚pKa的计算误差来源在哪,倘若对某个体系CBS-QB3算的气相自由能误差恰好和溶解自由能的计算误差一定程度抵消,而基于DLPNO-CCSD(T)的计算结果没抵消这么好或者误差是叠加的,因此就把DLPNO-CCSD(T)本身给冤枉了更是严重错误。

北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

8#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 08:04:04 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2020-12-25 04:39
DLPNO-CCSD(T)这个电子能量的理论方法的选用仅仅是计算气相自由能其中的一个因素,而非全部因素

DLPNO ...

受益匪浅,我确实有好多未加考虑,谢谢sob

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

9#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 08:05:30 | 只看该作者 Only view this author
zjxitcc 发表于 2020-12-24 16:38
你算的DLPNO-CCSD(T)有没加TightSCF TightPNO?有没写DLPNO-CCSD(T1)?

要注意计算时的默认参数,ORCA ...

好的,谢谢答复,我先多加试试和研究

1万

帖子

0

威望

9868

eV
积分
22108

Level 6 (一方通行)

10#
发表于 Post on 2020-12-25 11:10:18 | 只看该作者 Only view this author
henlychen 发表于 2020-12-24 16:32
谢谢答复,我是为了计算小分子的pKa,在计算气相自由能时尝试过DLPNO-CCSD(T),但得到的pKa和实验值相差很 ...

pKa主要是溶剂效应要描述得非常好,电子结构方法的精度倒不是重点。ORCA溶剂模型的静电部分用的是CPCM,可能比高斯的PCM差一点,不过如果用SMD考虑了非静电项,应该不会有太大差别。而且要注意和溶质分子直接形成氢键的溶剂分子要用显式溶剂。
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

10

帖子

0

威望

595

eV
积分
605

Level 4 (黑子)

11#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2020-12-25 14:50:32 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2020-12-25 11:10
pKa主要是溶剂效应要描述得非常好,电子结构方法的精度倒不是重点。ORCA溶剂模型的静电部分用的是CPCM, ...

谢谢你的建议

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-2-22 05:39 , Processed in 0.264217 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list