双核工作站使用PBS-torque，有必要设置双节点吗

learnerNONE

各位老师好！我是个刚开始自己弄工作站的新人，想请教两个问题，可能略显白痴，请各位不吝赐教。
我现在有一台单机双核机器，是E5-2698RV4（20核），总共40核80线程，主要用于计算vasp。架设PBS-torque的时候没有区分节点。装PBS是根据bilibili上abbottcn老师（可能是站里的abin老师）的方法。

我一直以为所谓单节点就是插在一个主板上就行，可是和一个老师聊天的时候，她告诉我我是双核，哪怕在一个主板上，也要设两个节点，不然vasp跨节点计算比较慢。
所以我的问题主要有两个：
1. 如果设了单节点，PBS分配的时候会不会随机在两个cpu上找核，而不是优先在一个cpu里找？
2. 有没有必要设置两个节点，每个cpu各设一个？如果有必要，请问该如何设置呢？

谢谢！

abin

你的机器叫做双路服务器，就是一个主板有两颗处理器。

这就是一台机器，搞什么多节点并行啊？

你提到的那个她讲的说法，
莫名其妙。

多年前，有位她，也告诉我，
Linux机器是多任务系统，
你把计算都提交上去，会一起算的，
基本不会慢。
我对这种说法嗤之以鼻。

learnerNONE

abin 发表于 2020-12-26 16:48
你的机器叫做双路服务器，就是一个主板有两颗处理器。

这就是一台机器，搞什么多节点并行啊？

啊，居然能得到abin老师的亲自回复！

谢谢解惑！

abin

补充一下，
你之前提到的“她”的说法，
可能是在讲，
多CPU机器，或者多节点并行计算，
需要合理设定NCORE， NPAR等参数。
否则计算很慢的。
她可能讲的没错，然后可能用的术语不太严谨，
你听的时候，又不太明白，然后以为是XXXX。


B站视频中，有一个提到vasp计算加速的，加速数倍，
就是合理设定NCORE， NPAR来实现的。

也许对方讲的是对的，
但是理解错了，结果就大错特错了。

A parallel task, can be run on several cpu cores, or several CPUs, or even several hosts.
Each host can have ONE or up to 8 CPUs, each CPU can has several cores.

You need openMP or MPI if all CPU cores are located within ONE mother board.
OpenMP or MPI, it's the program's call.

In the case that the PBS server assigns 20 cpu cores from hostA, and 10 cpu core from hostB, and 10 cpu cores from hostC,
you have 40 cpu cores to run your task.
You definitely need MPI, namely mpirun to start you task.

Some apps will use the so-call hybrid parallel, in which using openMP to share data for the cores sitting in the same mother board,
then use MPI to share data among hosts. Such as vasp544 and vasp610 as far as I know.

learnerNONE

多谢abin老师指教！我这就去找找那个视频

其实她的意思就是您一开始认为的那个意思，她和我的电脑水平差不多。。。